47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1002 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  100 
 
 		 281 aa  590  1e-168  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0711  NERD domain-containing protein  38.24 
 
 		 185 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  25.62 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  27.57 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  24.58 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  27.12 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  25.44 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  26.67 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  26.26 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  27.78 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  25.4 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  25.21 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  51.28 
 
 		 329 aa  53.1  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  24.87 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  46.15 
 
 		 338 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  25.58 
 
 		 281 aa  49.3  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  33.33 
 
 		 254 aa  48.9  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  30.11 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  23.72 
 
 		 255 aa  47.4  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  32.88 
 
 		 289 aa  47.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0675  NERD domain-containing protein  30.68 
 
 		 329 aa  47.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160777  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  35.59 
 
 		 212 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  27.03 
 
 		 252 aa  46.6  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  25.37 
 
 		 251 aa  46.6  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  31.96 
 
 		 260 aa  46.2  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  42.5 
 
 		 230 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0648  NERD domain-containing protein  29.55 
 
 		 329 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0135957 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  28.26 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0647  NERD domain-containing protein  29.55 
 
 		 329 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.016807  hitchhiker  0.00000125306 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3374  NERD domain-containing protein  29.55 
 
 		 329 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000216973  decreased coverage  0.000336538 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  48.65 
 
 		 355 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3845  NERD domain-containing protein  24.42 
 
 		 329 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000986897 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  41.3 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  28.57 
 
 		 154 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  30.51 
 
 		 212 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0706  hypothetical protein  30.26 
 
 		 212 aa  43.5  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  42.11 
 
 		 287 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0442  NERD domain protein  34.92 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  45.71 
 
 		 310 aa  43.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  29.55 
 
 		 207 aa  43.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  32.85 
 
 		 199 aa  43.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  30.21 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1330  NERD domain protein  36 
 
 		 540 aa  42.7  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  28.81 
 
 		 212 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  28.81 
 
 		 212 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  35 
 
 		 211 aa  42.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3235  NERD domain protein  36.47 
 
 		 254 aa  42.4  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.0000235763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>