More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2544 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  68.27 
 
 		 684 aa  988    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  68.27 
 
 		 684 aa  988    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  67.84 
 
 		 684 aa  983    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  68.13 
 
 		 684 aa  986    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  67.84 
 
 		 684 aa  970    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  73.68 
 
 		 684 aa  1072    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  67.84 
 
 		 684 aa  971    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  73.68 
 
 		 685 aa  1065    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  68.27 
 
 		 684 aa  988    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  68.27 
 
 		 684 aa  988    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  73.98 
 
 		 684 aa  1067    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  68.13 
 
 		 684 aa  988    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  67.98 
 
 		 684 aa  970    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  67.98 
 
 		 684 aa  970    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  92.55 
 
 		 685 aa  1316    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  73.83 
 
 		 684 aa  1073    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  71.82 
 
 		 685 aa  1051    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  68.13 
 
 		 684 aa  985    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  100 
 
 		 685 aa  1409    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  73.83 
 
 		 684 aa  1073    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  68.13 
 
 		 684 aa  986    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  67.69 
 
 		 684 aa  955    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  67.84 
 
 		 684 aa  970    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  35.86 
 
 		 687 aa  419  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  35.81 
 
 		 689 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  35.92 
 
 		 699 aa  388  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  35.08 
 
 		 689 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  40.43 
 
 		 1042 aa  250  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  43.08 
 
 		 995 aa  249  8e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  36.89 
 
 		 971 aa  244  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  38.11 
 
 		 1020 aa  243  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  40.44 
 
 		 996 aa  233  6e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  40.13 
 
 		 996 aa  233  9e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  40.65 
 
 		 996 aa  230  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  39.5 
 
 		 1004 aa  230  8e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  36.26 
 
 		 957 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  35.59 
 
 		 1010 aa  208  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  38.62 
 
 		 996 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  34.41 
 
 		 978 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  34.8 
 
 		 955 aa  189  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  34.34 
 
 		 914 aa  179  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  31.41 
 
 		 917 aa  174  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  35.79 
 
 		 972 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  30.88 
 
 		 890 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  28.73 
 
 		 666 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 714 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  30.85 
 
 		 829 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.19 
 
 		 741 aa  120  7e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.59 
 
 		 726 aa  120  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  30.48 
 
 		 677 aa  120  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  30.11 
 
 		 705 aa  119  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.37 
 
 		 785 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  30.57 
 
 		 786 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 786 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 916 aa  117  5e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  30.11 
 
 		 746 aa  117  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.43 
 
 		 735 aa  117  6e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  30.28 
 
 		 743 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.24 
 
 		 932 aa  115  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.02 
 
 		 671 aa  114  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.73 
 
 		 671 aa  114  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  26.93 
 
 		 724 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  30.92 
 
 		 685 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  29.12 
 
 		 757 aa  112  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 743 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  27.94 
 
 		 723 aa  112  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  30.09 
 
 		 768 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  28.02 
 
 		 639 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  30.06 
 
 		 634 aa  111  5e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.65 
 
 		 757 aa  110  6e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0098  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 779 aa  111  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.404442 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.75 
 
 		 743 aa  110  7.000000000000001e-23  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 783 aa  110  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.91 
 
 		 639 aa  109  1e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  28.91 
 
 		 749 aa  110  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 		 744 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  30.12 
 
 		 724 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.17 
 
 		 781 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  29.24 
 
 		 787 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.17 
 
 		 781 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.45 
 
 		 756 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  30.29 
 
 		 736 aa  109  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  30.72 
 
 		 739 aa  108  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  28.69 
 
 		 728 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  28.36 
 
 		 678 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  28.95 
 
 		 787 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  28.95 
 
 		 786 aa  108  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.69 
 
 		 728 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  28.73 
 
 		 679 aa  108  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  28.69 
 
 		 728 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  27.68 
 
 		 653 aa  108  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  28.16 
 
 		 672 aa  108  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.7 
 
 		 730 aa  107  6e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.61 
 
 		 797 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>