More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2478 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 917 aa  1891    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  43.72 
 
 		 914 aa  734    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  33.42 
 
 		 996 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  33.25 
 
 		 996 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  33.25 
 
 		 995 aa  398  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 1004 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  33.29 
 
 		 996 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  36.27 
 
 		 978 aa  376  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  31.35 
 
 		 1010 aa  349  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  30.92 
 
 		 1042 aa  345  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  30.87 
 
 		 971 aa  344  4e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  31.85 
 
 		 957 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  35.05 
 
 		 972 aa  341  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  31.17 
 
 		 1020 aa  336  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  31.54 
 
 		 996 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  30.76 
 
 		 955 aa  294  6e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  29.96 
 
 		 890 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  31.43 
 
 		 916 aa  246  9.999999999999999e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  37.66 
 
 		 699 aa  191  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  36.08 
 
 		 689 aa  185  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  31.89 
 
 		 689 aa  184  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  33.62 
 
 		 684 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  33.62 
 
 		 684 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  33.05 
 
 		 684 aa  182  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  32.75 
 
 		 684 aa  177  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  33.33 
 
 		 685 aa  177  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  35.81 
 
 		 687 aa  175  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  31.41 
 
 		 685 aa  174  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  31.62 
 
 		 685 aa  174  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  173  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  34.44 
 
 		 684 aa  173  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  34.44 
 
 		 684 aa  173  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  173  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  173  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  173  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  172  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  34.14 
 
 		 684 aa  172  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  172  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  34.44 
 
 		 684 aa  172  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  31.7 
 
 		 685 aa  171  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  34.11 
 
 		 684 aa  170  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  34.34 
 
 		 684 aa  169  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  34.32 
 
 		 684 aa  162  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  48.94 
 
 		 170 aa  85.1  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  28.41 
 
 		 749 aa  84.3  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  31.64 
 
 		 751 aa  84.7  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  32.65 
 
 		 759 aa  82  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 		 741 aa  82  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  28.42 
 
 		 666 aa  80.5  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 		 768 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 743 aa  78.2  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  25.09 
 
 		 659 aa  77.8  0.0000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  35.04 
 
 		 726 aa  77.8  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 742 aa  77.4  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.44 
 
 		 805 aa  76.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.91 
 
 		 742 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  26.44 
 
 		 805 aa  77  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  28.49 
 
 		 739 aa  75.5  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  27.4 
 
 		 743 aa  75.9  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  31.94 
 
 		 746 aa  75.5  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 666 aa  75.5  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.5 
 
 		 725 aa  75.1  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  28.68 
 
 		 714 aa  74.7  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.66 
 
 		 755 aa  74.7  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0868  putative ATP-dependent DNA helicase  28.78 
 
 		 676 aa  74.7  0.000000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1235  putative ATP-dependent DNA helicase  28.85 
 
 		 676 aa  74.7  0.000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  29.47 
 
 		 783 aa  74.7  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 741 aa  73.6  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  30.85 
 
 		 1066 aa  73.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30 
 
 		 787 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  29.1 
 
 		 680 aa  73.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  30.37 
 
 		 786 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.95 
 
 		 783 aa  73.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 		 790 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 787 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 620 aa  73.2  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  30.51 
 
 		 755 aa  73.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0798  putative ATP-dependent DNA helicase  28.78 
 
 		 676 aa  73.6  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30 
 
 		 858 aa  72.8  0.00000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 787 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 846 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 787 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 840 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 735 aa  72.8  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.66 
 
 		 685 aa  72  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 		 769 aa  72.4  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.61 
 
 		 726 aa  72  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.13 
 
 		 732 aa  72  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 688 aa  72  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  32.85 
 
 		 779 aa  72  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.19 
 
 		 849 aa  72  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  35.38 
 
 		 797 aa  71.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  35.43 
 
 		 797 aa  71.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  30.21 
 
 		 787 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.08 
 
 		 738 aa  71.2  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  31.47 
 
 		 705 aa  71.2  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.65 
 
 		 797 aa  71.2  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 744 aa  71.2  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>