33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6502 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  100 
 
 		 326 aa  658    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0304  endonuclease  46.89 
 
 		 320 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2103  restriction endonuclease  48.39 
 
 		 248 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.0521143 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  33.68 
 
 		 154 aa  58.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  33.68 
 
 		 154 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  33.68 
 
 		 125 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  33.68 
 
 		 154 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  33.62 
 
 		 285 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3938  hypothetical protein  25.15 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  33.61 
 
 		 287 aa  53.9  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  27.34 
 
 		 400 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  26.78 
 
 		 403 aa  52.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2939  SNF2-related protein  32.14 
 
 		 1131 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  32.67 
 
 		 289 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  28.57 
 
 		 374 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2603  restriction endonuclease  30.61 
 
 		 342 aa  50.1  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2767  restriction endonuclease  31.68 
 
 		 520 aa  49.3  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  34.26 
 
 		 281 aa  48.9  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3360  restriction endonuclease  29.29 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.271395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  28.42 
 
 		 386 aa  47.8  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  32 
 
 		 314 aa  47.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52400  restriction endonuclease  29.59 
 
 		 271 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4815  restriction endonuclease  30.69 
 
 		 363 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  28.57 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  28.57 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  28.3 
 
 		 317 aa  44.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0084  restriction endonuclease  26.61 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.243939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  30.1 
 
 		 184 aa  43.9  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  31.86 
 
 		 296 aa  43.5  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  28.32 
 
 		 262 aa  43.5  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1622  hypothetical protein  31.15 
 
 		 207 aa  42.7  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.792875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  25.49 
 
 		 305 aa  42.7  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1996  Mrr restriction system protein-like  29.09 
 
 		 447 aa  42.4  0.01  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00366255  normal  0.311144 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>