More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0010 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  50.91 
 
 		 756 aa  647    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  47.27 
 
 		 910 aa  764    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  51.81 
 
 		 757 aa  649    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  44.89 
 
 		 852 aa  681    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  47.84 
 
 		 911 aa  735    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  46.4 
 
 		 894 aa  743    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  54.95 
 
 		 768 aa  721    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  44.46 
 
 		 816 aa  704    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  45.25 
 
 		 884 aa  711    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  48.44 
 
 		 891 aa  722    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  52.79 
 
 		 765 aa  708    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  46.11 
 
 		 877 aa  728    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  47.95 
 
 		 913 aa  745    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  47.05 
 
 		 977 aa  716    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  47.27 
 
 		 910 aa  763    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  54.68 
 
 		 851 aa  725    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  55.79 
 
 		 759 aa  706    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  55.79 
 
 		 759 aa  706    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  46.1 
 
 		 885 aa  727    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  48.22 
 
 		 815 aa  749    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  45.69 
 
 		 914 aa  703    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  43.99 
 
 		 820 aa  691    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 857 aa  1761    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  48.33 
 
 		 911 aa  746    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  51.13 
 
 		 783 aa  783    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  47.75 
 
 		 909 aa  783    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  46.89 
 
 		 884 aa  694    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  47.12 
 
 		 896 aa  732    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  51.51 
 
 		 854 aa  812    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  52.1 
 
 		 758 aa  644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  47.51 
 
 		 924 aa  724    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  49.65 
 
 		 915 aa  771    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  48.5 
 
 		 911 aa  730    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  46.53 
 
 		 859 aa  676    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  44.9 
 
 		 820 aa  703    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  43.84 
 
 		 907 aa  673    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  52.93 
 
 		 765 aa  711    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  48.98 
 
 		 922 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  60.42 
 
 		 845 aa  982    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  47.96 
 
 		 916 aa  711    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  48.02 
 
 		 914 aa  724    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  45.07 
 
 		 869 aa  723    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  48.63 
 
 		 936 aa  749    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  46.87 
 
 		 904 aa  718    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  44.98 
 
 		 893 aa  696    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  47.61 
 
 		 849 aa  733    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  47.66 
 
 		 894 aa  739    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  46.11 
 
 		 877 aa  729    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  47.07 
 
 		 849 aa  726    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  48.76 
 
 		 961 aa  745    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  50.12 
 
 		 824 aa  743    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  46.89 
 
 		 884 aa  695    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  50.9 
 
 		 797 aa  774    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  47.52 
 
 		 867 aa  736    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  53.39 
 
 		 823 aa  795    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  48.19 
 
 		 901 aa  741    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  43.67 
 
 		 900 aa  685    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  47.04 
 
 		 888 aa  755    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  47.19 
 
 		 880 aa  702    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  48.87 
 
 		 834 aa  773    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  50.44 
 
 		 783 aa  662    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  45.07 
 
 		 884 aa  708    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  52.17 
 
 		 758 aa  642    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  48.07 
 
 		 851 aa  728    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  50.3 
 
 		 799 aa  742    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  48.05 
 
 		 815 aa  752    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  54.68 
 
 		 851 aa  725    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  48.8 
 
 		 830 aa  741    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  50.44 
 
 		 779 aa  635  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  50.44 
 
 		 779 aa  634  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  50.73 
 
 		 776 aa  629  1e-179  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  50.22 
 
 		 841 aa  623  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  38.7 
 
 		 827 aa  583  1.0000000000000001e-165  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  45.52 
 
 		 793 aa  580  1e-164  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  47.01 
 
 		 836 aa  580  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  42.03 
 
 		 872 aa  581  1e-164  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  47.44 
 
 		 789 aa  577  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  39.8 
 
 		 874 aa  574  1.0000000000000001e-162  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  40.8 
 
 		 923 aa  573  1.0000000000000001e-162  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  49.43 
 
 		 697 aa  569  1e-161  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  41.33 
 
 		 895 aa  571  1e-161  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 		 913 aa  566  1e-160  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  47.94 
 
 		 711 aa  568  1e-160  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  48.16 
 
 		 710 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  45.8 
 
 		 780 aa  557  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  38.95 
 
 		 962 aa  553  1e-156  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  43.55 
 
 		 853 aa  555  1e-156  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  47.78 
 
 		 696 aa  553  1e-156  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  44.34 
 
 		 840 aa  554  1e-156  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  40.57 
 
 		 877 aa  550  1e-155  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  40.57 
 
 		 877 aa  550  1e-155  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  46.04 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0600  DNA topoisomerase I  46.17 
 
 		 711 aa  551  1e-155  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00101448  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  40.05 
 
 		 883 aa  551  1e-155  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  39.37 
 
 		 924 aa  550  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  46.04 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  47 
 
 		 693 aa  546  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  39.51 
 
 		 910 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  45.01 
 
 		 831 aa  543  1e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  39.13 
 
 		 943 aa  545  1e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>