More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4273 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  99.86 
 
 
720 aa  1493    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  99.72 
 
 
720 aa  1492    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  70.95 
 
 
723 aa  1065    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  69.49 
 
 
721 aa  1056    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  62.69 
 
 
728 aa  922    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  69.53 
 
 
722 aa  1057    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  59.23 
 
 
730 aa  854    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  58.4 
 
 
726 aa  863    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  655    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  69.89 
 
 
734 aa  1071    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  99.86 
 
 
720 aa  1493    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  64.41 
 
 
724 aa  987    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  71.78 
 
 
724 aa  1086    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  97.92 
 
 
720 aa  1474    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  71.11 
 
 
722 aa  1075    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  61.71 
 
 
727 aa  923    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  59.07 
 
 
728 aa  859    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  58.8 
 
 
720 aa  857    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  69.49 
 
 
721 aa  1058    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  657    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  57.8 
 
 
721 aa  863    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  57.94 
 
 
721 aa  865    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  61.48 
 
 
727 aa  908    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  50.48 
 
 
713 aa  701    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  87.92 
 
 
720 aa  1313    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  69.53 
 
 
722 aa  1057    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  44.42 
 
 
786 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  48.5 
 
 
726 aa  660    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  99.86 
 
 
720 aa  1493    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  655    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  57.78 
 
 
717 aa  850    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  62.55 
 
 
727 aa  922    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  87.92 
 
 
720 aa  1311    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  100 
 
 
720 aa  1494    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.19 
 
 
787 aa  644    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  657    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  44.8 
 
 
783 aa  654    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  57.85 
 
 
725 aa  823    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  55.06 
 
 
741 aa  857    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  62.55 
 
 
728 aa  920    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  49.2 
 
 
743 aa  688    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  97.92 
 
 
720 aa  1474    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  44.57 
 
 
787 aa  648    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  45.21 
 
 
787 aa  657    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  70.66 
 
 
726 aa  1083    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  95.28 
 
 
720 aa  1440    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  62.83 
 
 
728 aa  923    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  69.35 
 
 
721 aa  1055    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  97.92 
 
 
720 aa  1474    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  655    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  86.67 
 
 
723 aa  1328    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  48.14 
 
 
744 aa  668    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  58.93 
 
 
724 aa  884    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  49.66 
 
 
731 aa  697    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.67 
 
 
783 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  68.7 
 
 
722 aa  1057    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  44.19 
 
 
787 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  59.53 
 
 
739 aa  868    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  69.53 
 
 
722 aa  1057    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  44.28 
 
 
787 aa  637    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  62.87 
 
 
646 aa  853    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  59.03 
 
 
726 aa  903    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  99.58 
 
 
720 aa  1490    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  70.36 
 
 
722 aa  1072    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  44.44 
 
 
846 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  52.43 
 
 
709 aa  724    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  56.09 
 
 
723 aa  819    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  66.16 
 
 
724 aa  1017    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  97.92 
 
 
720 aa  1474    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  45.08 
 
 
787 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  62.18 
 
 
729 aa  920    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  64.1 
 
 
728 aa  946    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  65.7 
 
 
726 aa  997    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  52.43 
 
 
709 aa  724    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  71.25 
 
 
722 aa  1076    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  71.11 
 
 
722 aa  1074    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  59.28 
 
 
725 aa  861    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  69.42 
 
 
727 aa  1061    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  69.53 
 
 
722 aa  1058    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  55.95 
 
 
723 aa  817    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  44.57 
 
 
840 aa  647    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  63.96 
 
 
728 aa  946    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  44.47 
 
 
787 aa  639    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  44.4 
 
 
790 aa  651    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  66.48 
 
 
723 aa  1003    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  97.92 
 
 
720 aa  1474    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  62.21 
 
 
727 aa  908    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  58.21 
 
 
737 aa  897    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  44.44 
 
 
787 aa  646    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  99.86 
 
 
720 aa  1493    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  71.01 
 
 
722 aa  1074    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  88.06 
 
 
720 aa  1313    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  62.52 
 
 
726 aa  913    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  99.86 
 
 
720 aa  1493    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  60.72 
 
 
723 aa  888    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  58.94 
 
 
723 aa  858    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  63.07 
 
 
721 aa  924    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  69.76 
 
 
721 aa  1053    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.28 
 
 
788 aa  659    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>