More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06122 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000320  DNA helicase IV  90.71 
 
 
689 aa  1325    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06122  DNA helicase IV  100 
 
 
689 aa  1435    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  65.89 
 
 
699 aa  981    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  46.66 
 
 
687 aa  638    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  35.08 
 
 
685 aa  387  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  34.71 
 
 
684 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  34.71 
 
 
684 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  34.71 
 
 
684 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  35.23 
 
 
684 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  34.91 
 
 
685 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  34.19 
 
 
685 aa  378  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  33.96 
 
 
685 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  34.24 
 
 
684 aa  363  5.0000000000000005e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  34.71 
 
 
684 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  34.71 
 
 
684 aa  361  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  34.57 
 
 
684 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  34.71 
 
 
684 aa  359  8e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  34.57 
 
 
684 aa  359  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  34.34 
 
 
684 aa  358  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  34.2 
 
 
684 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  34.2 
 
 
684 aa  355  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  34.2 
 
 
684 aa  355  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  34.2 
 
 
684 aa  355  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  34.2 
 
 
684 aa  355  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  34.2 
 
 
684 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  34.2 
 
 
684 aa  355  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  34.05 
 
 
684 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2454  helicase IV  42.31 
 
 
1042 aa  232  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2104  UvrD/REP helicase  40.5 
 
 
971 aa  229  9e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0452  UvrD/REP helicase  38.48 
 
 
995 aa  227  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.155491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2269  UvrD/REP helicase  38.12 
 
 
957 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.975184  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3889  UvrD/REP helicase  38.15 
 
 
996 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126347  hitchhiker  0.000335054 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3966  UvrD/REP helicase  37.6 
 
 
996 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000647136  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3941  UvrD/REP helicase  37.06 
 
 
1004 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4082  UvrD/REP helicase  36.78 
 
 
996 aa  211  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.482506  decreased coverage  0.00177204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2255  UvrD/REP helicase  34.1 
 
 
1020 aa  208  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2292  UvrD/REP helicase  39.66 
 
 
996 aa  194  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1822  UvrD/REP helicase  37.2 
 
 
978 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0290  UvrD family helicase  32.93 
 
 
1010 aa  185  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  36.08 
 
 
917 aa  185  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4961  UvrD/REP helicase  34.39 
 
 
914 aa  173  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2360  UvrD/REP helicase  35.25 
 
 
955 aa  173  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.117615 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1572  UvrD/REP helicase  37.74 
 
 
972 aa  172  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202848  normal  0.0502334 
 
 
-
 
NC_002620  TC0490  UvrD/REP helicase family protein  33.02 
 
 
890 aa  148  4.0000000000000006e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  30.32 
 
 
807 aa  127  7e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.88 
 
 
785 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  28.86 
 
 
765 aa  125  3e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  30.29 
 
 
744 aa  125  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  26.82 
 
 
646 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  28.28 
 
 
778 aa  123  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  29.78 
 
 
743 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  27.52 
 
 
659 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 
726 aa  121  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.68 
 
 
745 aa  120  6e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.37 
 
 
797 aa  120  6e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1861  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.68 
 
 
780 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.213031 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.15 
 
 
726 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  25.89 
 
 
666 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.87 
 
 
747 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.13 
 
 
753 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 
768 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.87 
 
 
753 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.45 
 
 
735 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  28.86 
 
 
760 aa  118  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  29.83 
 
 
705 aa  117  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  26.61 
 
 
753 aa  117  6e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.61 
 
 
751 aa  117  6e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4873  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.07 
 
 
775 aa  117  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.222415  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.61 
 
 
751 aa  117  6e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  26.61 
 
 
751 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.61 
 
 
751 aa  117  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.61 
 
 
747 aa  117  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.61 
 
 
747 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 
816 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.41 
 
 
741 aa  117  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.8 
 
 
858 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 
795 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.31 
 
 
795 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2115  UvrD/REP helicase  27.37 
 
 
616 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00449221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  30 
 
 
678 aa  115  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 
795 aa  115  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28 
 
 
825 aa  115  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  28.99 
 
 
665 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.12 
 
 
858 aa  114  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.57 
 
 
672 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.9 
 
 
785 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.9 
 
 
785 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 
798 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 
817 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  32.07 
 
 
731 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.36 
 
 
781 aa  114  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.82 
 
 
732 aa  114  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.99 
 
 
794 aa  114  7.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.61 
 
 
751 aa  114  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.53 
 
 
751 aa  114  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  27.89 
 
 
787 aa  114  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  29.74 
 
 
672 aa  114  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  26.82 
 
 
773 aa  114  8.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.58 
 
 
706 aa  114  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.69 
 
 
787 aa  114  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>