More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1509 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  44.82 
 
 
1088 aa  695    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  40.62 
 
 
1108 aa  641    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  43.23 
 
 
1128 aa  683    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  46.11 
 
 
1130 aa  728    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1073 aa  2120    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  40.66 
 
 
1128 aa  635  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  39.58 
 
 
1150 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  40.94 
 
 
1162 aa  587  1e-166  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  45.26 
 
 
1124 aa  583  1.0000000000000001e-165  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  40.33 
 
 
1144 aa  582  1e-164  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  39.55 
 
 
1111 aa  578  1.0000000000000001e-163  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  39.67 
 
 
1041 aa  578  1.0000000000000001e-163  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  39.16 
 
 
1192 aa  554  1e-156  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  39.39 
 
 
1091 aa  555  1e-156  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  41.06 
 
 
1120 aa  550  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  39.06 
 
 
1091 aa  544  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.98 
 
 
1111 aa  540  9.999999999999999e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  39.3 
 
 
1106 aa  537  1e-151  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.28 
 
 
1090 aa  538  1e-151  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  38.78 
 
 
1091 aa  537  1e-151  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  38.78 
 
 
1091 aa  537  1e-151  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  37.48 
 
 
1101 aa  529  1e-149  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  36.76 
 
 
1119 aa  529  1e-148  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  38.9 
 
 
1086 aa  519  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  37 
 
 
1103 aa  516  1e-144  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  38.6 
 
 
1136 aa  503  1e-141  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  40.81 
 
 
1228 aa  506  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  37.34 
 
 
1164 aa  502  1e-140  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.26 
 
 
1094 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  40.68 
 
 
1183 aa  444  1e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  38.72 
 
 
1162 aa  441  9.999999999999999e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  39.05 
 
 
1349 aa  422  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  38.34 
 
 
1167 aa  409  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.66 
 
 
1176 aa  393  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  33.45 
 
 
1119 aa  382  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  38.43 
 
 
1128 aa  370  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  29.57 
 
 
1343 aa  253  1e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.24 
 
 
732 aa  197  9e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  28.66 
 
 
707 aa  197  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.57 
 
 
766 aa  194  9e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 
768 aa  192  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  26.93 
 
 
714 aa  189  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.11 
 
 
725 aa  188  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.36 
 
 
737 aa  188  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  28.44 
 
 
728 aa  188  6e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.88 
 
 
743 aa  186  2.0000000000000003e-45  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.3 
 
 
756 aa  186  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.95 
 
 
757 aa  184  6e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.84 
 
 
785 aa  184  8.000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.06 
 
 
786 aa  183  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  25.34 
 
 
665 aa  181  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.77 
 
 
773 aa  181  7e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.48 
 
 
781 aa  180  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  25.02 
 
 
1019 aa  179  3e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 
735 aa  179  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.85 
 
 
729 aa  178  6e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 
790 aa  177  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.19 
 
 
694 aa  177  8e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 
816 aa  177  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  27.98 
 
 
795 aa  177  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  27.98 
 
 
795 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  25.07 
 
 
731 aa  176  1.9999999999999998e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  27.83 
 
 
798 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 
718 aa  176  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  28.92 
 
 
1397 aa  176  2.9999999999999996e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  26.85 
 
 
723 aa  176  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.32 
 
 
751 aa  175  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.05 
 
 
751 aa  175  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.02 
 
 
748 aa  175  5e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  25.03 
 
 
678 aa  174  5.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 
672 aa  174  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.2 
 
 
659 aa  174  1e-41  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  26.24 
 
 
900 aa  174  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  22.76 
 
 
735 aa  173  1e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 
797 aa  174  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.63 
 
 
742 aa  172  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.78 
 
 
747 aa  172  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 
741 aa  173  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  27.52 
 
 
739 aa  172  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  26.32 
 
 
762 aa  172  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.82 
 
 
838 aa  172  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.48 
 
 
753 aa  172  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.53 
 
 
729 aa  171  5e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 
720 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.48 
 
 
753 aa  171  5e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 
720 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 
720 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 
720 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 
720 aa  171  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  30.05 
 
 
1044 aa  171  7e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.73 
 
 
763 aa  171  7e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  26.08 
 
 
680 aa  171  7e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  25.95 
 
 
720 aa  171  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  25.95 
 
 
720 aa  171  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>