137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3356 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  100 
 
 		 287 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  55.56 
 
 		 289 aa  308  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  55.37 
 
 		 313 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  53.07 
 
 		 310 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  50 
 
 		 355 aa  263  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  46.76 
 
 		 281 aa  253  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  52.34 
 
 		 230 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  41.47 
 
 		 285 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  46.37 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  42.7 
 
 		 262 aa  195  6e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  39.38 
 
 		 271 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  37.37 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  32.65 
 
 		 348 aa  156  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  36.56 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  33.33 
 
 		 440 aa  94  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  33.88 
 
 		 327 aa  93.6  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  28.91 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  33.13 
 
 		 421 aa  84.3  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  32.58 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  31.15 
 
 		 125 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  31.15 
 
 		 154 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  31.15 
 
 		 154 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  31.15 
 
 		 154 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  36.56 
 
 		 154 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  33.33 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  33.33 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3443  endonuclease  36 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.861488  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  33.58 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  30.38 
 
 		 182 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  31.01 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  30.5 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  28.93 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1559  restriction endonuclease  27.98 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151262 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2800  hypothetical protein  37.76 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0352822  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  30.61 
 
 		 585 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  28.09 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  47.92 
 
 		 739 aa  60.8  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  34.31 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 799 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 799 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  29.82 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3831  restriction endonuclease  33.87 
 
 		 222 aa  57  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.504665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  36.43 
 
 		 493 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  60 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2745  restriction endonuclease  34 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  28.91 
 
 		 250 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  33.06 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  32.54 
 
 		 184 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1446  restriction endonuclease  32.61 
 
 		 328 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0714463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  31 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6871  restriction endonuclease  34.25 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  57.89 
 
 		 258 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  33.63 
 
 		 403 aa  53.9  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  29.17 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  33.61 
 
 		 326 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  47.5 
 
 		 329 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  47.5 
 
 		 338 aa  53.1  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3380  restriction endonuclease  33.07 
 
 		 453 aa  53.5  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00723  hypothetical protein  30.43 
 
 		 323 aa  53.5  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.346466  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  46.81 
 
 		 251 aa  53.1  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1622  hypothetical protein  37.93 
 
 		 207 aa  52.8  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.792875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  28.79 
 
 		 359 aa  53.1  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2295  hypothetical protein  33.33 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  33.33 
 
 		 260 aa  52.8  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  39.34 
 
 		 257 aa  52.4  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2767  restriction endonuclease  27.92 
 
 		 520 aa  51.6  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  32.91 
 
 		 267 aa  51.6  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1996  Mrr restriction system protein-like  27.64 
 
 		 447 aa  51.2  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00366255  normal  0.311144 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  43.18 
 
 		 256 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1312  restriction endonuclease  33.06 
 
 		 455 aa  51.6  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  26.02 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0422  sodium- and chloride-dependent transporter  29.63 
 
 		 128 aa  51.6  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.37197  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1845  restriction endonuclease  30.5 
 
 		 190 aa  50.4  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0449  restriction endonuclease  32.21 
 
 		 250 aa  50.8  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.679724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2544  hypothetical protein  33.91 
 
 		 336 aa  50.8  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.111302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  45.45 
 
 		 228 aa  50.1  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  27.59 
 
 		 349 aa  50.1  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  53.85 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1431  restriction endonuclease  38.04 
 
 		 208 aa  50.1  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.45825  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  30.33 
 
 		 368 aa  50.1  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  54.29 
 
 		 254 aa  50.1  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0084  restriction endonuclease  32.17 
 
 		 300 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.243939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  32.71 
 
 		 400 aa  49.3  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 267 aa  49.3  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2804  restriction endonuclease  26.52 
 
 		 189 aa  49.3  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3007  restriction endonuclease  31.97 
 
 		 454 aa  48.5  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4097  restriction endonuclease  26.07 
 
 		 208 aa  48.5  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0084  restriction endonuclease  26.43 
 
 		 196 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  41.86 
 
 		 230 aa  48.5  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3127  restriction endonuclease  32.79 
 
 		 454 aa  48.1  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  30.08 
 
 		 346 aa  47.8  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3481  restriction endonuclease  26.52 
 
 		 189 aa  48.1  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0041  hypothetical protein  30.51 
 
 		 338 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777357  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9871  hypothetical protein  31.3 
 
 		 187 aa  47.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  52.38 
 
 		 671 aa  47  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  52.38 
 
 		 671 aa  47  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  29.46 
 
 		 364 aa  46.6  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  52.78 
 
 		 670 aa  46.6  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1406  restriction endonuclease  32.77 
 
 		 328 aa  46.2  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000555478  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  54.29 
 
 		 680 aa  46.2  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>