More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_3889 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  50.73 
 
 
1042 aa  1026    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  96.18 
 
 
996 aa  2021    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  50.48 
 
 
1020 aa  943    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  49.24 
 
 
957 aa  873    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  67.47 
 
 
995 aa  1430    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  94.78 
 
 
1004 aa  1996    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  100 
 
 
996 aa  2086    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  95.88 
 
 
996 aa  2013    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  53.02 
 
 
971 aa  1050    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  36.96 
 
 
1010 aa  509  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  35.88 
 
 
996 aa  492  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  34.96 
 
 
978 aa  478  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  34.77 
 
 
955 aa  458  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  34.86 
 
 
972 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  34.83 
 
 
914 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  33.29 
 
 
917 aa  397  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  29.49 
 
 
890 aa  274  5.000000000000001e-72  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 
916 aa  264  4.999999999999999e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  41.3 
 
 
685 aa  244  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  41.23 
 
 
684 aa  241  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  41.23 
 
 
684 aa  241  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  41.23 
 
 
684 aa  241  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  41.23 
 
 
684 aa  241  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  41.23 
 
 
684 aa  241  5e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  41.23 
 
 
684 aa  241  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  41.23 
 
 
684 aa  241  5.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  41.23 
 
 
684 aa  241  6.999999999999999e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  38.79 
 
 
685 aa  240  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  40.92 
 
 
684 aa  237  7e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  41.27 
 
 
684 aa  235  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  41.27 
 
 
684 aa  235  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  41.27 
 
 
684 aa  235  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  40.44 
 
 
685 aa  233  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  41.36 
 
 
684 aa  231  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  40.5 
 
 
685 aa  231  5e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  38.31 
 
 
687 aa  230  8e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  40.81 
 
 
684 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  40.81 
 
 
684 aa  230  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  40.81 
 
 
684 aa  229  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  40.81 
 
 
684 aa  229  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  39.25 
 
 
684 aa  227  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  40.5 
 
 
684 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  37.7 
 
 
699 aa  219  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  38.15 
 
 
689 aa  218  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  37.87 
 
 
689 aa  218  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  32.84 
 
 
190 aa  105  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  32.95 
 
 
170 aa  77.4  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 
872 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.64 
 
 
685 aa  76.6  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  30 
 
 
706 aa  72.4  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  29.68 
 
 
666 aa  72  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  28.26 
 
 
807 aa  71.6  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  29.57 
 
 
689 aa  72  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  54.05 
 
 
754 aa  71.6  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  35.21 
 
 
688 aa  70.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.21 
 
 
688 aa  71.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.21 
 
 
657 aa  70.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  35.21 
 
 
688 aa  71.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 
714 aa  70.5  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1083  acyl carrier protein  31.88 
 
 
677 aa  70.1  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.29 
 
 
688 aa  69.3  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  35.29 
 
 
688 aa  69.3  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  35.29 
 
 
688 aa  69.3  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
462 aa  69.7  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  43.16 
 
 
746 aa  69.3  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  24.81 
 
 
681 aa  69.7  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  43.75 
 
 
678 aa  69.3  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  25.6 
 
 
679 aa  68.9  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  30.52 
 
 
666 aa  68.9  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 
783 aa  68.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  33.12 
 
 
625 aa  68.9  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  42.11 
 
 
672 aa  68.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.91 
 
 
816 aa  68.9  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27 
 
 
892 aa  68.6  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  34.56 
 
 
688 aa  68.2  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  28.31 
 
 
822 aa  68.2  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 
826 aa  68.2  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  27.88 
 
 
677 aa  68.2  0.0000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  37.38 
 
 
726 aa  68.2  0.0000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40 
 
 
711 aa  68.2  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  34.56 
 
 
688 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  33.8 
 
 
684 aa  67.8  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  25.28 
 
 
638 aa  68.2  0.0000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0782  ATP-dependent DNA helicase  29.81 
 
 
675 aa  67.4  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.4 
 
 
670 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3913  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.4 
 
 
670 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.52 
 
 
783 aa  67.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 
793 aa  67.4  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4106  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.4 
 
 
685 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.43 
 
 
825 aa  67.4  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.4 
 
 
670 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23.81 
 
 
749 aa  67.4  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.7 
 
 
756 aa  67.4  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  34.56 
 
 
688 aa  67.4  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  26.52 
 
 
786 aa  67.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 
744 aa  66.6  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  36.43 
 
 
1032 aa  66.6  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  27.68 
 
 
814 aa  66.6  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 
1001 aa  66.6  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  40.86 
 
 
817 aa  66.2  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>