More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2024 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  53.16 
 
 		 728 aa  787    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  57.61 
 
 		 789 aa  847    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  55.06 
 
 		 850 aa  890    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  56.9 
 
 		 795 aa  878    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  53.37 
 
 		 858 aa  865    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  56.48 
 
 		 858 aa  897    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  58.93 
 
 		 778 aa  907    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  58.09 
 
 		 817 aa  901    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  56.53 
 
 		 798 aa  869    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  57.38 
 
 		 816 aa  904    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.01 
 
 		 855 aa  883    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  56.61 
 
 		 804 aa  881    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  72 
 
 		 783 aa  1177    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  53.46 
 
 		 864 aa  860    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  53.35 
 
 		 816 aa  866    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  52.09 
 
 		 768 aa  792    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  56.9 
 
 		 795 aa  876    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  72.13 
 
 		 786 aa  1179    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  69.39 
 
 		 807 aa  1135    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  56.24 
 
 		 845 aa  896    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.4 
 
 		 765 aa  841    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  74.7 
 
 		 817 aa  1256    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3279  UvrD/REP helicase  53.84 
 
 		 866 aa  862    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  56.22 
 
 		 847 aa  896    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  56.68 
 
 		 833 aa  894    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  100 
 
 		 814 aa  1677    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  56.6 
 
 		 770 aa  865    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  56.06 
 
 		 816 aa  854    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.03 
 
 		 876 aa  872    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  55.57 
 
 		 848 aa  889    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  53.15 
 
 		 858 aa  863    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  55.46 
 
 		 797 aa  868    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  57.14 
 
 		 825 aa  898    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  52.77 
 
 		 760 aa  810    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  56.91 
 
 		 826 aa  882    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  56.58 
 
 		 763 aa  897    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  58.58 
 
 		 790 aa  896    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  56.62 
 
 		 800 aa  862    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  56.96 
 
 		 892 aa  877    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  72.86 
 
 		 783 aa  1192    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  66.99 
 
 		 799 aa  1073    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  47.7 
 
 		 638 aa  634  1e-180  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  45.02 
 
 		 639 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  45.94 
 
 		 639 aa  597  1e-169  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  47.8 
 
 		 630 aa  593  1e-168  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  40.55 
 
 		 736 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  39.53 
 
 		 739 aa  532  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.52 
 
 		 732 aa  530  1e-149  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  39.5 
 
 		 744 aa  531  1e-149  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.34 
 
 		 729 aa  528  1e-148  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38 
 
 		 741 aa  526  1e-148  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.37 
 
 		 742 aa  527  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.34 
 
 		 730 aa  526  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.34 
 
 		 730 aa  526  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  39.77 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.94 
 
 		 729 aa  524  1e-147  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  39.65 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  39.65 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  39.65 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.78 
 
 		 817 aa  525  1e-147  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  40.13 
 
 		 728 aa  525  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 720 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  39.27 
 
 		 720 aa  520  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  39.97 
 
 		 728 aa  522  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  39.65 
 
 		 720 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.81 
 
 		 747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  39.14 
 
 		 720 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  39.45 
 
 		 723 aa  516  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.56 
 
 		 753 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  39.31 
 
 		 741 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  39.62 
 
 		 723 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0382  UvrD/REP helicase  39.17 
 
 		 812 aa  516  1.0000000000000001e-145  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.264262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  39.01 
 
 		 727 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  43.48 
 
 		 673 aa  518  1.0000000000000001e-145  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  39.27 
 
 		 721 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.78 
 
 		 747 aa  513  1e-144  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  40.18 
 
 		 721 aa  513  1e-144  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.65 
 
 		 751 aa  513  1e-144  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  37.68 
 
 		 753 aa  513  1e-144  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.08 
 
 		 756 aa  514  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.47 
 
 		 747 aa  513  1e-144  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  38.68 
 
 		 722 aa  514  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.78 
 
 		 751 aa  513  1e-144  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  40.1 
 
 		 720 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  40.05 
 
 		 726 aa  513  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.41 
 
 		 785 aa  513  1e-144  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  38.97 
 
 		 720 aa  514  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.06 
 
 		 755 aa  510  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  38.85 
 
 		 723 aa  511  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  38.45 
 
 		 726 aa  511  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.38 
 
 		 753 aa  511  1e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  40.23 
 
 		 720 aa  512  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>