140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2103 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  100 
 
 		 260 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  60.38 
 
 		 258 aa  306  3e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  60.24 
 
 		 257 aa  299  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  60.16 
 
 		 251 aa  288  8e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  57.43 
 
 		 254 aa  286  2e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2080  hypothetical protein  51.26 
 
 		 193 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.365514  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0327  hypothetical protein  49.75 
 
 		 205 aa  186  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00781136  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1335  DNA topoisomerase, type IA, zn finger domain protein  58.88 
 
 		 209 aa  186  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0670  hypothetical protein  47.96 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000833206  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2372  hypothetical protein  43.22 
 
 		 188 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0219  hypothetical protein  42.44 
 
 		 236 aa  155  7e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925782  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3165  hypothetical protein  43.64 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0147  DNA topoisomerase, type IA, zn finger domain protein  63.2 
 
 		 128 aa  153  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.138783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0202  hypothetical protein  68.63 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000154099 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2011  hypothetical protein  36.65 
 
 		 185 aa  84.3  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.515904  normal  0.333108 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  41.1 
 
 		 269 aa  68.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  47.54 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  41.51 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  60.53 
 
 		 310 aa  62  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  45.45 
 
 		 289 aa  62  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  58.97 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  63.16 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  39.74 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  53.19 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  42.67 
 
 		 739 aa  58.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  47.62 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  60 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  48.72 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  38.81 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  41.07 
 
 		 730 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  36.21 
 
 		 756 aa  53.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  62.16 
 
 		 272 aa  53.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  34.48 
 
 		 779 aa  53.1  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  34.48 
 
 		 779 aa  53.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  52.5 
 
 		 765 aa  53.5  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  60 
 
 		 154 aa  52.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  36.21 
 
 		 841 aa  52.4  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  54.29 
 
 		 285 aa  52.4  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  40.43 
 
 		 255 aa  52.4  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  55.26 
 
 		 836 aa  51.6  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  42 
 
 		 252 aa  52  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  47.17 
 
 		 907 aa  50.4  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  54.05 
 
 		 744 aa  50.4  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  53.85 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  51.28 
 
 		 671 aa  50.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 711 aa  49.7  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  52.78 
 
 		 348 aa  49.3  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  44.9 
 
 		 851 aa  49.3  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  51.28 
 
 		 671 aa  49.3  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  55.56 
 
 		 836 aa  49.3  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  44.9 
 
 		 851 aa  49.3  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08201  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 734 aa  48.9  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0178997  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 857 aa  48.5  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  42.22 
 
 		 859 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  55.56 
 
 		 789 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  37.1 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2461  DNA topoisomerase  43.48 
 
 		 843 aa  47.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1458  DNA topoisomerase I  43.48 
 
 		 827 aa  47.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  48.72 
 
 		 671 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 844 aa  47.4  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  48.48 
 
 		 338 aa  47  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  50 
 
 		 249 aa  47  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2172  hypothetical protein  44.9 
 
 		 98 aa  47  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  51.28 
 
 		 670 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  51.28 
 
 		 670 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0572  DNA topoisomerase I  48 
 
 		 686 aa  47  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0758735  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  43.48 
 
 		 863 aa  47  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2246  DNA topoisomerase III  47.62 
 
 		 685 aa  47  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.205011  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  52.78 
 
 		 780 aa  46.6  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  35.21 
 
 		 783 aa  46.6  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  47.37 
 
 		 864 aa  46.6  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  31.43 
 
 		 702 aa  46.6  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  42.11 
 
 		 230 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  32.5 
 
 		 845 aa  45.8  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  31.96 
 
 		 281 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  58.62 
 
 		 313 aa  46.2  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  31.33 
 
 		 768 aa  45.8  0.0007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  51.52 
 
 		 696 aa  45.8  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  52.63 
 
 		 308 aa  45.8  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  48.72 
 
 		 670 aa  45.8  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  43.75 
 
 		 853 aa  45.4  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1346  DNA topoisomerase I  51.43 
 
 		 708 aa  45.8  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000122971  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 813 aa  45.4  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  52.5 
 
 		 696 aa  45.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  51.35 
 
 		 747 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  48.72 
 
 		 676 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  42.86 
 
 		 694 aa  45.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1139  hypothetical protein  53.7 
 
 		 935 aa  45.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  43.75 
 
 		 880 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0023  DNA topoisomerase III  48.65 
 
 		 679 aa  45.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  48.72 
 
 		 676 aa  45.4  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  43.18 
 
 		 691 aa  43.9  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1011  DNA topoisomerase  62.5 
 
 		 931 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0783808  normal  0.0479859 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  45.24 
 
 		 751 aa  43.9  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  31.17 
 
 		 693 aa  44.3  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  41.67 
 
 		 884 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  44.74 
 
 		 748 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 		 684 aa  43.9  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003651  QueD-like protein  41.03 
 
 		 219 aa  43.5  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  31.71 
 
 		 758 aa  43.5  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>