More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4961 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  43.72 
 
 		 917 aa  734    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 914 aa  1900    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  35.42 
 
 		 996 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  35.42 
 
 		 996 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  34.83 
 
 		 996 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  34.84 
 
 		 1004 aa  396  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  34.46 
 
 		 995 aa  389  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  33.42 
 
 		 971 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  33.04 
 
 		 1042 aa  371  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  35.14 
 
 		 978 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  32.23 
 
 		 1020 aa  350  7e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  32.12 
 
 		 1010 aa  340  7e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  35.56 
 
 		 972 aa  335  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  31.81 
 
 		 957 aa  333  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  30.99 
 
 		 996 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 		 955 aa  288  5e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  30.2 
 
 		 890 aa  284  4.0000000000000003e-75  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 		 916 aa  254  4.0000000000000004e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  34.34 
 
 		 685 aa  179  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  35.92 
 
 		 689 aa  178  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  34.53 
 
 		 685 aa  177  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  35.21 
 
 		 699 aa  177  9e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  34.6 
 
 		 685 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  34.68 
 
 		 684 aa  175  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  34.68 
 
 		 684 aa  175  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  34.68 
 
 		 684 aa  176  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  36.61 
 
 		 684 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  36.61 
 
 		 684 aa  174  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  36.61 
 
 		 684 aa  174  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  36.61 
 
 		 684 aa  174  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  34.39 
 
 		 689 aa  173  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  33.56 
 
 		 685 aa  172  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  36.27 
 
 		 684 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  34.27 
 
 		 684 aa  168  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  33.9 
 
 		 684 aa  162  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  33.9 
 
 		 684 aa  162  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  33.9 
 
 		 684 aa  162  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  33.9 
 
 		 684 aa  162  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  33.9 
 
 		 684 aa  161  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  33.9 
 
 		 684 aa  161  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  33.14 
 
 		 687 aa  161  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  33.9 
 
 		 684 aa  161  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  33.56 
 
 		 684 aa  160  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  33.9 
 
 		 684 aa  160  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  33.56 
 
 		 684 aa  153  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 		 659 aa  93.6  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 		 742 aa  93.2  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  29.83 
 
 		 746 aa  87.4  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  28.37 
 
 		 741 aa  86.7  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.36 
 
 		 755 aa  85.5  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 768 aa  85.5  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  29.05 
 
 		 708 aa  84.7  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  29.06 
 
 		 829 aa  84.3  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  28.11 
 
 		 739 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 669 aa  83.6  0.00000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  29.56 
 
 		 706 aa  83.2  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 		 668 aa  81.6  0.00000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  26.39 
 
 		 678 aa  82  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.21 
 
 		 858 aa  81.6  0.00000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  27.32 
 
 		 742 aa  81.6  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 		 741 aa  81.3  0.00000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  34.36 
 
 		 706 aa  81.3  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  42.72 
 
 		 170 aa  81.3  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.41 
 
 		 731 aa  80.5  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  30.5 
 
 		 749 aa  80.5  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 786 aa  80.5  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 786 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.19 
 
 		 719 aa  80.1  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  28.27 
 
 		 666 aa  80.1  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  31.45 
 
 		 744 aa  80.1  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 739 aa  79.7  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  29.29 
 
 		 634 aa  79.3  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 678 aa  79.3  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1525  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.05 
 
 		 772 aa  79.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  28.25 
 
 		 757 aa  79  0.0000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  28.19 
 
 		 722 aa  79  0.0000000000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  28.72 
 
 		 726 aa  79  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  26.92 
 
 		 744 aa  78.6  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2115  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 616 aa  78.6  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00449221  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.91 
 
 		 747 aa  78.6  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  27.27 
 
 		 666 aa  78.6  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 743 aa  78.2  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.79 
 
 		 734 aa  78.2  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.46 
 
 		 805 aa  77.8  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 805 aa  77.8  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 678 aa  77.8  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.05 
 
 		 781 aa  77  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.65 
 
 		 659 aa  77.4  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.05 
 
 		 781 aa  77  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.54 
 
 		 787 aa  77.4  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.21 
 
 		 753 aa  77.4  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  34.17 
 
 		 726 aa  77.4  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.21 
 
 		 753 aa  77.4  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 		 747 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 		 751 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  30.5 
 
 		 751 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 		 751 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  26.25 
 
 		 743 aa  76.6  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 		 747 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 		 751 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>