More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2672 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2565  UvrD/REP helicase  67.84 
 
 		 714 aa  992    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2783  UvrD/REP helicase family protein  71.08 
 
 		 748 aa  1118    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2511  UvrD/REP helicase  71.34 
 
 		 797 aa  1180    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.855383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3303  UvrD/REP helicase  65.41 
 
 		 814 aa  1081    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655382 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2672  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 824 aa  1702    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.221431  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2969  UvrD/REP helicase  66.38 
 
 		 834 aa  1108    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.17586 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3150  UvrD/REP helicase  66.75 
 
 		 834 aa  1123    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  33.45 
 
 		 872 aa  395  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3935  putative helicase  35.01 
 
 		 649 aa  193  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46270  putative helicase  35.28 
 
 		 530 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.200631  normal  0.0695231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3233  UvrD/REP helicase  35.37 
 
 		 628 aa  184  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.889019  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  31.21 
 
 		 722 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  30.39 
 
 		 724 aa  78.2  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 722 aa  78.2  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 722 aa  78.2  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 722 aa  78.2  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  30.2 
 
 		 659 aa  77  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  29.32 
 
 		 646 aa  76.6  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.51 
 
 		 739 aa  76.3  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 722 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.01 
 
 		 816 aa  75.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1120  UvrD/REP helicase  29.73 
 
 		 728 aa  75.5  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169782  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 722 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  31.47 
 
 		 639 aa  75.5  0.000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  28.21 
 
 		 684 aa  75.1  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  28.67 
 
 		 685 aa  75.1  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  28.92 
 
 		 744 aa  75.1  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 		 659 aa  74.7  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.56 
 
 		 639 aa  74.3  0.000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  28.32 
 
 		 722 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  29.83 
 
 		 724 aa  74.3  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  28.32 
 
 		 722 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  28.68 
 
 		 929 aa  74.3  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  22.85 
 
 		 995 aa  74.3  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  29.24 
 
 		 721 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  30.06 
 
 		 729 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 641 aa  73.9  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  26.32 
 
 		 685 aa  73.9  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  30.47 
 
 		 687 aa  73.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  29.63 
 
 		 786 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  26.32 
 
 		 685 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 		 996 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 826 aa  73.6  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  37.37 
 
 		 825 aa  72.8  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 727 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  29.63 
 
 		 786 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  29.1 
 
 		 829 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  27.61 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  26.24 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  26.24 
 
 		 684 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  27.61 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  27.61 
 
 		 684 aa  72.4  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  26.24 
 
 		 684 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  35.96 
 
 		 723 aa  72  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  27.01 
 
 		 793 aa  72  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  27.62 
 
 		 721 aa  72  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  27.78 
 
 		 816 aa  72  0.00000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  31.36 
 
 		 737 aa  72.4  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  26.24 
 
 		 684 aa  72  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  29.48 
 
 		 728 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 726 aa  71.6  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  29.05 
 
 		 809 aa  71.6  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  29.82 
 
 		 721 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  37.37 
 
 		 826 aa  72  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  33.87 
 
 		 783 aa  71.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  27.49 
 
 		 822 aa  71.6  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  28.92 
 
 		 743 aa  71.6  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.96 
 
 		 837 aa  71.2  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.46 
 
 		 830 aa  71.6  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  31.41 
 
 		 723 aa  71.6  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 		 916 aa  71.2  0.00000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  30.12 
 
 		 724 aa  71.2  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.94 
 
 		 892 aa  70.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  26.14 
 
 		 684 aa  71.2  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 		 816 aa  70.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  27.75 
 
 		 724 aa  70.5  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.14 
 
 		 858 aa  70.9  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.82 
 
 		 876 aa  70.5  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  28.02 
 
 		 720 aa  70.1  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 508 aa  70.5  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  27.47 
 
 		 720 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  27.32 
 
 		 723 aa  69.7  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  34.82 
 
 		 786 aa  69.7  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 		 720 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  27.49 
 
 		 721 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  25.76 
 
 		 684 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  25.76 
 
 		 684 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  34.78 
 
 		 732 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.56 
 
 		 817 aa  69.7  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  25.76 
 
 		 684 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 		 720 aa  69.7  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  28.96 
 
 		 723 aa  69.7  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.9 
 
 		 728 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 		 720 aa  69.7  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.27 
 
 		 757 aa  70.1  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30 
 
 		 785 aa  69.7  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.49 
 
 		 818 aa  69.3  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  27.91 
 
 		 781 aa  70.1  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.517963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>