More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0452 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  66.87 
 
 		 1004 aa  1424    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  50.96 
 
 		 1042 aa  1014    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  67.57 
 
 		 996 aa  1427    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  66.77 
 
 		 996 aa  1423    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  50.16 
 
 		 1020 aa  929    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  50.16 
 
 		 957 aa  880    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 995 aa  2084    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  67.47 
 
 		 996 aa  1430    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  55.27 
 
 		 971 aa  1046    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  36.94 
 
 		 1010 aa  521  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  35.71 
 
 		 996 aa  502  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  34.67 
 
 		 955 aa  474  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  36.31 
 
 		 978 aa  469  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  33.62 
 
 		 972 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  33.25 
 
 		 917 aa  398  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  34.46 
 
 		 914 aa  389  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  29.6 
 
 		 890 aa  268  4e-70  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  42.68 
 
 		 684 aa  251  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  42.68 
 
 		 684 aa  251  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  42.68 
 
 		 684 aa  251  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  43.08 
 
 		 684 aa  251  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  42.68 
 
 		 684 aa  251  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  42.68 
 
 		 684 aa  251  7e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  42.68 
 
 		 684 aa  250  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  41.9 
 
 		 684 aa  250  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  43.08 
 
 		 685 aa  249  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  41.9 
 
 		 684 aa  250  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  41.9 
 
 		 684 aa  250  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  42.38 
 
 		 684 aa  249  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  42.38 
 
 		 684 aa  249  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  41.74 
 
 		 684 aa  248  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  41.74 
 
 		 684 aa  248  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  41.74 
 
 		 684 aa  248  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  41.74 
 
 		 684 aa  248  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  40.25 
 
 		 685 aa  248  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  42.38 
 
 		 684 aa  247  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  43.23 
 
 		 685 aa  247  9e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  41.43 
 
 		 684 aa  245  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 916 aa  242  2e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  40.25 
 
 		 685 aa  241  5e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  40.12 
 
 		 684 aa  235  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  40.25 
 
 		 699 aa  229  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  39.02 
 
 		 689 aa  227  9e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  38.48 
 
 		 689 aa  227  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  39.33 
 
 		 687 aa  225  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  37.11 
 
 		 190 aa  99  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  27.88 
 
 		 872 aa  95.1  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  30.14 
 
 		 807 aa  76.6  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  26.86 
 
 		 462 aa  77  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  24.58 
 
 		 681 aa  75.9  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4873  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.34 
 
 		 775 aa  75.9  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.222415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 		 1232 aa  75.1  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.45 
 
 		 828 aa  75.1  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.16 
 
 		 664 aa  75.1  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  27.16 
 
 		 664 aa  74.7  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  34.53 
 
 		 1001 aa  74.7  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.26 
 
 		 802 aa  74.7  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2672  UvrD/REP helicase  22.85 
 
 		 824 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.221431  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.96 
 
 		 781 aa  74.3  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  31.25 
 
 		 779 aa  73.2  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2233  ATP-dependent DNA helicase  32.92 
 
 		 658 aa  73.6  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.1 
 
 		 762 aa  73.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2511  UvrD/REP helicase  28.47 
 
 		 797 aa  72.8  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.855383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 677 aa  72.8  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.43 
 
 		 817 aa  72.8  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.3 
 
 		 658 aa  72.4  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2783  UvrD/REP helicase family protein  28.17 
 
 		 748 aa  72.4  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  32.65 
 
 		 706 aa  72.4  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  29.89 
 
 		 681 aa  72  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.38 
 
 		 1023 aa  72  0.00000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 682 aa  72  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1083  acyl carrier protein  31.65 
 
 		 677 aa  71.6  0.00000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  30.46 
 
 		 666 aa  71.2  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.06 
 
 		 768 aa  71.2  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3746  UvrD/REP helicase  31.76 
 
 		 730 aa  71.2  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.11 
 
 		 671 aa  70.5  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28 
 
 		 864 aa  70.5  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3990  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.75 
 
 		 670 aa  70.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  30.07 
 
 		 762 aa  70.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  27.23 
 
 		 768 aa  70.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3913  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.18 
 
 		 670 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4106  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.18 
 
 		 685 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4012  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.18 
 
 		 670 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.14 
 
 		 742 aa  69.7  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.16 
 
 		 658 aa  69.3  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  30.99 
 
 		 170 aa  69.7  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  41.12 
 
 		 688 aa  68.9  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 787 aa  69.3  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  29.31 
 
 		 1066 aa  69.3  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.16 
 
 		 640 aa  69.3  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1861  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.05 
 
 		 780 aa  68.9  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.213031 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.67 
 
 		 725 aa  69.3  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.37 
 
 		 830 aa  68.9  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  28.89 
 
 		 742 aa  68.6  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  41.12 
 
 		 688 aa  68.6  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  41.12 
 
 		 688 aa  68.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  28.18 
 
 		 1180 aa  68.6  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 679 aa  68.6  0.0000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.37 
 
 		 837 aa  68.6  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  37.61 
 
 		 783 aa  68.2  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>