More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3768 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  60.71 
 
 		 710 aa  858    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  77.68 
 
 		 687 aa  1112    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  63.94 
 
 		 725 aa  871    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  63.57 
 
 		 702 aa  888    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  75.36 
 
 		 686 aa  1081    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  60.88 
 
 		 716 aa  850    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  72.77 
 
 		 689 aa  1040    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  60.88 
 
 		 716 aa  850    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  77.17 
 
 		 686 aa  1088    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  61.51 
 
 		 712 aa  835    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  80.23 
 
 		 687 aa  1125    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  65.66 
 
 		 708 aa  910    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  63.78 
 
 		 750 aa  917    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  80.87 
 
 		 694 aa  1141    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  79.74 
 
 		 688 aa  1116    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 689 aa  1408    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  63.86 
 
 		 702 aa  874    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  60.74 
 
 		 745 aa  839    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  75.69 
 
 		 685 aa  1059    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  74.78 
 
 		 717 aa  1060    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  75.4 
 
 		 686 aa  1051    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  65.85 
 
 		 720 aa  929    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  49.55 
 
 		 700 aa  610  1e-173  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  42.73 
 
 		 676 aa  451  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  39.2 
 
 		 681 aa  421  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 754 aa  409  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  37.71 
 
 		 655 aa  398  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  39.78 
 
 		 725 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  39.78 
 
 		 726 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  37.42 
 
 		 714 aa  382  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 726 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  38.26 
 
 		 745 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  37.79 
 
 		 669 aa  378  1e-103  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 		 724 aa  348  2e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  35.21 
 
 		 648 aa  346  8.999999999999999e-94  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  35.21 
 
 		 648 aa  346  8.999999999999999e-94  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  34.87 
 
 		 656 aa  340  5e-92  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  35.23 
 
 		 742 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  36.78 
 
 		 719 aa  336  1e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.96 
 
 		 668 aa  336  1e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.8 
 
 		 719 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.17 
 
 		 733 aa  326  1e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  35.51 
 
 		 789 aa  326  1e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 735 aa  325  2e-87  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  35.34 
 
 		 768 aa  323  9.000000000000001e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  32.37 
 
 		 625 aa  312  1e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  33.88 
 
 		 630 aa  311  2e-83  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  32.02 
 
 		 706 aa  310  8e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.72 
 
 		 773 aa  304  4.0000000000000003e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  33.23 
 
 		 749 aa  303  6.000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  34.14 
 
 		 735 aa  295  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  32.68 
 
 		 706 aa  294  4e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.78 
 
 		 755 aa  294  5e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.11 
 
 		 773 aa  293  7e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  33.38 
 
 		 737 aa  291  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.96 
 
 		 673 aa  292  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  34.05 
 
 		 739 aa  290  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.05 
 
 		 718 aa  290  5.0000000000000004e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  33.23 
 
 		 727 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  32.84 
 
 		 727 aa  289  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  32.54 
 
 		 721 aa  288  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  33.78 
 
 		 737 aa  288  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  34.26 
 
 		 736 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.32 
 
 		 831 aa  287  4e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  34.11 
 
 		 707 aa  287  4e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.84 
 
 		 829 aa  287  5e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  34.65 
 
 		 727 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  33.54 
 
 		 787 aa  286  8e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.55 
 
 		 785 aa  286  1.0000000000000001e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.41 
 
 		 715 aa  285  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  32.34 
 
 		 757 aa  285  2.0000000000000002e-75  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.97 
 
 		 724 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  33.28 
 
 		 709 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.23 
 
 		 732 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  33.28 
 
 		 709 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.48 
 
 		 857 aa  284  3.0000000000000004e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  31.89 
 
 		 734 aa  284  4.0000000000000003e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.13 
 
 		 781 aa  283  9e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  32.72 
 
 		 728 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  32.67 
 
 		 728 aa  282  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.52 
 
 		 864 aa  282  2e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.17 
 
 		 741 aa  281  2e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.3 
 
 		 729 aa  281  3e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  32.67 
 
 		 728 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  33.65 
 
 		 678 aa  281  3e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  31.1 
 
 		 769 aa  281  3e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.7 
 
 		 768 aa  281  3e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.82 
 
 		 858 aa  280  5e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  31.51 
 
 		 778 aa  280  5e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  32.81 
 
 		 755 aa  280  7e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.48 
 
 		 754 aa  280  7e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  31.99 
 
 		 720 aa  280  7e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  32.43 
 
 		 724 aa  280  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  32.1 
 
 		 722 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.64 
 
 		 762 aa  279  1e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.14 
 
 		 741 aa  279  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.96 
 
 		 711 aa  279  1e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  32.1 
 
 		 722 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  32.1 
 
 		 722 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  35.03 
 
 		 726 aa  279  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>