103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2536 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  100 
 
 		 254 aa  528  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  74.8 
 
 		 258 aa  400  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  74.32 
 
 		 257 aa  394  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  76.89 
 
 		 251 aa  387  1e-107  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  57.43 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0147  DNA topoisomerase, type IA, zn finger domain protein  78.12 
 
 		 128 aa  211  1e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.138783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0327  hypothetical protein  46.11 
 
 		 205 aa  167  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00781136  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2080  hypothetical protein  43.2 
 
 		 193 aa  165  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.365514  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2372  hypothetical protein  38.46 
 
 		 188 aa  142  5e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0670  hypothetical protein  44.66 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000833206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1335  DNA topoisomerase, type IA, zn finger domain protein  43.75 
 
 		 209 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1181  hypothetical protein  65.22 
 
 		 237 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3165  hypothetical protein  64.13 
 
 		 228 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0219  hypothetical protein  62.11 
 
 		 236 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925782  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0202  hypothetical protein  62.11 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000154099 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2011  hypothetical protein  29.24 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.515904  normal  0.333108 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  47.27 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  39.13 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  64.86 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  42.47 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  40.28 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  49.3 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  63.89 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  60.87 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  52.27 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  31.82 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  56.76 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  55.26 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  55.26 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  48 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  57.5 
 
 		 281 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  42.62 
 
 		 348 aa  54.7  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  50 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  58.33 
 
 		 739 aa  53.9  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  47.37 
 
 		 329 aa  52.8  0.000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  50 
 
 		 255 aa  51.2  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  51.28 
 
 		 730 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  36.19 
 
 		 671 aa  50.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  35.24 
 
 		 671 aa  50.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  54.29 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  52.17 
 
 		 285 aa  49.7  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  33.33 
 
 		 281 aa  48.9  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  55.56 
 
 		 744 aa  47.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  39.47 
 
 		 671 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 765 aa  47  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  35.59 
 
 		 841 aa  46.6  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003651  QueD-like protein  32.84 
 
 		 219 aa  46.6  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02181  hypothetical protein  32.84 
 
 		 220 aa  46.2  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  52.78 
 
 		 259 aa  46.2  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  32.89 
 
 		 758 aa  45.8  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  31.58 
 
 		 758 aa  45.8  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  54.05 
 
 		 696 aa  45.8  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 670 aa  45.8  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 670 aa  45.4  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  53.66 
 
 		 758 aa  45.4  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  34.91 
 
 		 680 aa  45.4  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  33.96 
 
 		 779 aa  45.4  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  46.34 
 
 		 711 aa  45.4  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 768 aa  45.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 955 aa  45.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2212  DNA topoisomerase I  34.72 
 
 		 798 aa  44.7  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  50 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  33.96 
 
 		 779 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  42.11 
 
 		 747 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  45 
 
 		 670 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  45 
 
 		 676 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0109  DNA topoisomerase I  35.09 
 
 		 799 aa  43.9  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  45 
 
 		 676 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08201  DNA topoisomerase III  28.89 
 
 		 734 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0178997  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2463  DNA topoisomerase I  31.94 
 
 		 804 aa  44.3  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  48.57 
 
 		 696 aa  44.3  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  38.78 
 
 		 859 aa  44.3  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  45 
 
 		 655 aa  43.5  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  35 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1139  hypothetical protein  32.38 
 
 		 935 aa  43.9  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1924  DNA topoisomerase I  36.84 
 
 		 868 aa  43.5  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  30.26 
 
 		 757 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2356  DNA topoisomerase I  30 
 
 		 879 aa  43.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0613436  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2657  DNA topoisomerase I  35.53 
 
 		 865 aa  43.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000104499  unclonable  0.0000000870588 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  44.74 
 
 		 793 aa  43.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  42 
 
 		 851 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  42 
 
 		 851 aa  43.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  47.5 
 
 		 748 aa  43.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2162  DNA topoisomerase I  35.53 
 
 		 867 aa  43.1  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.010806  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1346  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 708 aa  43.1  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000122971  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  42.11 
 
 		 836 aa  43.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  45.45 
 
 		 694 aa  42.7  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2172  hypothetical protein  34.12 
 
 		 98 aa  43.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  47.73 
 
 		 710 aa  42.7  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  30.91 
 
 		 756 aa  42.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  33.77 
 
 		 868 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  45 
 
 		 670 aa  43.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2073  DNA topoisomerase I  35.09 
 
 		 802 aa  42.7  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  31.43 
 
 		 813 aa  42.7  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  34.55 
 
 		 327 aa  42.7  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  34.55 
 
 		 440 aa  42.4  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  36 
 
 		 767 aa  42.4  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01574  DNA topoisomerase I  39.22 
 
 		 876 aa  42.4  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  47.37 
 
 		 670 aa  42.4  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>