More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3966 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  50.77 
 
 		 1042 aa  1031    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  49.95 
 
 		 1020 aa  931    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  97.59 
 
 		 996 aa  2037    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  96.79 
 
 		 1004 aa  2030    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  96.18 
 
 		 996 aa  2021    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  48.75 
 
 		 957 aa  872    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  66.77 
 
 		 995 aa  1423    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 996 aa  2085    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  52.92 
 
 		 971 aa  1054    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  36.92 
 
 		 1010 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  36.79 
 
 		 996 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  35.11 
 
 		 978 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  33.84 
 
 		 955 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  35.18 
 
 		 972 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  33.25 
 
 		 917 aa  402  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  35.42 
 
 		 914 aa  402  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  29.47 
 
 		 890 aa  281  4e-74  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 		 916 aa  260  1e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  41.46 
 
 		 685 aa  244  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  41.12 
 
 		 684 aa  243  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  41.12 
 
 		 684 aa  242  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  39.39 
 
 		 685 aa  240  9e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  40.81 
 
 		 684 aa  239  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  40.95 
 
 		 684 aa  236  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  40.95 
 
 		 684 aa  236  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  40.95 
 
 		 684 aa  236  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  40.13 
 
 		 685 aa  233  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  40.81 
 
 		 684 aa  232  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  40.81 
 
 		 684 aa  232  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  40.81 
 
 		 684 aa  232  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  40.81 
 
 		 684 aa  232  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  40.62 
 
 		 684 aa  231  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  38.31 
 
 		 687 aa  231  6e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  40.19 
 
 		 685 aa  231  6e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  39.25 
 
 		 684 aa  229  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  40.5 
 
 		 684 aa  229  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  38.01 
 
 		 689 aa  221  7.999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  37.6 
 
 		 699 aa  219  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  37.6 
 
 		 689 aa  218  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  33.82 
 
 		 190 aa  107  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.64 
 
 		 685 aa  77  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  32.37 
 
 		 170 aa  75.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 872 aa  75.1  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  44.21 
 
 		 672 aa  73.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  29.68 
 
 		 666 aa  72  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  54.05 
 
 		 754 aa  72  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  35.21 
 
 		 688 aa  71.6  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  29.77 
 
 		 807 aa  71.6  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  44.94 
 
 		 783 aa  71.6  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  35.21 
 
 		 688 aa  71.6  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.21 
 
 		 688 aa  71.6  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  31.13 
 
 		 689 aa  71.2  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  43.75 
 
 		 678 aa  71.2  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.21 
 
 		 657 aa  71.2  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 706 aa  70.5  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  35.29 
 
 		 688 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1083  acyl carrier protein  31.16 
 
 		 677 aa  69.7  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  43.16 
 
 		 746 aa  70.5  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.29 
 
 		 688 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 462 aa  69.3  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  35.29 
 
 		 688 aa  69.7  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  24.81 
 
 		 681 aa  69.7  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.86 
 
 		 783 aa  69.7  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  26.82 
 
 		 714 aa  69.7  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  42.86 
 
 		 786 aa  69.7  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  34.56 
 
 		 688 aa  68.6  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2511  UvrD/REP helicase  27.3 
 
 		 797 aa  68.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.855383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  36.28 
 
 		 625 aa  68.6  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  34.56 
 
 		 688 aa  68.6  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  37.38 
 
 		 726 aa  68.2  0.0000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  42.39 
 
 		 817 aa  68.2  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  33.8 
 
 		 684 aa  68.2  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  28.77 
 
 		 822 aa  67.8  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  35.19 
 
 		 638 aa  67.4  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.62 
 
 		 892 aa  67.8  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3651  ATP-dependent DNA helicase Rep  42.22 
 
 		 682 aa  67.8  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  42.11 
 
 		 665 aa  67.8  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  42.22 
 
 		 816 aa  67.4  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1255  putative site-specific DNA methyltransferase  27.27 
 
 		 677 aa  67.4  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  34.56 
 
 		 688 aa  67.4  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  25.12 
 
 		 679 aa  67.8  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40 
 
 		 711 aa  67.4  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.91 
 
 		 816 aa  67.8  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0300  ATP-dependent DNA helicase Rep  48.65 
 
 		 677 aa  67  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.43 
 
 		 670 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  40 
 
 		 665 aa  66.6  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  40 
 
 		 665 aa  66.6  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0128  putative ATP-dependent DNA helicase rep protein  24.57 
 
 		 693 aa  66.6  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570689  normal  0.018111 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 		 826 aa  67  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0782  ATP-dependent DNA helicase  29.19 
 
 		 675 aa  66.6  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 1001 aa  66.6  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.43 
 
 		 670 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  42.22 
 
 		 864 aa  67  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  28.78 
 
 		 744 aa  66.6  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>