41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0304 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0304  endonuclease  100 
 
 		 320 aa  655    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2103  restriction endonuclease  55.82 
 
 		 248 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.0521143 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  46.89 
 
 		 326 aa  287  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  34.34 
 
 		 154 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  34.34 
 
 		 154 aa  60.8  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  34.34 
 
 		 125 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  34.34 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  29.01 
 
 		 374 aa  59.3  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3360  restriction endonuclease  35.19 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.271395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  24.02 
 
 		 403 aa  54.7  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  30.43 
 
 		 285 aa  54.3  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  27.13 
 
 		 400 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52400  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 271 aa  53.1  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2939  SNF2-related protein  41.1 
 
 		 1131 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  29.27 
 
 		 305 aa  52.8  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4815  restriction endonuclease  32.29 
 
 		 363 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2603  restriction endonuclease  32.29 
 
 		 342 aa  51.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  34.48 
 
 		 308 aa  49.7  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  34.34 
 
 		 230 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  26.73 
 
 		 386 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  29.82 
 
 		 289 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3938  hypothetical protein  23.89 
 
 		 384 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  27.55 
 
 		 314 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  28.57 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  28.57 
 
 		 262 aa  47  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1078  restriction endonuclease  32.84 
 
 		 333 aa  47  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.272779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  29.59 
 
 		 355 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  23.53 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  23.53 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  28.28 
 
 		 585 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1622  hypothetical protein  29.69 
 
 		 207 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.792875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  23.81 
 
 		 349 aa  44.3  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  29.79 
 
 		 287 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0041  hypothetical protein  36.54 
 
 		 338 aa  43.5  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777357  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  22.96 
 
 		 184 aa  43.5  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  30.3 
 
 		 346 aa  43.5  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1302  restriction endonuclease  34.02 
 
 		 233 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126864  normal  0.634678 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  27.27 
 
 		 281 aa  43.1  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  25.21 
 
 		 252 aa  43.1  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1290  restriction endonuclease  34.02 
 
 		 233 aa  42.7  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.708132  normal  0.357779 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1273  restriction endonuclease  34.02 
 
 		 233 aa  42.7  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>