More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2353 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  99.85 
 
 		 684 aa  1404    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  99.85 
 
 		 684 aa  1404    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  991    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  83.92 
 
 		 684 aa  1196    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  68.13 
 
 		 685 aa  986    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  70.76 
 
 		 684 aa  1022    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  83.77 
 
 		 684 aa  1194    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  99.85 
 
 		 684 aa  1404    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  99.27 
 
 		 684 aa  1399    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  99.42 
 
 		 684 aa  1401    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  99.56 
 
 		 684 aa  1400    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  84.06 
 
 		 684 aa  1199    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  83.92 
 
 		 684 aa  1194    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  99.71 
 
 		 684 aa  1404    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  84.21 
 
 		 684 aa  1199    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  66.23 
 
 		 685 aa  957    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  65.79 
 
 		 685 aa  954    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  68.13 
 
 		 685 aa  982    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  99.85 
 
 		 684 aa  1404    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  68.71 
 
 		 684 aa  989    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  100 
 
 		 684 aa  1406    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  79.24 
 
 		 684 aa  1129    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  991    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  37.96 
 
 		 699 aa  402  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  35.09 
 
 		 687 aa  396  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  34.29 
 
 		 689 aa  363  4e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  34.2 
 
 		 689 aa  355  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  43.69 
 
 		 1042 aa  259  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  42.38 
 
 		 995 aa  249  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  41.43 
 
 		 1004 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  40.89 
 
 		 971 aa  245  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  41.12 
 
 		 996 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  40.06 
 
 		 1020 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  41.23 
 
 		 996 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  41.51 
 
 		 996 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  37.54 
 
 		 957 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  39.33 
 
 		 996 aa  207  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  37.26 
 
 		 1010 aa  203  7e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  36.18 
 
 		 955 aa  199  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  39.17 
 
 		 978 aa  196  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  34.44 
 
 		 917 aa  172  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  36.3 
 
 		 972 aa  169  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  30.51 
 
 		 890 aa  161  3e-38  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  33.9 
 
 		 914 aa  160  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  26.99 
 
 		 666 aa  132  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  29.23 
 
 		 768 aa  125  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 		 746 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0782  ATP-dependent DNA helicase  30.27 
 
 		 675 aa  120  6e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  30.3 
 
 		 916 aa  120  7e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  31.52 
 
 		 816 aa  120  7.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  30.23 
 
 		 829 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  28.74 
 
 		 714 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.09 
 
 		 785 aa  118  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.76 
 
 		 781 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.76 
 
 		 781 aa  118  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 		 786 aa  117  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 		 786 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  26.5 
 
 		 634 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.53 
 
 		 741 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.74 
 
 		 743 aa  115  3e-24  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  30.12 
 
 		 646 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  28.14 
 
 		 705 aa  114  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 743 aa  114  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  29.97 
 
 		 677 aa  114  7.000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.53 
 
 		 726 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.49 
 
 		 715 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1083  acyl carrier protein  29.87 
 
 		 677 aa  113  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 783 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  29.51 
 
 		 685 aa  112  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.45 
 
 		 706 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.53 
 
 		 932 aa  111  5e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.11 
 
 		 667 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  29.25 
 
 		 754 aa  110  9.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.62 
 
 		 658 aa  110  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  28.86 
 
 		 745 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.12 
 
 		 671 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1525  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29 
 
 		 772 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.71 
 
 		 783 aa  110  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  28 
 
 		 669 aa  110  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.406551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  29.71 
 
 		 790 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.4 
 
 		 639 aa  109  2e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  28.03 
 
 		 671 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  108  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  28.82 
 
 		 678 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  32.24 
 
 		 728 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.77 
 
 		 670 aa  108  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  32.24 
 
 		 728 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.97 
 
 		 673 aa  108  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  28.29 
 
 		 671 aa  108  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  27.87 
 
 		 1019 aa  108  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  28.11 
 
 		 639 aa  108  4e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.85 
 
 		 671 aa  108  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 807 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0868  putative ATP-dependent DNA helicase  27.84 
 
 		 676 aa  107  5e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  28.28 
 
 		 727 aa  108  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 677 aa  108  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1235  putative ATP-dependent DNA helicase  27.76 
 
 		 676 aa  107  6e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  30.59 
 
 		 817 aa  107  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  29.71 
 
 		 728 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>