More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1137 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1137  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  100 
 
 		 745 aa  1545    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.931855  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2706  UvrD/REP helicase  31.34 
 
 		 704 aa  250  7e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.341733 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  29.09 
 
 		 765 aa  221  6e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  28.55 
 
 		 789 aa  219  2e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  28.02 
 
 		 754 aa  217  5.9999999999999996e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.67 
 
 		 732 aa  215  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  29.06 
 
 		 679 aa  213  7.999999999999999e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 		 769 aa  213  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.32 
 
 		 756 aa  212  2e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1693  UvrD/REP helicase  29.44 
 
 		 683 aa  211  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.508868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.3 
 
 		 677 aa  209  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  26.73 
 
 		 689 aa  209  2e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 677 aa  209  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.55 
 
 		 741 aa  209  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.79 
 
 		 751 aa  207  5e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.79 
 
 		 747 aa  207  5e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  27.99 
 
 		 768 aa  207  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  27.93 
 
 		 764 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.79 
 
 		 747 aa  205  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  27.83 
 
 		 755 aa  206  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.71 
 
 		 753 aa  206  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.36 
 
 		 730 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.36 
 
 		 730 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.71 
 
 		 753 aa  205  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  26.55 
 
 		 724 aa  204  4e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  27.64 
 
 		 753 aa  204  5e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.64 
 
 		 751 aa  204  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.64 
 
 		 751 aa  204  5e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.64 
 
 		 747 aa  204  6e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  27.64 
 
 		 751 aa  204  6e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  28.63 
 
 		 845 aa  204  7e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.49 
 
 		 805 aa  203  9e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  27.49 
 
 		 805 aa  203  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  28.35 
 
 		 778 aa  202  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.83 
 
 		 729 aa  200  7.999999999999999e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  28.03 
 
 		 744 aa  200  7.999999999999999e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 807 aa  200  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  29.2 
 
 		 729 aa  198  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 		 672 aa  198  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  29.51 
 
 		 726 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  28.14 
 
 		 787 aa  197  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 719 aa  197  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 707 aa  195  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  28.76 
 
 		 680 aa  195  3e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.56 
 
 		 725 aa  195  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 797 aa  195  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  29.43 
 
 		 728 aa  194  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  27.89 
 
 		 730 aa  194  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  29.28 
 
 		 728 aa  194  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.01 
 
 		 743 aa  194  6e-48  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  28.68 
 
 		 728 aa  193  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  28.43 
 
 		 706 aa  193  9e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  28.63 
 
 		 739 aa  193  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  26.9 
 
 		 709 aa  192  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.54 
 
 		 742 aa  193  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.76 
 
 		 728 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.2 
 
 		 788 aa  192  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 735 aa  192  2e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  29.25 
 
 		 809 aa  192  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  28.76 
 
 		 728 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  28.26 
 
 		 735 aa  192  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  28.26 
 
 		 797 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.65 
 
 		 715 aa  192  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.26 
 
 		 797 aa  191  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  29.39 
 
 		 797 aa  191  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  28.7 
 
 		 727 aa  190  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.66 
 
 		 685 aa  190  9e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  27.96 
 
 		 798 aa  189  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  25.25 
 
 		 787 aa  189  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  27.58 
 
 		 771 aa  189  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.92 
 
 		 667 aa  189  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  28.76 
 
 		 727 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.63 
 
 		 672 aa  189  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.32 
 
 		 766 aa  188  3e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 848 aa  187  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  28.49 
 
 		 750 aa  187  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 		 757 aa  187  7e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  28.27 
 
 		 795 aa  187  8e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4844  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.56 
 
 		 776 aa  186  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  27.09 
 
 		 724 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4232  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.63 
 
 		 781 aa  186  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.491131  normal  0.505763 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.99 
 
 		 748 aa  186  1.0000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  25.54 
 
 		 731 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  27.59 
 
 		 773 aa  186  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 		 731 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  28.24 
 
 		 732 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  25.72 
 
 		 723 aa  185  3e-45  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.31 
 
 		 773 aa  184  5.0000000000000004e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.51 
 
 		 754 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 		 709 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.55 
 
 		 739 aa  184  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  28.33 
 
 		 709 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 		 742 aa  184  7e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.63 
 
 		 719 aa  184  7e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  30.14 
 
 		 723 aa  184  7e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.42 
 
 		 737 aa  184  7e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 		 689 aa  183  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  30.14 
 
 		 723 aa  183  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  28.26 
 
 		 795 aa  182  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  26.58 
 
 		 724 aa  182  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>