More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2255 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  43.65 
 
 		 1042 aa  724    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  49.95 
 
 		 996 aa  932    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  49.95 
 
 		 996 aa  932    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1020 aa  2121    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  50.37 
 
 		 1004 aa  942    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  43.74 
 
 		 957 aa  810    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  50.16 
 
 		 995 aa  929    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  50.48 
 
 		 996 aa  944    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  45.76 
 
 		 971 aa  758    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  33.33 
 
 		 1010 aa  405  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  32.5 
 
 		 996 aa  395  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  32.63 
 
 		 978 aa  379  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  30.17 
 
 		 955 aa  360  5e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  32.23 
 
 		 914 aa  350  8e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  33.2 
 
 		 972 aa  343  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  31.17 
 
 		 917 aa  336  1e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  39.46 
 
 		 685 aa  249  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  40.06 
 
 		 684 aa  248  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  37.37 
 
 		 685 aa  247  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  39.24 
 
 		 684 aa  245  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  39.24 
 
 		 684 aa  245  3.9999999999999997e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  39.24 
 
 		 684 aa  245  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  40.06 
 
 		 684 aa  242  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  40.06 
 
 		 684 aa  242  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  38.11 
 
 		 685 aa  243  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  40.06 
 
 		 684 aa  242  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  40.06 
 
 		 684 aa  242  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  40.06 
 
 		 684 aa  242  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  40.06 
 
 		 684 aa  241  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  40.06 
 
 		 684 aa  241  4e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  39.78 
 
 		 684 aa  241  5e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  37.95 
 
 		 684 aa  240  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  37.95 
 
 		 684 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  37.95 
 
 		 684 aa  240  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  37.95 
 
 		 684 aa  240  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  39.78 
 
 		 684 aa  238  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  37.71 
 
 		 684 aa  237  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  26.58 
 
 		 890 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  38.38 
 
 		 685 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  37.83 
 
 		 684 aa  232  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  37.63 
 
 		 687 aa  231  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 		 916 aa  225  4e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  34.71 
 
 		 689 aa  210  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  34.1 
 
 		 689 aa  208  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  34.1 
 
 		 699 aa  207  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1323  hypothetical protein  33.33 
 
 		 190 aa  77  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0335284  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6473  UvrD/REP helicase  23.79 
 
 		 872 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.18 
 
 		 756 aa  70.1  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.24 
 
 		 757 aa  68.2  0.0000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2969  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 		 834 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.17586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.07 
 
 		 663 aa  67.4  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  32.69 
 
 		 783 aa  67.4  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.87 
 
 		 785 aa  67.8  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.86 
 
 		 1023 aa  66.6  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  34.9 
 
 		 816 aa  67  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2783  UvrD/REP helicase family protein  24.85 
 
 		 748 aa  66.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 		 786 aa  65.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.95 
 
 		 783 aa  65.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 797 aa  65.5  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  34.59 
 
 		 789 aa  65.1  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  22.22 
 
 		 681 aa  65.1  0.000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.26 
 
 		 864 aa  63.9  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  45.71 
 
 		 746 aa  64.3  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  36.54 
 
 		 817 aa  64.3  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.46 
 
 		 690 aa  64.3  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 798 aa  64.3  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 795 aa  64.3  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 		 679 aa  64.3  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 		 735 aa  64.3  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 795 aa  64.3  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  26.01 
 
 		 739 aa  63.5  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.88 
 
 		 855 aa  63.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.18 
 
 		 851 aa  63.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3150  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 834 aa  63.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  33.73 
 
 		 807 aa  63.2  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 		 800 aa  63.2  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 845 aa  62.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 847 aa  62.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.18 
 
 		 682 aa  62.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3303  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 814 aa  63.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655382 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3651  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.22 
 
 		 682 aa  62.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 848 aa  63.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2565  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 714 aa  62  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  24.32 
 
 		 850 aa  62  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 		 1001 aa  62  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.89 
 
 		 892 aa  62  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  35.29 
 
 		 864 aa  61.6  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  34.31 
 
 		 757 aa  62  0.00000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  33.56 
 
 		 625 aa  62  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.58 
 
 		 711 aa  62  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1137  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  36.21 
 
 		 745 aa  61.6  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.931855  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  35.29 
 
 		 858 aa  61.6  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 		 725 aa  61.6  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.42 
 
 		 706 aa  61.6  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  37.25 
 
 		 678 aa  61.2  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69910  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.14 
 
 		 669 aa  61.6  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  30.05 
 
 		 779 aa  61.2  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.64 
 
 		 896 aa  61.2  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.55 
 
 		 786 aa  61.2  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3279  UvrD/REP helicase  38.24 
 
 		 866 aa  61.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>