More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3367 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  55.45 
 
 		 783 aa  867    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  46.76 
 
 		 638 aa  649    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  69.4 
 
 		 817 aa  1140    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  66.63 
 
 		 789 aa  1026    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  65.38 
 
 		 858 aa  1090    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  83.31 
 
 		 855 aa  1385    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  52.15 
 
 		 728 aa  797    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  59.18 
 
 		 816 aa  1014    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  82.19 
 
 		 816 aa  1363    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  65.26 
 
 		 798 aa  1041    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  56.49 
 
 		 807 aa  879    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  65.72 
 
 		 858 aa  1092    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.03 
 
 		 783 aa  871    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  91.52 
 
 		 848 aa  1500    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  55.45 
 
 		 786 aa  870    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  64.38 
 
 		 797 aa  1030    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  51.95 
 
 		 768 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  93.77 
 
 		 845 aa  1529    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  54.78 
 
 		 765 aa  866    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  54.51 
 
 		 817 aa  899    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  57.42 
 
 		 892 aa  905    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3279  UvrD/REP helicase  84.22 
 
 		 866 aa  1405    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  60.5 
 
 		 778 aa  983    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 847 aa  1729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  85.48 
 
 		 833 aa  1424    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  56.13 
 
 		 814 aa  908    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  56.76 
 
 		 770 aa  889    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  65.49 
 
 		 800 aa  1078    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  65.14 
 
 		 790 aa  1085    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  53.04 
 
 		 760 aa  829    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  65.21 
 
 		 876 aa  1088    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  64.06 
 
 		 825 aa  1061    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  65.38 
 
 		 795 aa  1045    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  65.26 
 
 		 795 aa  1042    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.7 
 
 		 763 aa  905    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  65.27 
 
 		 864 aa  1090    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  56.9 
 
 		 804 aa  912    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  65.15 
 
 		 858 aa  1089    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  64.09 
 
 		 826 aa  1046    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  66.19 
 
 		 850 aa  1101    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  66.09 
 
 		 816 aa  1041    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  55.39 
 
 		 799 aa  870    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  43.61 
 
 		 639 aa  586  1e-166  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.02 
 
 		 639 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  43.59 
 
 		 630 aa  557  1e-157  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.37 
 
 		 772 aa  536  1e-151  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  43.99 
 
 		 736 aa  538  1e-151  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  39.9 
 
 		 744 aa  536  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  40.22 
 
 		 739 aa  530  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  43.22 
 
 		 728 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  43.07 
 
 		 728 aa  522  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  43.07 
 
 		 728 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  44.17 
 
 		 721 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.25 
 
 		 742 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.66 
 
 		 729 aa  517  1.0000000000000001e-145  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  39.36 
 
 		 728 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  39.24 
 
 		 728 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  43.11 
 
 		 720 aa  516  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.96 
 
 		 756 aa  513  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  42.82 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  42.82 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  38.01 
 
 		 721 aa  510  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  42.96 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  42.82 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  42.82 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  42.67 
 
 		 720 aa  510  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  42.67 
 
 		 720 aa  510  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  42.67 
 
 		 720 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  43.08 
 
 		 726 aa  511  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  42.96 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  42.96 
 
 		 720 aa  512  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  42.82 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  41.84 
 
 		 722 aa  511  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  42.82 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  42.96 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  39.29 
 
 		 729 aa  512  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  42.96 
 
 		 720 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  37.89 
 
 		 768 aa  509  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  40.54 
 
 		 734 aa  507  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  38.11 
 
 		 722 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  42.59 
 
 		 720 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.41 
 
 		 785 aa  507  9.999999999999999e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1120  UvrD/REP helicase  41.78 
 
 		 728 aa  506  9.999999999999999e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169782  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  38.04 
 
 		 726 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  42.13 
 
 		 721 aa  509  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.72 
 
 		 729 aa  503  1e-141  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  41.31 
 
 		 727 aa  505  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  42.2 
 
 		 721 aa  504  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  41.45 
 
 		 727 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  37.74 
 
 		 722 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.88 
 
 		 732 aa  503  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  38.01 
 
 		 721 aa  502  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  37.74 
 
 		 722 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  37.86 
 
 		 722 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  37.86 
 
 		 722 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  41.98 
 
 		 727 aa  504  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  37.74 
 
 		 722 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  37.74 
 
 		 722 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  38.79 
 
 		 727 aa  505  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  37.86 
 
 		 722 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>