More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2625 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  991    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  68.86 
 
 		 684 aa  991    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  990    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  68.71 
 
 		 684 aa  991    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  68.86 
 
 		 684 aa  991    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  73.98 
 
 		 685 aa  1068    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  81.29 
 
 		 684 aa  1168    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  67.54 
 
 		 684 aa  958    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  70.32 
 
 		 685 aa  1016    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  991    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  990    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  67.69 
 
 		 684 aa  960    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  99.85 
 
 		 684 aa  1407    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  68.71 
 
 		 684 aa  990    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  100 
 
 		 684 aa  1409    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  67.69 
 
 		 684 aa  961    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  68.86 
 
 		 684 aa  991    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  100 
 
 		 684 aa  1409    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  68.71 
 
 		 684 aa  957    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  67.54 
 
 		 684 aa  960    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  73.83 
 
 		 685 aa  1073    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  67.54 
 
 		 684 aa  959    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  69.15 
 
 		 685 aa  1006    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  37.3 
 
 		 699 aa  422  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  36.19 
 
 		 687 aa  411  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  36.23 
 
 		 689 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  34.71 
 
 		 689 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  42.53 
 
 		 1042 aa  253  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  41.9 
 
 		 995 aa  250  7e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  39.24 
 
 		 1020 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  36.81 
 
 		 971 aa  239  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  40.95 
 
 		 996 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  41.27 
 
 		 996 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  40.95 
 
 		 996 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  40.63 
 
 		 1004 aa  234  6e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  37.39 
 
 		 957 aa  226  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  35.64 
 
 		 996 aa  207  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  34.76 
 
 		 1010 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  37 
 
 		 978 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  36.79 
 
 		 955 aa  196  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  33.62 
 
 		 917 aa  182  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  36.21 
 
 		 972 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  34.68 
 
 		 914 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  31.09 
 
 		 890 aa  162  2e-38  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  27.4 
 
 		 666 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  30.7 
 
 		 916 aa  125  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  27.95 
 
 		 639 aa  124  4e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  29.82 
 
 		 705 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  29.81 
 
 		 746 aa  122  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.95 
 
 		 639 aa  120  9.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  28.24 
 
 		 714 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.59 
 
 		 671 aa  117  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.51 
 
 		 729 aa  117  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.2 
 
 		 756 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  28.85 
 
 		 829 aa  115  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.7 
 
 		 785 aa  114  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.51 
 
 		 743 aa  114  8.000000000000001e-24  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  28.42 
 
 		 677 aa  113  9e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.6 
 
 		 932 aa  113  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 768 aa  112  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.81 
 
 		 726 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  29.28 
 
 		 630 aa  111  4.0000000000000004e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0098  UvrD/REP helicase  30.27 
 
 		 779 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.404442 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  30.1 
 
 		 728 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  30.1 
 
 		 728 aa  111  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  30.1 
 
 		 728 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.23 
 
 		 735 aa  110  7.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 		 725 aa  110  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 		 797 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  27.86 
 
 		 625 aa  109  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 		 797 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  30.41 
 
 		 682 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.37 
 
 		 797 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.65 
 
 		 670 aa  110  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 		 786 aa  110  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  28.2 
 
 		 786 aa  110  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.61 
 
 		 786 aa  109  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  29.6 
 
 		 729 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 		 684 aa  109  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.03 
 
 		 787 aa  109  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.17 
 
 		 741 aa  109  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.7 
 
 		 757 aa  108  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  29.12 
 
 		 783 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 		 706 aa  108  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  30.49 
 
 		 672 aa  108  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  30.21 
 
 		 720 aa  108  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  24.47 
 
 		 666 aa  108  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  24.86 
 
 		 515 aa  108  4e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  30.21 
 
 		 723 aa  108  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  26.26 
 
 		 638 aa  107  5e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  28.2 
 
 		 728 aa  107  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 788 aa  107  7e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  30.42 
 
 		 671 aa  107  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  24.17 
 
 		 669 aa  107  7e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.79 
 
 		 765 aa  107  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  27.57 
 
 		 757 aa  107  8e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  30.42 
 
 		 671 aa  107  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  27.79 
 
 		 787 aa  107  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.07 
 
 		 731 aa  107  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.82 
 
 		 783 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>