More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2269 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  44.22 
 
 		 1042 aa  722    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  48.75 
 
 		 1004 aa  876    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  49.24 
 
 		 996 aa  873    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 957 aa  2003    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  49.35 
 
 		 996 aa  871    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  50.16 
 
 		 995 aa  880    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  43.81 
 
 		 1020 aa  808    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  46.38 
 
 		 971 aa  749    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  48.75 
 
 		 996 aa  872    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  34.12 
 
 		 996 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  31.32 
 
 		 1010 aa  393  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  32.44 
 
 		 978 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 		 955 aa  359  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  31.04 
 
 		 972 aa  347  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  31.85 
 
 		 917 aa  343  7e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  31.81 
 
 		 914 aa  333  6e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  33.57 
 
 		 685 aa  231  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  27.07 
 
 		 890 aa  230  8e-59  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  37.46 
 
 		 685 aa  230  8e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  37.39 
 
 		 684 aa  226  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  37.39 
 
 		 684 aa  226  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  37.39 
 
 		 684 aa  226  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  38.12 
 
 		 689 aa  221  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  24.81 
 
 		 916 aa  218  2.9999999999999998e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  37.11 
 
 		 685 aa  217  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  37.54 
 
 		 684 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  36.13 
 
 		 684 aa  217  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  37.25 
 
 		 684 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  37.54 
 
 		 684 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  37.57 
 
 		 689 aa  215  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  36.26 
 
 		 685 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  35.69 
 
 		 684 aa  207  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  35.69 
 
 		 684 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  35.69 
 
 		 684 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  35.69 
 
 		 684 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  35.41 
 
 		 684 aa  203  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  35.09 
 
 		 684 aa  202  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  36.46 
 
 		 699 aa  201  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  34 
 
 		 687 aa  196  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  34.25 
 
 		 190 aa  95.5  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.65 
 
 		 1023 aa  77.4  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 744 aa  73.9  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.93 
 
 		 864 aa  73.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 714 aa  72  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  29.07 
 
 		 900 aa  71.6  0.00000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  24.21 
 
 		 1050 aa  70.5  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  24.65 
 
 		 872 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  44.21 
 
 		 688 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  27.88 
 
 		 762 aa  70.1  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.66 
 
 		 786 aa  69.3  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  32.03 
 
 		 817 aa  69.7  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  44.21 
 
 		 688 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  27.32 
 
 		 783 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  41.76 
 
 		 864 aa  68.9  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 809 aa  68.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.78 
 
 		 817 aa  68.6  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  43.16 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  43.16 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  24.59 
 
 		 822 aa  68.2  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  43.16 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  43.16 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  43.16 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  43.16 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  43.16 
 
 		 657 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.78 
 
 		 783 aa  67  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.12 
 
 		 851 aa  67.4  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  25.14 
 
 		 793 aa  67.4  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  44.05 
 
 		 746 aa  66.6  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  36.21 
 
 		 858 aa  67  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.05 
 
 		 858 aa  67  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3303  UvrD/REP helicase  23.22 
 
 		 814 aa  67  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655382 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  22.78 
 
 		 1019 aa  66.6  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  36.21 
 
 		 858 aa  67  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3150  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 		 834 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2565  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 714 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  39.81 
 
 		 688 aa  66.2  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  39.81 
 
 		 684 aa  65.9  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 786 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.23 
 
 		 787 aa  66.2  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 840 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 787 aa  66.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 787 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 787 aa  65.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2511  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 797 aa  65.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.855383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  41.49 
 
 		 677 aa  65.9  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 		 846 aa  65.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0098  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 		 779 aa  65.5  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.404442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2783  UvrD/REP helicase family protein  24.92 
 
 		 748 aa  65.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25 
 
 		 825 aa  65.5  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  40.66 
 
 		 848 aa  65.1  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  46.84 
 
 		 754 aa  65.1  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.41 
 
 		 797 aa  65.1  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  40.21 
 
 		 1033 aa  65.1  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.44 
 
 		 664 aa  65.1  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>