More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5352 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  62.9 
 
 		 720 aa  939    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  62.9 
 
 		 720 aa  939    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  99.86 
 
 		 728 aa  1488    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  56.01 
 
 		 728 aa  787    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  100 
 
 		 728 aa  1489    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  46.34 
 
 		 787 aa  665    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  59.09 
 
 		 726 aa  855    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  60.77 
 
 		 723 aa  915    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  45.71 
 
 		 829 aa  654    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  58.48 
 
 		 721 aa  890    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  59.92 
 
 		 724 aa  899    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  46.13 
 
 		 786 aa  656    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  56.51 
 
 		 723 aa  818    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  60.5 
 
 		 722 aa  914    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  86.21 
 
 		 727 aa  1296    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  60.28 
 
 		 722 aa  908    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  62.48 
 
 		 720 aa  937    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  83.08 
 
 		 727 aa  1208    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  46.46 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  57.2 
 
 		 721 aa  826    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  57.2 
 
 		 721 aa  824    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  86.34 
 
 		 727 aa  1276    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  50.07 
 
 		 713 aa  688    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  47.46 
 
 		 783 aa  663    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.73 
 
 		 786 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  49.32 
 
 		 726 aa  662    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  98.9 
 
 		 728 aa  1475    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  46.46 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  46.46 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  57.02 
 
 		 717 aa  825    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  86.96 
 
 		 727 aa  1290    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  46.21 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  53.64 
 
 		 723 aa  774    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.71 
 
 		 787 aa  658    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  94.54 
 
 		 729 aa  1394    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  63.03 
 
 		 720 aa  940    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  47.04 
 
 		 790 aa  666    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  44.72 
 
 		 822 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  54.7 
 
 		 741 aa  810    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  60.33 
 
 		 737 aa  924    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  49.47 
 
 		 743 aa  687    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  63.17 
 
 		 720 aa  914    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  63.03 
 
 		 720 aa  940    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  46.15 
 
 		 787 aa  659    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  56.21 
 
 		 730 aa  802    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  46.73 
 
 		 787 aa  662    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  57.38 
 
 		 721 aa  864    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  83.45 
 
 		 728 aa  1233    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.72 
 
 		 816 aa  637    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  62.76 
 
 		 720 aa  937    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  44.42 
 
 		 814 aa  654    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  63.15 
 
 		 724 aa  933    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  63.03 
 
 		 720 aa  912    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  48.99 
 
 		 731 aa  679    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  43.28 
 
 		 825 aa  646    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  47.34 
 
 		 783 aa  662    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  58.4 
 
 		 722 aa  884    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  53.64 
 
 		 723 aa  774    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  60.66 
 
 		 739 aa  885    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  63.17 
 
 		 720 aa  914    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.29 
 
 		 787 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  54.33 
 
 		 646 aa  719    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  46.46 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  62.34 
 
 		 723 aa  936    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  46.09 
 
 		 846 aa  660    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  46.46 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  57.38 
 
 		 721 aa  865    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  59.15 
 
 		 724 aa  900    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  58.9 
 
 		 726 aa  895    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  58.6 
 
 		 725 aa  808    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  56.51 
 
 		 720 aa  817    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  46.15 
 
 		 786 aa  661    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  54.18 
 
 		 726 aa  803    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  60.64 
 
 		 722 aa  915    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  60.5 
 
 		 722 aa  914    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  58.6 
 
 		 725 aa  842    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  58.18 
 
 		 727 aa  879    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.61 
 
 		 818 aa  653    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  62.9 
 
 		 720 aa  939    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  46.06 
 
 		 840 aa  665    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  83.31 
 
 		 728 aa  1231    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  46.46 
 
 		 787 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  62.76 
 
 		 720 aa  938    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  61.1 
 
 		 724 aa  914    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  44.87 
 
 		 848 aa  635    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  59.72 
 
 		 722 aa  904    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  46.04 
 
 		 788 aa  659    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  46.09 
 
 		 787 aa  661    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  62.76 
 
 		 720 aa  938    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  60.5 
 
 		 722 aa  914    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  62.76 
 
 		 720 aa  938    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  62.34 
 
 		 726 aa  939    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  63.03 
 
 		 720 aa  940    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  46.09 
 
 		 787 aa  660    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  59.72 
 
 		 722 aa  903    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  60.97 
 
 		 723 aa  921    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  59.7 
 
 		 721 aa  896    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  59.72 
 
 		 722 aa  903    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  53.1 
 
 		 723 aa  763    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  46.21 
 
 		 788 aa  675    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>