More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2711 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  46.83 
 
 		 696 aa  646    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  79.69 
 
 		 757 aa  1234    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  74.71 
 
 		 758 aa  1158    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  53.96 
 
 		 768 aa  850    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  47.84 
 
 		 711 aa  688    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  45.18 
 
 		 813 aa  674    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  44.12 
 
 		 697 aa  637    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  45.5 
 
 		 693 aa  648    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  52.37 
 
 		 759 aa  814    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  52.37 
 
 		 759 aa  814    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  82.58 
 
 		 756 aa  1314    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  51.79 
 
 		 824 aa  639    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  46.32 
 
 		 760 aa  656    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  50.78 
 
 		 783 aa  682    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  53.59 
 
 		 765 aa  837    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  65.42 
 
 		 841 aa  1057    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  47.04 
 
 		 793 aa  697    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  79.97 
 
 		 758 aa  1253    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  44.27 
 
 		 747 aa  646    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  54.5 
 
 		 854 aa  662    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  45.09 
 
 		 894 aa  636    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  44.24 
 
 		 831 aa  655    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  52.67 
 
 		 834 aa  649    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  54.05 
 
 		 851 aa  863    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  52.8 
 
 		 845 aa  674    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  98.72 
 
 		 779 aa  1585    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  44.74 
 
 		 853 aa  662    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  44.49 
 
 		 831 aa  655    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  44.49 
 
 		 831 aa  655    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  45.51 
 
 		 710 aa  681    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  53.33 
 
 		 765 aa  833    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  48.89 
 
 		 789 aa  706    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  48.91 
 
 		 797 aa  662    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  48.3 
 
 		 780 aa  689    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  48.84 
 
 		 836 aa  709    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  44.66 
 
 		 751 aa  649    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  46.55 
 
 		 767 aa  683    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  55.54 
 
 		 783 aa  872    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  53.87 
 
 		 823 aa  663    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  74.44 
 
 		 776 aa  1182    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  54.05 
 
 		 851 aa  863    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 779 aa  1603    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  46.63 
 
 		 758 aa  694    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000450772  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  51.66 
 
 		 815 aa  631  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  51.66 
 
 		 815 aa  630  1e-179  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  43.61 
 
 		 691 aa  629  1e-179  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  45.62 
 
 		 702 aa  631  1e-179  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  51.19 
 
 		 830 aa  625  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0816  DNA topoisomerase I  43.48 
 
 		 689 aa  625  1e-177  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.996687  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  50.51 
 
 		 857 aa  622  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  44.75 
 
 		 758 aa  625  1e-177  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2056  DNA topoisomerase I  44.23 
 
 		 706 aa  625  1e-177  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  46.55 
 
 		 697 aa  620  1e-176  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  46.72 
 
 		 894 aa  619  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  44.77 
 
 		 748 aa  622  1e-176  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2485  DNA topoisomerase I  43.85 
 
 		 692 aa  620  1e-176  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000595417  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3684  DNA topoisomerase I  43.79 
 
 		 692 aa  615  1e-175  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0116868  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3574  DNA topoisomerase I  43.66 
 
 		 692 aa  615  1e-175  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000026995  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3592  DNA topoisomerase I  43.79 
 
 		 692 aa  615  1e-175  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00080901  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1381  DNA topoisomerase I  44.29 
 
 		 695 aa  615  1e-175  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.500118 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3971  DNA topoisomerase I  43.79 
 
 		 692 aa  615  1e-175  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000571341  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1956  DNA topoisomerase I  43.35 
 
 		 700 aa  617  1e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1674  DNA topoisomerase I  43.37 
 
 		 700 aa  616  1e-175  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.121954  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3845  DNA topoisomerase I  43.79 
 
 		 692 aa  615  1e-175  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.270330000000001e-60 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  44.8 
 
 		 691 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000153126  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1312  DNA topoisomerase I  43.85 
 
 		 692 aa  613  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000876522  unclonable  7.60195e-25 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0600  DNA topoisomerase I  42.55 
 
 		 711 aa  608  1e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00101448  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3875  DNA topoisomerase I  43.46 
 
 		 692 aa  609  1e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000221974  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1995  DNA topoisomerase I  44.6 
 
 		 691 aa  609  1e-173  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3656  DNA topoisomerase I  43.72 
 
 		 692 aa  611  1e-173  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000216314  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3931  DNA topoisomerase I  43.59 
 
 		 692 aa  608  1e-173  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000332787  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  47.67 
 
 		 799 aa  610  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3880  DNA topoisomerase I  43.46 
 
 		 692 aa  608  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000115411  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  43.51 
 
 		 746 aa  606  9.999999999999999e-173  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  44.88 
 
 		 915 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  46.73 
 
 		 904 aa  606  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0923  DNA topoisomerase I  43.73 
 
 		 714 aa  607  9.999999999999999e-173  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  43.89 
 
 		 696 aa  606  9.999999999999999e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  46.27 
 
 		 914 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  45.3 
 
 		 913 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0916  DNA topoisomerase I  41.94 
 
 		 693 aa  603  1.0000000000000001e-171  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000916095  hitchhiker  0.000814664 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  45.01 
 
 		 859 aa  601  1e-170  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  45.51 
 
 		 820 aa  600  1e-170  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  46.53 
 
 		 884 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0779  DNA topoisomerase I  42.34 
 
 		 706 aa  596  1e-169  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000394767  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  42.8 
 
 		 691 aa  597  1e-169  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  46.39 
 
 		 884 aa  598  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  46.08 
 
 		 820 aa  597  1e-169  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  46.46 
 
 		 911 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  42.8 
 
 		 691 aa  597  1e-169  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  42.44 
 
 		 836 aa  593  1e-168  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  46.72 
 
 		 911 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  46.97 
 
 		 936 aa  594  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  44.99 
 
 		 849 aa  593  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  45.29 
 
 		 896 aa  595  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0158  DNA topoisomerase I  44.73 
 
 		 765 aa  590  1e-167  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  44.05 
 
 		 888 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  43.11 
 
 		 694 aa  589  1e-167  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1304  DNA topoisomerase I  42.19 
 
 		 708 aa  590  1e-167  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.01574  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  45.44 
 
 		 922 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>