118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3871 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  100 
 
 		 323 aa  659    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  100 
 
 		 323 aa  659    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  56.77 
 
 		 314 aa  349  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  35.78 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  35.29 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  35.29 
 
 		 440 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  40 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  30.79 
 
 		 348 aa  133  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  32.09 
 
 		 276 aa  106  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  25.88 
 
 		 252 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  30.51 
 
 		 271 aa  91.3  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  30.64 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  31.69 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  27.19 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  31.98 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  32.98 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  30.6 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  32.69 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  31.43 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  25.49 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22830  restriction endonuclease  26.2 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.275041 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  33.63 
 
 		 493 aa  53.1  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  28.33 
 
 		 262 aa  52.8  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  74.07 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  24.55 
 
 		 326 aa  50.1  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  30.53 
 
 		 291 aa  50.1  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  41.67 
 
 		 670 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  54.55 
 
 		 671 aa  49.3  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  29.79 
 
 		 403 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  41.67 
 
 		 676 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0041  hypothetical protein  26.44 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777357  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  41.67 
 
 		 676 aa  48.9  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  48.9  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1873  restriction endonuclease  29.52 
 
 		 297 aa  48.1  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  47.5 
 
 		 670 aa  48.1  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 671 aa  48.5  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  26.54 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0411  restriction endonuclease  27.22 
 
 		 374 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  37.84 
 
 		 702 aa  47.4  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1473  DNA topoisomerase III  38.33 
 
 		 673 aa  47  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199053 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  45 
 
 		 670 aa  47  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  62.96 
 
 		 689 aa  47.4  0.0004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  62.96 
 
 		 704 aa  47  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  46.15 
 
 		 670 aa  47  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3001  DNA topoisomerase III  53.33 
 
 		 655 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514044  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  38.33 
 
 		 269 aa  46.6  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  37.5 
 
 		 670 aa  47  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  24.39 
 
 		 184 aa  46.6  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  51.35 
 
 		 743 aa  46.6  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  23.46 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  47.22 
 
 		 671 aa  46.2  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  28.57 
 
 		 326 aa  46.2  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0558  DNA topoisomerase III  40.82 
 
 		 680 aa  45.8  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3766  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50 
 
 		 180 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000848781  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3579  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  50 
 
 		 180 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0127763  normal  0.160095 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  28.83 
 
 		 799 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0304  endonuclease  23.53 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0888  5-methylcytosine-specific restriction enzyme  28.44 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  46.51 
 
 		 666 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0675  DNA topoisomerase I  53.57 
 
 		 1041 aa  45.4  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.135571  hitchhiker  0.00000063053 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  59.26 
 
 		 262 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  57.14 
 
 		 817 aa  45.8  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  28.83 
 
 		 799 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0148  restriction endonuclease  26.39 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000609168  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1093  restriction endonuclease  31.43 
 
 		 341 aa  45.4  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.237705  normal  0.32417 
 
 
-
 
NC_002936  DET1115  type II restriction endonuclease, putative  28.71 
 
 		 333 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.162238  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0075  DNA topoisomerase I  56.25 
 
 		 798 aa  44.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0618  DNA topoisomerase III  53.33 
 
 		 669 aa  45.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  25.64 
 
 		 421 aa  44.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2103  restriction endonuclease  28 
 
 		 248 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.0521143 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  57.14 
 
 		 812 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  55.56 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  57.14 
 
 		 814 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  57.14 
 
 		 814 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4976  hypothetical protein  33.33 
 
 		 812 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2433  DNA topoisomerase I  58.06 
 
 		 798 aa  44.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.336729  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3544  restriction endonuclease  25.38 
 
 		 305 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2534  restriction endonuclease  25 
 
 		 302 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.983155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  53.57 
 
 		 694 aa  44.3  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  44.44 
 
 		 722 aa  44.3  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  27.08 
 
 		 853 aa  44.3  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  48.15 
 
 		 694 aa  44.3  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2212  DNA topoisomerase I  52.63 
 
 		 798 aa  44.3  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  23.53 
 
 		 154 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  23.53 
 
 		 125 aa  43.9  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  37.65 
 
 		 885 aa  43.9  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2842  DNA topoisomerase I  58.06 
 
 		 798 aa  43.9  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03134  predicted DNA topoisomerase  47.62 
 
 		 180 aa  43.5  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0430  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  47.62 
 
 		 180 aa  43.5  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00343806  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03085  hypothetical protein  47.62 
 
 		 180 aa  43.5  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.15137  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0109  DNA topoisomerase I  52.94 
 
 		 799 aa  43.5  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1458  DNA topoisomerase I  34.55 
 
 		 827 aa  43.5  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08201  DNA topoisomerase III  39.29 
 
 		 734 aa  43.5  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0178997  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3477  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  47.62 
 
 		 180 aa  43.5  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000183076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0430  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.62 
 
 		 180 aa  43.5  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00156622  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4606  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  47.62 
 
 		 180 aa  43.5  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00790504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  39.44 
 
 		 977 aa  43.5  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  57.14 
 
 		 922 aa  43.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0442  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  47.5 
 
 		 185 aa  43.1  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0826807  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1084  restriction endonuclease  22.93 
 
 		 304 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>