More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3279 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  81.82 
 
 		 855 aa  1342    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  63.44 
 
 		 790 aa  1045    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  63.27 
 
 		 825 aa  1048    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  56.15 
 
 		 816 aa  945    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  63.16 
 
 		 858 aa  1071    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  64.18 
 
 		 789 aa  984    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  51.5 
 
 		 804 aa  796    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  63.1 
 
 		 800 aa  1044    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  63.94 
 
 		 816 aa  1008    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  52.15 
 
 		 760 aa  825    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  82.54 
 
 		 848 aa  1376    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  53.76 
 
 		 807 aa  842    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  80.25 
 
 		 816 aa  1351    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  66.6 
 
 		 795 aa  700    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  63.27 
 
 		 864 aa  1064    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  66.79 
 
 		 798 aa  694    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  61.72 
 
 		 797 aa  997    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  67.08 
 
 		 817 aa  1113    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.67 
 
 		 768 aa  702    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  62.81 
 
 		 858 aa  1067    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  83.64 
 
 		 845 aa  1376    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  50.95 
 
 		 765 aa  790    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.29 
 
 		 817 aa  872    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3279  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 866 aa  1769    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  83.49 
 
 		 847 aa  1382    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  64.74 
 
 		 850 aa  1085    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  81.34 
 
 		 833 aa  1367    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  53.61 
 
 		 814 aa  872    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  52.27 
 
 		 770 aa  796    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  50.42 
 
 		 728 aa  781    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  64.48 
 
 		 876 aa  1092    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  66.79 
 
 		 795 aa  701    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  63.77 
 
 		 826 aa  1043    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  53.31 
 
 		 783 aa  815    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  52.84 
 
 		 763 aa  856    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  64.65 
 
 		 858 aa  1086    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  61.64 
 
 		 778 aa  634  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  45.64 
 
 		 638 aa  629  1e-178  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  56.66 
 
 		 892 aa  575  1.0000000000000001e-162  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  56.03 
 
 		 786 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  56.03 
 
 		 783 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  54.96 
 
 		 799 aa  543  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  41.59 
 
 		 630 aa  527  1e-148  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  41.98 
 
 		 736 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  41.01 
 
 		 728 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  41.01 
 
 		 728 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  37.83 
 
 		 744 aa  501  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  37.4 
 
 		 739 aa  492  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  41.51 
 
 		 727 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  39.89 
 
 		 728 aa  489  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.46 
 
 		 851 aa  483  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.85 
 
 		 742 aa  485  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  37.6 
 
 		 734 aa  484  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.86 
 
 		 825 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.4 
 
 		 765 aa  476  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  39.08 
 
 		 809 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  36.88 
 
 		 788 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  36.57 
 
 		 787 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.56 
 
 		 725 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.63 
 
 		 831 aa  471  1.0000000000000001e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  37.8 
 
 		 786 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.36 
 
 		 737 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.45 
 
 		 781 aa  466  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  38.14 
 
 		 848 aa  465  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.58 
 
 		 1023 aa  461  9.999999999999999e-129  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.03 
 
 		 838 aa  461  9.999999999999999e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  36.53 
 
 		 781 aa  462  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.517963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  39.06 
 
 		 728 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  39.42 
 
 		 762 aa  456  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.07 
 
 		 788 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.16 
 
 		 817 aa  457  1e-127  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  36.07 
 
 		 762 aa  459  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.62 
 
 		 864 aa  458  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  39.23 
 
 		 727 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.23 
 
 		 718 aa  453  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.37 
 
 		 786 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.95 
 
 		 833 aa  452  1.0000000000000001e-126  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.62 
 
 		 781 aa  452  1e-125  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.16 
 
 		 754 aa  449  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.08 
 
 		 795 aa  451  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  34.81 
 
 		 814 aa  452  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  38.41 
 
 		 768 aa  452  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.39 
 
 		 818 aa  452  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37 
 
 		 857 aa  451  1e-125  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.76 
 
 		 763 aa  451  1e-125  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  39.45 
 
 		 731 aa  451  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  35.54 
 
 		 786 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  39.57 
 
 		 727 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.97 
 
 		 858 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.46 
 
 		 830 aa  447  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.1 
 
 		 773 aa  447  1.0000000000000001e-124  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.76 
 
 		 768 aa  443  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.34 
 
 		 794 aa  442  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  38.67 
 
 		 721 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  35.54 
 
 		 786 aa  446  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  39.06 
 
 		 717 aa  443  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  38.32 
 
 		 826 aa  445  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.2 
 
 		 829 aa  444  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  37.86 
 
 		 720 aa  439  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  38 
 
 		 723 aa  442  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>