More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2745 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  62.93 
 
 		 710 aa  855    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  75.33 
 
 		 686 aa  1037    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  63.7 
 
 		 750 aa  895    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  70.97 
 
 		 689 aa  1019    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  63.81 
 
 		 725 aa  847    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  63.37 
 
 		 702 aa  865    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  61.52 
 
 		 716 aa  832    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  79.25 
 
 		 686 aa  1113    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 687 aa  1393    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  77.81 
 
 		 694 aa  1101    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  65.09 
 
 		 708 aa  891    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  80.84 
 
 		 688 aa  1126    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  79.62 
 
 		 687 aa  1127    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  80.38 
 
 		 689 aa  1131    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  63.76 
 
 		 702 aa  856    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  65.23 
 
 		 720 aa  908    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  73.22 
 
 		 717 aa  1040    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  61.52 
 
 		 716 aa  832    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  75.55 
 
 		 686 aa  1059    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  75 
 
 		 685 aa  1042    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  61.99 
 
 		 712 aa  818    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  60.86 
 
 		 745 aa  826    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  49.7 
 
 		 700 aa  609  1e-173  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  43.15 
 
 		 676 aa  436  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  39.66 
 
 		 681 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  35.47 
 
 		 754 aa  401  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  35.53 
 
 		 655 aa  374  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  37.7 
 
 		 669 aa  374  1e-102  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  39.43 
 
 		 725 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  39.12 
 
 		 745 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  39.56 
 
 		 726 aa  364  3e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  35.93 
 
 		 714 aa  363  6e-99  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  39.4 
 
 		 726 aa  363  8e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  34.92 
 
 		 742 aa  342  2e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  36.3 
 
 		 724 aa  340  5e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  37.03 
 
 		 719 aa  338  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.17 
 
 		 719 aa  331  3e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  34.11 
 
 		 656 aa  328  1.0000000000000001e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  34.5 
 
 		 648 aa  326  8.000000000000001e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  34.5 
 
 		 648 aa  326  8.000000000000001e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  33.49 
 
 		 733 aa  325  2e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  34.66 
 
 		 789 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  35.4 
 
 		 768 aa  311  4e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  32.38 
 
 		 630 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  31.4 
 
 		 706 aa  302  1e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  34.7 
 
 		 668 aa  300  6e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.31 
 
 		 735 aa  299  1e-79  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.77 
 
 		 785 aa  298  2e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 		 625 aa  298  3e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.57 
 
 		 773 aa  297  5e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  33.13 
 
 		 727 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  33.43 
 
 		 721 aa  290  9e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.29 
 
 		 749 aa  289  1e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.68 
 
 		 829 aa  288  2e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.45 
 
 		 789 aa  288  2e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  31.23 
 
 		 773 aa  288  2.9999999999999996e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  31 
 
 		 757 aa  287  5e-76  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  33.33 
 
 		 722 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  33.33 
 
 		 722 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  33.33 
 
 		 722 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  33.33 
 
 		 722 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.95 
 
 		 718 aa  285  2.0000000000000002e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  33.19 
 
 		 722 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.54 
 
 		 857 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  33.19 
 
 		 722 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  33.04 
 
 		 722 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  33.04 
 
 		 722 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  30.17 
 
 		 724 aa  283  5.000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  31.86 
 
 		 734 aa  283  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  32.58 
 
 		 727 aa  283  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.58 
 
 		 755 aa  283  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.19 
 
 		 833 aa  283  1e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.93 
 
 		 768 aa  282  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.36 
 
 		 858 aa  281  2e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.99 
 
 		 739 aa  281  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  32.89 
 
 		 722 aa  281  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.98 
 
 		 673 aa  281  3e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.04 
 
 		 715 aa  281  4e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  33.02 
 
 		 727 aa  281  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  33.91 
 
 		 678 aa  281  4e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.2 
 
 		 797 aa  281  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  32.51 
 
 		 728 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.36 
 
 		 754 aa  279  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  33.64 
 
 		 728 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  31.67 
 
 		 706 aa  278  2e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  31.13 
 
 		 722 aa  278  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 764 aa  278  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  33.64 
 
 		 728 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  32.72 
 
 		 807 aa  278  2e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  32.36 
 
 		 728 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  32.36 
 
 		 728 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  32.06 
 
 		 721 aa  277  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  34.68 
 
 		 797 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  34.68 
 
 		 797 aa  277  6e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.65 
 
 		 831 aa  277  6e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  33.14 
 
 		 804 aa  276  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  31.71 
 
 		 724 aa  276  7e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  30.91 
 
 		 769 aa  276  8e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.05 
 
 		 851 aa  276  8e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  31.87 
 
 		 724 aa  276  9e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>