52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4962 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  100 
 
 		 154 aa  311  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  45.65 
 
 		 313 aa  88.2  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  47.62 
 
 		 262 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  38.71 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  36.56 
 
 		 287 aa  71.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  48.61 
 
 		 355 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  48.89 
 
 		 272 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  44.57 
 
 		 348 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  40.23 
 
 		 310 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  63.16 
 
 		 281 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  60 
 
 		 285 aa  60.8  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  60.98 
 
 		 739 aa  59.7  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  51.22 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  34.69 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  54.76 
 
 		 338 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  43.86 
 
 		 255 aa  57.8  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  51.28 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  31.82 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  51.11 
 
 		 251 aa  54.3  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  51.35 
 
 		 329 aa  54.3  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  54.55 
 
 		 269 aa  53.5  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  47.92 
 
 		 744 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  50 
 
 		 230 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  60 
 
 		 260 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  37.5 
 
 		 257 aa  52.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  55.56 
 
 		 252 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  28.75 
 
 		 267 aa  52  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  55.56 
 
 		 258 aa  51.2  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  30.67 
 
 		 228 aa  51.2  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  40.3 
 
 		 256 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  50 
 
 		 249 aa  49.3  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  55.26 
 
 		 655 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  45.71 
 
 		 267 aa  47.4  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3295  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 655 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.17428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 671 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  27.4 
 
 		 230 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 654 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  47.22 
 
 		 259 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08201  DNA topoisomerase III  47.5 
 
 		 734 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0178997  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  28.57 
 
 		 281 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  46.34 
 
 		 722 aa  43.5  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  48.72 
 
 		 680 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  43.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 730 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1473  DNA topoisomerase III  43.9 
 
 		 673 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  45.71 
 
 		 323 aa  41.2  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  45.71 
 
 		 323 aa  41.2  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  48.57 
 
 		 308 aa  40.4  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  46.88 
 
 		 697 aa  40.4  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  44.74 
 
 		 666 aa  40  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>