More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0647 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.56 
 
 
753 aa  668    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.92 
 
 
785 aa  638    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.05 
 
 
753 aa  664    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.47 
 
 
732 aa  667    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.85 
 
 
747 aa  653    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.11 
 
 
747 aa  674    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  58.17 
 
 
857 aa  899    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  53.62 
 
 
828 aa  798    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  60.67 
 
 
858 aa  908    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.86 
 
 
751 aa  665    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  45.73 
 
 
753 aa  665    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  46.11 
 
 
751 aa  664    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  61.3 
 
 
794 aa  909    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  63.86 
 
 
768 aa  977    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  58.3 
 
 
771 aa  847    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  61.95 
 
 
754 aa  941    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  60.77 
 
 
781 aa  935    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  60.69 
 
 
806 aa  925    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  59.1 
 
 
896 aa  908    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  63.81 
 
 
762 aa  984    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  62.36 
 
 
829 aa  916    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1861  ATP-dependent DNA helicase PcrA  57.57 
 
 
780 aa  837    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.213031 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.15 
 
 
741 aa  662    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  54.8 
 
 
833 aa  831    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.86 
 
 
747 aa  664    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  53.03 
 
 
900 aa  698    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  75.06 
 
 
851 aa  1240    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  49.16 
 
 
729 aa  674    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  100 
 
 
838 aa  1674    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4710  ATP-dependent DNA helicase PcrA  56.28 
 
 
784 aa  835    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  61.85 
 
 
795 aa  906    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.77 
 
 
725 aa  635    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  64.24 
 
 
831 aa  958    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  57.02 
 
 
802 aa  829    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  50.28 
 
 
1023 aa  722    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  62.22 
 
 
773 aa  948    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  57.13 
 
 
864 aa  853    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  56.53 
 
 
785 aa  836    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  56.17 
 
 
762 aa  836    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.11 
 
 
751 aa  664    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  54.25 
 
 
858 aa  795    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  61.51 
 
 
781 aa  912    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.11 
 
 
751 aa  667    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  62.95 
 
 
765 aa  962    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  56.16 
 
 
837 aa  842    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  61.47 
 
 
786 aa  940    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  55.69 
 
 
830 aa  850    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.83 
 
 
755 aa  650    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  62.48 
 
 
763 aa  936    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  61.12 
 
 
817 aa  896    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  60.32 
 
 
797 aa  895    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  56.53 
 
 
785 aa  836    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4873  ATP-dependent DNA helicase PcrA  57.28 
 
 
775 aa  848    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.222415  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.67 
 
 
737 aa  629  1e-179  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  46.88 
 
 
730 aa  628  1e-178  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  46.85 
 
 
707 aa  625  1e-177  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  46.89 
 
 
746 aa  622  1e-177  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.8 
 
 
730 aa  622  1e-176  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  56.67 
 
 
932 aa  619  1e-176  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.8 
 
 
730 aa  622  1e-176  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.13 
 
 
715 aa  613  9.999999999999999e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.61 
 
 
751 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.61 
 
 
751 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  42.68 
 
 
757 aa  612  9.999999999999999e-175  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  47.25 
 
 
718 aa  610  1e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.51 
 
 
741 aa  610  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  43.74 
 
 
772 aa  612  1e-173  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.17 
 
 
729 aa  606  9.999999999999999e-173  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.44 
 
 
759 aa  607  9.999999999999999e-173  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.34 
 
 
758 aa  596  1e-169  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  42.41 
 
 
770 aa  598  1e-169  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  44.67 
 
 
736 aa  593  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  43.94 
 
 
744 aa  590  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.78 
 
 
742 aa  590  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.46 
 
 
757 aa  590  1e-167  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  51.08 
 
 
694 aa  592  1e-167  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.48 
 
 
766 aa  591  1e-167  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  41.48 
 
 
738 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  44.5 
 
 
756 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  46.01 
 
 
739 aa  582  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.35 
 
 
738 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  41.22 
 
 
738 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0950  UvrD/REP helicase  41.3 
 
 
813 aa  569  1e-161  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000846771 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  40.26 
 
 
807 aa  567  1e-160  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  42.3 
 
 
732 aa  561  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  42.05 
 
 
731 aa  559  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  43.95 
 
 
742 aa  555  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.75 
 
 
748 aa  556  1e-157  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0382  UvrD/REP helicase  40.4 
 
 
812 aa  556  1e-157  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.264262  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  39.21 
 
 
731 aa  555  1e-156  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  43.53 
 
 
768 aa  554  1e-156  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  41.9 
 
 
758 aa  555  1e-156  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  44.61 
 
 
737 aa  549  1e-155  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.61 
 
 
711 aa  548  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 
726 aa  543  1e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  47.16 
 
 
715 aa  545  1e-153  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  42.7 
 
 
759 aa  539  9.999999999999999e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  42.02 
 
 
762 aa  541  9.999999999999999e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  46.28 
 
 
705 aa  533  1e-150  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  39.77 
 
 
724 aa  534  1e-150  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>