More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2454 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  100 
 
 		 1042 aa  2174    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  50.87 
 
 		 996 aa  1036    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  50.05 
 
 		 1004 aa  1025    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  50.82 
 
 		 996 aa  1032    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  50.72 
 
 		 996 aa  1039    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  44.01 
 
 		 1020 aa  727    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  44.43 
 
 		 957 aa  724    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  50.96 
 
 		 995 aa  1019    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  58.61 
 
 		 971 aa  1235    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  34.51 
 
 		 1010 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  35.36 
 
 		 996 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  34.64 
 
 		 978 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  35.01 
 
 		 955 aa  440  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  33.29 
 
 		 972 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  33.04 
 
 		 914 aa  371  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  30.92 
 
 		 917 aa  346  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  42.68 
 
 		 685 aa  264  8e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  41.67 
 
 		 685 aa  260  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  43.69 
 
 		 684 aa  259  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  43.37 
 
 		 684 aa  257  7e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  43.37 
 
 		 684 aa  257  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  43.37 
 
 		 684 aa  257  7e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  43.37 
 
 		 684 aa  257  7e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  43.37 
 
 		 684 aa  257  7e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  43.37 
 
 		 684 aa  257  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  43.04 
 
 		 684 aa  256  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  43.04 
 
 		 684 aa  253  9.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  42.53 
 
 		 684 aa  253  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  42.53 
 
 		 684 aa  253  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  42.53 
 
 		 684 aa  253  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  40.43 
 
 		 685 aa  251  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  41.69 
 
 		 684 aa  250  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  42.35 
 
 		 684 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  42.35 
 
 		 684 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  42.35 
 
 		 684 aa  249  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  42.35 
 
 		 684 aa  250  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  42.53 
 
 		 685 aa  248  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  27.94 
 
 		 890 aa  248  6e-64  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  26.91 
 
 		 916 aa  247  8e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  42.02 
 
 		 684 aa  247  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  39.74 
 
 		 699 aa  243  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  42.44 
 
 		 684 aa  240  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  41.99 
 
 		 689 aa  232  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  38.79 
 
 		 689 aa  227  8e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  35.88 
 
 		 687 aa  221  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  32.65 
 
 		 190 aa  86.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  32.93 
 
 		 1019 aa  82  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  33.54 
 
 		 706 aa  79.3  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  29.7 
 
 		 735 aa  79.3  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  30.91 
 
 		 743 aa  78.2  0.0000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  30.52 
 
 		 741 aa  75.5  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  31.55 
 
 		 170 aa  75.1  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  29.52 
 
 		 739 aa  74.7  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  29.09 
 
 		 739 aa  74.7  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  32.85 
 
 		 1232 aa  74.7  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 768 aa  73.9  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.29 
 
 		 685 aa  74.3  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0098  UvrD/REP helicase  32.88 
 
 		 779 aa  73.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.404442 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.28 
 
 		 667 aa  72.8  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 797 aa  72.8  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  32.05 
 
 		 689 aa  73.2  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 714 aa  73.2  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  29.25 
 
 		 743 aa  72.8  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.13 
 
 		 1023 aa  73.2  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 797 aa  72.8  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26 
 
 		 932 aa  71.6  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  28.67 
 
 		 719 aa  71.6  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 		 1001 aa  71.2  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  27.68 
 
 		 678 aa  70.5  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.34 
 
 		 671 aa  71.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  28.66 
 
 		 666 aa  71.2  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.47 
 
 		 742 aa  70.5  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.9 
 
 		 797 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 1066 aa  70.5  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 		 668 aa  69.7  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.43 
 
 		 762 aa  69.3  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 681 aa  69.3  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.71 
 
 		 734 aa  69.3  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  31.85 
 
 		 753 aa  68.9  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  23.32 
 
 		 872 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  28.67 
 
 		 807 aa  68.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.71 
 
 		 690 aa  68.6  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  28.11 
 
 		 708 aa  68.6  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  28.66 
 
 		 1124 aa  68.2  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  29.93 
 
 		 749 aa  68.2  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.22 
 
 		 673 aa  68.6  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.59 
 
 		 781 aa  68.2  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  29.71 
 
 		 630 aa  68.2  0.0000000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  30.61 
 
 		 666 aa  68.2  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  26.73 
 
 		 1032 aa  67.4  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.85 
 
 		 719 aa  67.8  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.32 
 
 		 830 aa  67.8  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  45.12 
 
 		 677 aa  67.8  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 		 1142 aa  67.8  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.53 
 
 		 662 aa  66.6  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3361  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.01 
 
 		 772 aa  67  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.876798 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.66 
 
 		 725 aa  66.6  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 789 aa  66.6  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 666 aa  67  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  29.56 
 
 		 689 aa  67  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>