More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3233 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3935  putative helicase  66.72 
 
 		 649 aa  823    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3233  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 628 aa  1277    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.889019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46270  putative helicase  70.38 
 
 		 530 aa  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.200631  normal  0.0695231 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 		 872 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2672  UvrD/REP helicase  35.37 
 
 		 824 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.221431  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3150  UvrD/REP helicase  35.03 
 
 		 834 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3303  UvrD/REP helicase  34.49 
 
 		 814 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655382 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2565  UvrD/REP helicase  34.69 
 
 		 714 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2969  UvrD/REP helicase  34.05 
 
 		 834 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.17586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2783  UvrD/REP helicase family protein  30.77 
 
 		 748 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2511  UvrD/REP helicase  31.27 
 
 		 797 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.855383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  26.8 
 
 		 685 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  25.63 
 
 		 721 aa  103  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 		 742 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  25.39 
 
 		 722 aa  99.4  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  25.39 
 
 		 722 aa  99.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  25.39 
 
 		 722 aa  97.8  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  24.8 
 
 		 722 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 736 aa  97.4  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  24.62 
 
 		 722 aa  97.4  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  25.32 
 
 		 765 aa  96.7  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  24.54 
 
 		 722 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  24.54 
 
 		 722 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  25.13 
 
 		 722 aa  96.7  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  24.54 
 
 		 722 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  26.12 
 
 		 727 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  25.78 
 
 		 685 aa  95.5  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  25.64 
 
 		 722 aa  95.1  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  24.87 
 
 		 726 aa  95.5  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  25.92 
 
 		 720 aa  95.1  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  25.92 
 
 		 723 aa  95.1  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.9 
 
 		 725 aa  94  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  26.2 
 
 		 727 aa  94  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25 
 
 		 739 aa  92.8  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  25.79 
 
 		 685 aa  93.6  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  25.97 
 
 		 684 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  26.17 
 
 		 737 aa  92.8  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  24.31 
 
 		 732 aa  92.8  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.39 
 
 		 768 aa  92.8  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  25.78 
 
 		 684 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 684 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  25.78 
 
 		 684 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  25.78 
 
 		 684 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  25.78 
 
 		 684 aa  92  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  24.32 
 
 		 741 aa  92  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  27.34 
 
 		 684 aa  92  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  25.78 
 
 		 684 aa  92  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 728 aa  91.7  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26 
 
 		 829 aa  91.7  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.81 
 
 		 671 aa  91.3  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.74 
 
 		 754 aa  91.3  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  24.86 
 
 		 721 aa  90.5  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 		 1073 aa  90.5  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  90.5  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  90.1  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  24.3 
 
 		 731 aa  90.1  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.82 
 
 		 748 aa  90.1  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 671 aa  89.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 671 aa  89.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 		 858 aa  89  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  25.35 
 
 		 721 aa  89.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 682 aa  89  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  26.45 
 
 		 717 aa  86.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  25.34 
 
 		 726 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  24.17 
 
 		 721 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 742 aa  86.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  23.74 
 
 		 786 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  25.98 
 
 		 726 aa  86.3  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  24.2 
 
 		 787 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  24.2 
 
 		 840 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 1232 aa  85.5  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  25.06 
 
 		 787 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.67 
 
 		 730 aa  85.1  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.67 
 
 		 730 aa  85.1  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  24.53 
 
 		 687 aa  84.7  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  26.37 
 
 		 725 aa  84  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  21.79 
 
 		 807 aa  83.6  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.88 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  25.88 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  26.29 
 
 		 724 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.56 
 
 		 814 aa  83.2  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 680 aa  82.8  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.88 
 
 		 688 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  26 
 
 		 727 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.97 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.46 
 
 		 802 aa  82.4  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 		 783 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.18 
 
 		 795 aa  82.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  25.06 
 
 		 790 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  24.83 
 
 		 787 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  25.82 
 
 		 688 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 846 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>