85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1819 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  100 
 
 		 308 aa  631  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  34.55 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  34.55 
 
 		 440 aa  159  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.58 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.58 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  40 
 
 		 348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  34.26 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  35.37 
 
 		 317 aa  146  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  30.65 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  35.26 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  34.5 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  32.09 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  34.66 
 
 		 281 aa  99.8  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  30.22 
 
 		 252 aa  99.4  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  29.48 
 
 		 276 aa  96.3  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  31.46 
 
 		 285 aa  93.6  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  32.58 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  32.84 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  35.09 
 
 		 262 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  26.62 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  31.05 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  36.61 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  32.14 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  26.95 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  31.19 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0304  endonuclease  33.33 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  29.55 
 
 		 585 aa  57  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  30.77 
 
 		 192 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3686  restriction endonuclease  29.85 
 
 		 421 aa  53.5  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4933  Mrr restriction system protein  41.54 
 
 		 304 aa  53.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  28.16 
 
 		 374 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  32.73 
 
 		 799 aa  53.1  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  32.73 
 
 		 799 aa  53.1  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  26.78 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  26.78 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  26.78 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  26.47 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  30.51 
 
 		 493 aa  49.3  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4209  restriction endonuclease  40 
 
 		 311 aa  49.3  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000116308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2103  restriction endonuclease  28.28 
 
 		 248 aa  49.3  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.0521143 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3295  restriction endonuclease  23.23 
 
 		 346 aa  48.9  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.978849  normal  0.622246 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  25.93 
 
 		 154 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2603  restriction endonuclease  31.37 
 
 		 342 aa  48.9  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  25.93 
 
 		 154 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  25.93 
 
 		 125 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  26.85 
 
 		 349 aa  47.8  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  25.93 
 
 		 154 aa  47.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3443  endonuclease  26.96 
 
 		 171 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.861488  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1753  restriction endonuclease  28.81 
 
 		 215 aa  47.8  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  25.86 
 
 		 182 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52400  restriction endonuclease  31.37 
 
 		 271 aa  47.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3360  restriction endonuclease  31.18 
 
 		 330 aa  47  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.271395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0888  5-methylcytosine-specific restriction enzyme  33.71 
 
 		 306 aa  47  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  31.03 
 
 		 169 aa  47  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  48.57 
 
 		 259 aa  47  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1061  restriction endonuclease  24.5 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0148  restriction endonuclease  34.85 
 
 		 302 aa  46.6  0.0006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000609168  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1090  restriction endonuclease  24.5 
 
 		 310 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.978634  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  25.17 
 
 		 305 aa  46.2  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  25.86 
 
 		 182 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1078  restriction endonuclease  31.18 
 
 		 333 aa  46.2  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.272779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  30.25 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  28.18 
 
 		 400 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  52.63 
 
 		 260 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2515  restriction endonuclease  30 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0422  sodium- and chloride-dependent transporter  28.71 
 
 		 128 aa  45.4  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.37197  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  27.2 
 
 		 386 aa  45.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2142  restriction endonuclease  26.32 
 
 		 547 aa  44.7  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  27.78 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 771 aa  44.3  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.11035 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3258  restriction endonuclease  29.17 
 
 		 454 aa  44.3  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6502  restriction endonuclease  28 
 
 		 326 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.843252 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1873  restriction endonuclease  22.47 
 
 		 297 aa  43.9  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1311  hypothetical protein  44.26 
 
 		 133 aa  43.5  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.972015 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12548  restriction system protein mrr  30.08 
 
 		 306 aa  43.5  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00923915 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0477  restriction endonuclease  26.32 
 
 		 303 aa  43.5  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.863286  normal  0.802026 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3007  restriction endonuclease  28.1 
 
 		 454 aa  43.5  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  27.27 
 
 		 293 aa  43.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  48.65 
 
 		 671 aa  42.7  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2898  restriction endonuclease  28.93 
 
 		 454 aa  43.1  0.007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6871  restriction endonuclease  29.36 
 
 		 200 aa  42.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  48.65 
 
 		 671 aa  42.4  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  26.44 
 
 		 184 aa  42.7  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1502  restriction endonuclease  31.11 
 
 		 307 aa  42.4  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.677027  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  46.15 
 
 		 739 aa  42.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>