More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2007 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  49.09 
 
 		 768 aa  705    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 714 aa  1472    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  53.8 
 
 		 719 aa  794    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  55.57 
 
 		 789 aa  704    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  53.38 
 
 		 724 aa  730    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  55.82 
 
 		 719 aa  806    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  44.58 
 
 		 681 aa  524  1e-147  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  39.06 
 
 		 754 aa  450  1e-125  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  39.26 
 
 		 745 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  38.8 
 
 		 726 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  38.8 
 
 		 726 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  38.62 
 
 		 725 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  36.39 
 
 		 742 aa  399  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  40.29 
 
 		 702 aa  399  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  39.14 
 
 		 700 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  40.68 
 
 		 725 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.94 
 
 		 686 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  35.4 
 
 		 733 aa  389  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  37.01 
 
 		 655 aa  388  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  37.74 
 
 		 688 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  37.42 
 
 		 689 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  36.27 
 
 		 669 aa  380  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 717 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  36.38 
 
 		 694 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  37.94 
 
 		 710 aa  379  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  35.55 
 
 		 689 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  36.9 
 
 		 687 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  39.65 
 
 		 702 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  37.05 
 
 		 686 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  35.48 
 
 		 685 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  38.21 
 
 		 686 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  37.73 
 
 		 712 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  35.73 
 
 		 750 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 668 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  36.75 
 
 		 648 aa  366  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  36.75 
 
 		 648 aa  366  1e-100  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  35.99 
 
 		 687 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  34.9 
 
 		 708 aa  360  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  35.05 
 
 		 720 aa  360  5e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  36.6 
 
 		 716 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  36.6 
 
 		 716 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  37.7 
 
 		 676 aa  352  2e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  36.48 
 
 		 745 aa  350  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  32.52 
 
 		 769 aa  347  3e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  33.64 
 
 		 706 aa  342  1e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  32.12 
 
 		 755 aa  340  5.9999999999999996e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 630 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.47 
 
 		 749 aa  332  1e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  32.66 
 
 		 656 aa  332  2e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.11 
 
 		 729 aa  330  5.0000000000000004e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  35.31 
 
 		 764 aa  327  5e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  30.17 
 
 		 735 aa  327  7e-88  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.09 
 
 		 730 aa  325  1e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  30.96 
 
 		 757 aa  326  1e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.09 
 
 		 730 aa  325  1e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.8 
 
 		 756 aa  325  2e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.24 
 
 		 729 aa  324  4e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.14 
 
 		 789 aa  323  5e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  34.05 
 
 		 707 aa  322  1.9999999999999998e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.24 
 
 		 737 aa  320  7e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.25 
 
 		 751 aa  320  7e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.71 
 
 		 751 aa  320  7.999999999999999e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  32.29 
 
 		 724 aa  319  1e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.86 
 
 		 739 aa  317  5e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  34.53 
 
 		 768 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  31.22 
 
 		 731 aa  313  4.999999999999999e-84  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.68 
 
 		 765 aa  313  7.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  33.44 
 
 		 625 aa  313  1e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  34.11 
 
 		 726 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.92 
 
 		 788 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.28 
 
 		 741 aa  310  4e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.2 
 
 		 742 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.63 
 
 		 785 aa  310  5.9999999999999995e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  31.72 
 
 		 765 aa  310  9e-83  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.34 
 
 		 732 aa  309  9e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  33.11 
 
 		 728 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  33.78 
 
 		 727 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  33.11 
 
 		 728 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  33.05 
 
 		 709 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  33.24 
 
 		 728 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  33.05 
 
 		 709 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  31.93 
 
 		 722 aa  307  3e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  29.96 
 
 		 773 aa  308  3e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 706 aa  308  3e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  33.6 
 
 		 727 aa  308  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.1 
 
 		 736 aa  308  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  31.94 
 
 		 734 aa  308  3e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  32.47 
 
 		 721 aa  308  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  33.51 
 
 		 727 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  31.7 
 
 		 722 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  31.89 
 
 		 722 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  31.66 
 
 		 722 aa  306  6e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.52 
 
 		 725 aa  306  6e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  33.51 
 
 		 727 aa  306  9.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  30.35 
 
 		 778 aa  306  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.81 
 
 		 759 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  31.94 
 
 		 721 aa  305  2.0000000000000002e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  33.24 
 
 		 725 aa  305  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  32.28 
 
 		 743 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  33.56 
 
 		 729 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>