More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3303 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2565  UvrD/REP helicase  96.78 
 
 		 714 aa  1378    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2783  UvrD/REP helicase family protein  66.58 
 
 		 748 aa  1019    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2511  UvrD/REP helicase  65.87 
 
 		 797 aa  1052    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.855383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3150  UvrD/REP helicase  93.65 
 
 		 834 aa  1568    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2969  UvrD/REP helicase  87.05 
 
 		 834 aa  1441    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.17586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2672  UvrD/REP helicase  65.41 
 
 		 824 aa  1101    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.221431  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3303  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 814 aa  1667    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  33.51 
 
 		 872 aa  354  5e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3935  putative helicase  35.42 
 
 		 649 aa  188  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46270  putative helicase  34.64 
 
 		 530 aa  180  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.200631  normal  0.0695231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3233  UvrD/REP helicase  34.49 
 
 		 628 aa  178  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.889019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  30.29 
 
 		 724 aa  77.4  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  31.79 
 
 		 723 aa  77.8  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  30.29 
 
 		 724 aa  76.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  30.97 
 
 		 793 aa  76.3  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.86 
 
 		 739 aa  75.1  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  29.12 
 
 		 916 aa  74.7  0.000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  28.2 
 
 		 684 aa  73.9  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  27.8 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 		 996 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  27.8 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  27.8 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 720 aa  72.8  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  27.8 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.97 
 
 		 818 aa  73.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.22 
 
 		 816 aa  72.8  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  30.46 
 
 		 726 aa  72  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  26.07 
 
 		 890 aa  71.2  0.00000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 		 826 aa  71.2  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.62 
 
 		 814 aa  71.2  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 722 aa  71.2  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.14 
 
 		 741 aa  70.5  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  31.78 
 
 		 722 aa  70.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28810  putative DNA helicase  30.92 
 
 		 1707 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0849671  decreased coverage  0.0000000181114 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  29.07 
 
 		 508 aa  70.5  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 		 914 aa  70.9  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  30.16 
 
 		 668 aa  69.7  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  28.57 
 
 		 720 aa  69.7  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  27.49 
 
 		 722 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  31.01 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  31.01 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  27.41 
 
 		 684 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  31.01 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.59 
 
 		 762 aa  69.3  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 723 aa  69.3  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  28.65 
 
 		 721 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  31.5 
 
 		 630 aa  69.3  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  28.94 
 
 		 790 aa  68.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  29.68 
 
 		 822 aa  68.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  28.04 
 
 		 809 aa  68.9  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 		 783 aa  68.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  30.06 
 
 		 721 aa  68.6  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  29.38 
 
 		 728 aa  68.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  23.93 
 
 		 957 aa  68.6  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  32.05 
 
 		 760 aa  68.2  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  26.15 
 
 		 689 aa  68.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  30.06 
 
 		 728 aa  68.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  27.75 
 
 		 737 aa  68.2  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  29.38 
 
 		 729 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.97 
 
 		 735 aa  67  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  28.99 
 
 		 727 aa  67  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 728 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  27.76 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  26.79 
 
 		 684 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  27.76 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 		 735 aa  67  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  32.45 
 
 		 744 aa  67  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  28.9 
 
 		 723 aa  67.4  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  27.76 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  30.51 
 
 		 681 aa  67  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  26.42 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  28.81 
 
 		 728 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  31.61 
 
 		 798 aa  66.6  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  31.61 
 
 		 795 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  31.58 
 
 		 816 aa  66.2  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.47 
 
 		 783 aa  66.6  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  30.9 
 
 		 737 aa  66.6  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  26.47 
 
 		 685 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  26.42 
 
 		 684 aa  66.2  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  27.59 
 
 		 639 aa  66.6  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  31.93 
 
 		 724 aa  66.2  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 		 790 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  30.83 
 
 		 786 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  32.47 
 
 		 786 aa  66.6  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 929 aa  66.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  30.12 
 
 		 800 aa  66.2  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  32.69 
 
 		 825 aa  66.6  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  30.83 
 
 		 786 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.81 
 
 		 728 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  31.61 
 
 		 795 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>