72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4033 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  100 
 
 		 256 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  51.36 
 
 		 267 aa  272  3e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  52.46 
 
 		 262 aa  265  8e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  46.24 
 
 		 269 aa  249  3e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  47.88 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  63.98 
 
 		 199 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  42.97 
 
 		 267 aa  222  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  48.4 
 
 		 230 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  45.09 
 
 		 228 aa  206  4e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  45 
 
 		 355 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07440  hypothetical protein  93.26 
 
 		 111 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316107  normal  0.202998 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  39 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  44.32 
 
 		 329 aa  157  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  43.65 
 
 		 338 aa  155  6e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  33.77 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  35.41 
 
 		 255 aa  136  4e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  37.76 
 
 		 207 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  37.37 
 
 		 211 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  35.14 
 
 		 262 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2211  NERD domain-containing protein  36.61 
 
 		 353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  51 
 
 		 212 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  53.47 
 
 		 212 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  51 
 
 		 212 aa  105  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  51 
 
 		 212 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  29.76 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1610  hypothetical protein  30.72 
 
 		 387 aa  85.9  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00290154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1889  hypothetical protein  44.94 
 
 		 139 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.344159 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  29.74 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1109  hypothetical protein  29.82 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2594  NERD domain protein  28.57 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.173089  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  26.8 
 
 		 225 aa  68.6  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  26.26 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  41.51 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  38.98 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  50 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  54.55 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  37.14 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  51.52 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  66.67 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  50 
 
 		 254 aa  54.7  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  39.39 
 
 		 355 aa  53.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  39.58 
 
 		 271 aa  52.4  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  53.12 
 
 		 739 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  55 
 
 		 285 aa  50.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  43.18 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  40.3 
 
 		 154 aa  50.1  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  52.63 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  42.22 
 
 		 310 aa  49.3  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  31.85 
 
 		 272 aa  49.3  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3513  NERD domain-containing protein  35.53 
 
 		 226 aa  47.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf298  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 		 620 aa  47  0.0003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.504202  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0711  NERD domain-containing protein  31.25 
 
 		 185 aa  47  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  44.74 
 
 		 230 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  47.83 
 
 		 744 aa  46.6  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  48.72 
 
 		 313 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  48.72 
 
 		 747 aa  44.7  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.22 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3961  NERD domain-containing protein  26.42 
 
 		 310 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0609224  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  36.67 
 
 		 694 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5568  NERD domain-containing protein  33.85 
 
 		 233 aa  44.3  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.539565 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  45.71 
 
 		 730 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  47.5 
 
 		 768 aa  43.9  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  51.43 
 
 		 743 aa  43.5  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  45.45 
 
 		 348 aa  43.5  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3664  hypothetical protein  25.24 
 
 		 256 aa  43.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  43.59 
 
 		 765 aa  43.1  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2212  DNA topoisomerase I  38.27 
 
 		 798 aa  43.5  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2463  DNA topoisomerase I  38.27 
 
 		 804 aa  43.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  47.06 
 
 		 696 aa  43.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  29.11 
 
 		 286 aa  43.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  59.38 
 
 		 323 aa  42.7  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  59.38 
 
 		 323 aa  42.7  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>