More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0232 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  63.92 
 
 		 694 aa  886    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  62.61 
 
 		 716 aa  863    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  64.02 
 
 		 710 aa  879    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  63.61 
 
 		 686 aa  871    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  63.88 
 
 		 687 aa  883    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  65.01 
 
 		 685 aa  894    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  87.75 
 
 		 725 aa  1186    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  67.64 
 
 		 702 aa  921    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  61.94 
 
 		 745 aa  843    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  62.61 
 
 		 716 aa  863    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  65.62 
 
 		 750 aa  920    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  65.16 
 
 		 686 aa  870    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  63.76 
 
 		 687 aa  874    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  66.2 
 
 		 708 aa  902    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  65.59 
 
 		 688 aa  901    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  63.52 
 
 		 689 aa  895    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 702 aa  1427    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  62.55 
 
 		 689 aa  890    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  64.27 
 
 		 717 aa  920    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  65.47 
 
 		 720 aa  905    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  63.85 
 
 		 686 aa  878    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  61.06 
 
 		 712 aa  828    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  50.71 
 
 		 700 aa  627  1e-178  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  43.33 
 
 		 681 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  44.91 
 
 		 676 aa  438  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  41.37 
 
 		 745 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  41.37 
 
 		 725 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  41.21 
 
 		 726 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  36.46 
 
 		 754 aa  404  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  41.05 
 
 		 726 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 714 aa  390  1e-107  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  36.3 
 
 		 655 aa  380  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  39.55 
 
 		 719 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  39.15 
 
 		 669 aa  375  1e-102  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  39.17 
 
 		 724 aa  367  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 		 789 aa  360  4e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  38.83 
 
 		 768 aa  358  2.9999999999999997e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  35.51 
 
 		 742 aa  356  7.999999999999999e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  35.38 
 
 		 656 aa  353  7e-96  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.61 
 
 		 719 aa  348  1e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  33.64 
 
 		 733 aa  344  2.9999999999999997e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  35.01 
 
 		 648 aa  338  2.9999999999999997e-91  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  35.01 
 
 		 648 aa  338  2.9999999999999997e-91  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  35.82 
 
 		 668 aa  326  1e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.17 
 
 		 630 aa  317  5e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  32.01 
 
 		 706 aa  317  6e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.38 
 
 		 773 aa  301  3e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.98 
 
 		 742 aa  294  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  31.1 
 
 		 625 aa  289  1e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.03 
 
 		 749 aa  287  5.999999999999999e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.03 
 
 		 755 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  33.87 
 
 		 707 aa  283  6.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.08 
 
 		 735 aa  283  7.000000000000001e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.05 
 
 		 765 aa  283  9e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.3 
 
 		 858 aa  283  1e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  33.96 
 
 		 765 aa  281  3e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.01 
 
 		 754 aa  281  3e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.99 
 
 		 829 aa  281  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  34.92 
 
 		 739 aa  280  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.44 
 
 		 789 aa  280  5e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  34.12 
 
 		 787 aa  280  6e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  33.44 
 
 		 778 aa  280  8e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 724 aa  279  1e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  34.29 
 
 		 737 aa  279  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.05 
 
 		 768 aa  276  8e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  31.65 
 
 		 706 aa  276  9e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  32.38 
 
 		 757 aa  276  9e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.77 
 
 		 762 aa  275  1.0000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  29.94 
 
 		 769 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  31.58 
 
 		 736 aa  275  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  33.77 
 
 		 727 aa  275  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.4 
 
 		 817 aa  275  3e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  30.5 
 
 		 764 aa  275  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  33.59 
 
 		 678 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  35.12 
 
 		 760 aa  274  5.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  34.41 
 
 		 762 aa  273  7e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  34.98 
 
 		 728 aa  273  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.59 
 
 		 833 aa  273  8.000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  34.98 
 
 		 728 aa  273  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  34.77 
 
 		 746 aa  273  1e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.72 
 
 		 857 aa  272  1e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  33.62 
 
 		 768 aa  272  2e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  33.23 
 
 		 638 aa  270  5e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.63 
 
 		 838 aa  270  5e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  32.82 
 
 		 727 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  30.2 
 
 		 630 aa  270  5.9999999999999995e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.94 
 
 		 781 aa  270  7e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.27 
 
 		 786 aa  270  8e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  32.65 
 
 		 727 aa  270  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.7 
 
 		 763 aa  270  8.999999999999999e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.59 
 
 		 781 aa  269  1e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  32.37 
 
 		 728 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  31.94 
 
 		 783 aa  269  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  33.39 
 
 		 729 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.74 
 
 		 831 aa  269  1e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  33.39 
 
 		 728 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.79 
 
 		 896 aa  269  1e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  32.31 
 
 		 727 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  32.23 
 
 		 728 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  31.56 
 
 		 757 aa  268  2.9999999999999995e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>