66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2416 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  100 
 
 		 267 aa  551  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  56.08 
 
 		 269 aa  310  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  52.59 
 
 		 262 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  54.28 
 
 		 267 aa  300  2e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  51.32 
 
 		 260 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  42.97 
 
 		 256 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  46.41 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  39.13 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  52.69 
 
 		 199 aa  175  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  45.33 
 
 		 329 aa  172  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  48.15 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  45.54 
 
 		 355 aa  159  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  33.07 
 
 		 259 aa  139  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  35.78 
 
 		 259 aa  131  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  32.97 
 
 		 207 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  30.86 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  32.54 
 
 		 262 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2211  NERD domain-containing protein  35.84 
 
 		 353 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1610  hypothetical protein  28.95 
 
 		 387 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00290154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  46.62 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  31.14 
 
 		 211 aa  98.2  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  46.67 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  49.46 
 
 		 212 aa  89  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  49.46 
 
 		 212 aa  89  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1889  hypothetical protein  35.65 
 
 		 139 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.344159 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1109  hypothetical protein  30.61 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  29.56 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  33.33 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  37.23 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  35.87 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  30.19 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  33.72 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07440  hypothetical protein  36.84 
 
 		 111 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316107  normal  0.202998 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  60 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  59.46 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2594  NERD domain protein  25.76 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.173089  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  29.79 
 
 		 225 aa  57  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  59.46 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.62 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  35.29 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  29.03 
 
 		 255 aa  53.5  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  28.75 
 
 		 154 aa  52  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  48.72 
 
 		 281 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  32.91 
 
 		 287 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  24.87 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  36.36 
 
 		 249 aa  51.2  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5568  NERD domain-containing protein  27.27 
 
 		 233 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.539565 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  43.59 
 
 		 348 aa  49.3  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  51.52 
 
 		 739 aa  49.7  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  50 
 
 		 310 aa  48.9  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  47.5 
 
 		 272 aa  48.1  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  50 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  35.29 
 
 		 730 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  48.72 
 
 		 327 aa  46.6  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  48.72 
 
 		 440 aa  46.6  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  28 
 
 		 286 aa  46.6  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  47.62 
 
 		 971 aa  46.2  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2432  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  26.6 
 
 		 206 aa  46.6  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1381  DNA topoisomerase I  32.35 
 
 		 695 aa  45.8  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.500118 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  47.06 
 
 		 744 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  30.39 
 
 		 693 aa  43.5  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0618  DNA topoisomerase III  27.85 
 
 		 669 aa  42.7  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1346  DNA topoisomerase I  47.62 
 
 		 708 aa  42.7  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000122971  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  24.11 
 
 		 313 aa  42.4  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1205  hypothetical protein  31.48 
 
 		 229 aa  42.4  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0604166  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6548  NERD domain-containing protein  26.17 
 
 		 231 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>