More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3335 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  76.09 
 
 		 687 aa  1073    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  76.06 
 
 		 685 aa  1063    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  59.86 
 
 		 710 aa  845    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  63.55 
 
 		 750 aa  911    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  61.17 
 
 		 745 aa  836    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 694 aa  1415    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  63.65 
 
 		 725 aa  852    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  64.38 
 
 		 702 aa  886    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  75.29 
 
 		 686 aa  1052    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  75.91 
 
 		 686 aa  1062    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  77.81 
 
 		 687 aa  1082    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  65.09 
 
 		 708 aa  912    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  78.6 
 
 		 688 aa  1095    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  62.04 
 
 		 712 aa  833    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  80.58 
 
 		 689 aa  1132    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  63.92 
 
 		 702 aa  864    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  74.31 
 
 		 717 aa  1063    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  59.23 
 
 		 716 aa  833    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  71.72 
 
 		 689 aa  1025    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  73 
 
 		 686 aa  1022    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  59.23 
 
 		 716 aa  833    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  65.9 
 
 		 720 aa  928    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  50.37 
 
 		 700 aa  627  1e-178  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  42.64 
 
 		 676 aa  431  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  39.87 
 
 		 681 aa  414  1e-114  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  36.91 
 
 		 754 aa  409  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  37.77 
 
 		 655 aa  402  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  39.97 
 
 		 725 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  39.69 
 
 		 726 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  39.53 
 
 		 726 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  39.22 
 
 		 745 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  36.38 
 
 		 714 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  37.05 
 
 		 669 aa  378  1e-103  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  34.59 
 
 		 656 aa  344  2.9999999999999997e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  36.32 
 
 		 724 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  37.11 
 
 		 719 aa  337  5.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  34.43 
 
 		 742 aa  334  4e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  34.03 
 
 		 648 aa  332  2e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  34.03 
 
 		 648 aa  332  2e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  35.6 
 
 		 768 aa  326  1e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  33.55 
 
 		 733 aa  324  4e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  34.83 
 
 		 668 aa  321  3e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.16 
 
 		 719 aa  319  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  33.94 
 
 		 789 aa  310  8e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  31.55 
 
 		 706 aa  306  8.000000000000001e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  31.21 
 
 		 625 aa  300  8e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  31.83 
 
 		 630 aa  296  8e-79  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  31.73 
 
 		 706 aa  295  2e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.38 
 
 		 755 aa  293  6e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.32 
 
 		 773 aa  293  6e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  34.99 
 
 		 707 aa  293  9e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.53 
 
 		 785 aa  293  1e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.14 
 
 		 857 aa  289  1e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  32.74 
 
 		 721 aa  287  5e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.8 
 
 		 749 aa  287  5.999999999999999e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.26 
 
 		 673 aa  285  1.0000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  33.79 
 
 		 768 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.63 
 
 		 718 aa  285  2.0000000000000002e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  34.52 
 
 		 735 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.24 
 
 		 735 aa  284  4.0000000000000003e-75  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  33.95 
 
 		 736 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.68 
 
 		 739 aa  282  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  34.48 
 
 		 705 aa  279  1e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.58 
 
 		 754 aa  279  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.61 
 
 		 829 aa  278  2e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.82 
 
 		 711 aa  278  2e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.35 
 
 		 831 aa  278  2e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  33.88 
 
 		 728 aa  278  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.63 
 
 		 729 aa  277  4e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  31.85 
 
 		 720 aa  277  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  33.88 
 
 		 728 aa  277  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  32.89 
 
 		 727 aa  277  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.18 
 
 		 715 aa  277  5e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  31.14 
 
 		 646 aa  276  6e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  30.67 
 
 		 789 aa  276  8e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  31.63 
 
 		 755 aa  276  9e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  32.97 
 
 		 678 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.94 
 
 		 833 aa  276  1.0000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  31.95 
 
 		 727 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  31.65 
 
 		 723 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.18 
 
 		 781 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 		 724 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  29.91 
 
 		 773 aa  275  3e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  32.05 
 
 		 630 aa  274  3e-72  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  33.96 
 
 		 746 aa  274  3e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  33.84 
 
 		 762 aa  274  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  33.18 
 
 		 728 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  34.12 
 
 		 709 aa  274  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  33.18 
 
 		 728 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  34.12 
 
 		 709 aa  274  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  31.64 
 
 		 720 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  31.65 
 
 		 720 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.59 
 
 		 858 aa  274  5.000000000000001e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  31.65 
 
 		 720 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  33.44 
 
 		 787 aa  274  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  31.65 
 
 		 720 aa  273  6e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  31.65 
 
 		 720 aa  273  6e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  31.65 
 
 		 720 aa  273  7e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  31.65 
 
 		 720 aa  273  7e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.65 
 
 		 797 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>