More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2104 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  58.51 
 
 		 1042 aa  1228    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  52.21 
 
 		 1004 aa  1041    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  53.02 
 
 		 996 aa  1053    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  52.92 
 
 		 996 aa  1054    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  45.76 
 
 		 1020 aa  758    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  53.02 
 
 		 996 aa  1050    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  46.38 
 
 		 957 aa  749    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  55.27 
 
 		 995 aa  1046    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 971 aa  2035    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  36.32 
 
 		 1010 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  34.67 
 
 		 996 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  35.73 
 
 		 978 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  35.93 
 
 		 955 aa  451  1e-125  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  31.32 
 
 		 972 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  33.42 
 
 		 914 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  30.87 
 
 		 917 aa  344  5e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  29.35 
 
 		 890 aa  268  2.9999999999999995e-70  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  39.94 
 
 		 685 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  40.45 
 
 		 685 aa  249  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  41.21 
 
 		 684 aa  247  8e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  40.89 
 
 		 684 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  40.89 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  40.89 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  40.89 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  40.89 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  40.89 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  40.89 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  40.89 
 
 		 684 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  36.89 
 
 		 685 aa  244  7.999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  40.72 
 
 		 684 aa  241  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  40.72 
 
 		 684 aa  240  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  39.08 
 
 		 685 aa  240  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  40.72 
 
 		 684 aa  240  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  40.72 
 
 		 684 aa  240  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 		 916 aa  239  2e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  36.81 
 
 		 684 aa  239  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  36.81 
 
 		 684 aa  239  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  35.73 
 
 		 684 aa  238  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  40.39 
 
 		 684 aa  238  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  39.74 
 
 		 684 aa  236  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  38.84 
 
 		 699 aa  232  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  40.5 
 
 		 689 aa  229  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  37.25 
 
 		 684 aa  229  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  40.5 
 
 		 689 aa  228  4e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  36.34 
 
 		 687 aa  218  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  40.88 
 
 		 190 aa  101  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 666 aa  88.6  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 735 aa  83.2  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 		 741 aa  83.6  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  33.77 
 
 		 743 aa  83.2  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.77 
 
 		 739 aa  82  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  31.84 
 
 		 1019 aa  80.5  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  32.75 
 
 		 739 aa  80.5  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  29.79 
 
 		 743 aa  80.1  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.57 
 
 		 742 aa  79  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 		 768 aa  78.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  31.18 
 
 		 762 aa  78.2  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  30.3 
 
 		 706 aa  77.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  34.09 
 
 		 749 aa  75.9  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  34.78 
 
 		 744 aa  75.5  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 736 aa  75.5  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.29 
 
 		 734 aa  75.5  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  25.7 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 747 aa  73.9  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  32.86 
 
 		 726 aa  74.3  0.00000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.19 
 
 		 753 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.55 
 
 		 726 aa  73.6  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.19 
 
 		 753 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.09 
 
 		 781 aa  73.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.5 
 
 		 805 aa  72.8  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.61 
 
 		 715 aa  73.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  29.78 
 
 		 746 aa  72.8  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  27.5 
 
 		 805 aa  72.8  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  28.05 
 
 		 1001 aa  72.8  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 751 aa  72.4  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 751 aa  72.4  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  32.86 
 
 		 668 aa  72.4  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.5 
 
 		 787 aa  72.4  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.06 
 
 		 745 aa  72  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 747 aa  72  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  29.72 
 
 		 753 aa  72  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  29.72 
 
 		 751 aa  72  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 747 aa  72  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.87 
 
 		 1023 aa  72  0.00000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 846 aa  72  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 751 aa  72  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 787 aa  72  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3361  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.68 
 
 		 772 aa  71.6  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.876798 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.68 
 
 		 787 aa  71.6  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 840 aa  71.6  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 787 aa  72  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 787 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  29.71 
 
 		 705 aa  71.6  0.00000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  33.55 
 
 		 1066 aa  71.2  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  26.59 
 
 		 634 aa  70.9  0.0000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 		 786 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4844  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.23 
 
 		 776 aa  70.9  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.07 
 
 		 671 aa  70.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  31.54 
 
 		 797 aa  70.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.06 
 
 		 755 aa  70.9  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>