96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2388 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  100 
 
 		 440 aa  679    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  100 
 
 		 327 aa  680    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  39.74 
 
 		 317 aa  235  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  43.37 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  36.22 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  35.08 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  35.08 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  34.4 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3538  hypothetical protein  33.89 
 
 		 276 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.281391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  33.7 
 
 		 271 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  31.28 
 
 		 252 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 289 aa  99  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  32.78 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  32.61 
 
 		 230 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  30.35 
 
 		 281 aa  94  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  32.79 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  33.14 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  31.86 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  30.23 
 
 		 272 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  29.17 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  28.95 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  29.75 
 
 		 585 aa  63.5  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  32.14 
 
 		 799 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  32.14 
 
 		 799 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  30.71 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  29.03 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  28.57 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  28.57 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  28.57 
 
 		 154 aa  55.8  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  33.04 
 
 		 184 aa  55.8  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0041  hypothetical protein  24.62 
 
 		 338 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.777357  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  28.57 
 
 		 154 aa  55.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01945  hypothetical protein  28.93 
 
 		 386 aa  54.3  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0411  restriction endonuclease  32.26 
 
 		 374 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  32.54 
 
 		 493 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4933  Mrr restriction system protein  39.06 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  30 
 
 		 403 aa  52  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1115  type II restriction endonuclease, putative  27.21 
 
 		 333 aa  52  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.162238  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3544  restriction endonuclease  36.14 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  33.7 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4209  restriction endonuclease  37.1 
 
 		 311 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000116308 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  37.5 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  37.5 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  41.18 
 
 		 293 aa  50.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  37.5 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  31.5 
 
 		 291 aa  50.4  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1559  restriction endonuclease  26.05 
 
 		 193 aa  50.1  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151262 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7364  putative Mrr restriction system protein  22.86 
 
 		 400 aa  50.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00238713  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1502  restriction endonuclease  35.79 
 
 		 307 aa  50.1  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.677027  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  31.67 
 
 		 326 aa  49.7  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1631  restriction endonuclease  28.28 
 
 		 345 aa  48.9  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.796365  normal  0.0242548 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  29.65 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  34.04 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  28.07 
 
 		 250 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2800  hypothetical protein  27.19 
 
 		 313 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0352822  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  27.62 
 
 		 182 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  28.7 
 
 		 169 aa  48.1  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3443  endonuclease  24.07 
 
 		 171 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.861488  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0888  5-methylcytosine-specific restriction enzyme  41.25 
 
 		 306 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1858  restriction endonuclease-like  29.1 
 
 		 349 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3686  restriction endonuclease  28.8 
 
 		 421 aa  47  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  48.72 
 
 		 267 aa  46.6  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0680  restriction endonuclease  29.69 
 
 		 304 aa  46.6  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3352  restriction endonuclease  30.39 
 
 		 201 aa  46.6  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  34.74 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11061  hypothetical protein  29.9 
 
 		 289 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0148  restriction endonuclease  27.61 
 
 		 302 aa  45.8  0.0009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000609168  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  28.26 
 
 		 182 aa  45.8  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2534  restriction endonuclease  33.77 
 
 		 302 aa  45.8  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.983155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0477  restriction endonuclease  30 
 
 		 303 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.863286  normal  0.802026 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05300  restriction endonuclease  34.65 
 
 		 305 aa  45.8  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.979407  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1090  restriction endonuclease  37.5 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.978634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1061  restriction endonuclease  37.5 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1692  mrr restriction system protein  33.33 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1381  DNA topoisomerase I  33.33 
 
 		 695 aa  44.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.500118 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  43.18 
 
 		 693 aa  44.3  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1084  restriction endonuclease  35.8 
 
 		 304 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11011  hypothetical protein  31.25 
 
 		 145 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4420  restriction endonuclease  26 
 
 		 249 aa  43.5  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1406  restriction endonuclease  30.53 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000555478  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  27.1 
 
 		 359 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  45 
 
 		 257 aa  43.5  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  45.95 
 
 		 269 aa  43.5  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  33.73 
 
 		 305 aa  43.5  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0600  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 711 aa  43.5  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00101448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  37.88 
 
 		 831 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  37.88 
 
 		 831 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  42.5 
 
 		 251 aa  43.1  0.007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11051  hypothetical protein  29.9 
 
 		 289 aa  42.7  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.117412  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  34.55 
 
 		 254 aa  43.1  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  25 
 
 		 349 aa  43.1  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3348  restriction endonuclease  24.84 
 
 		 299 aa  43.1  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.26696  normal  0.0571713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4155  restriction endonuclease  25 
 
 		 247 aa  42.7  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1609  restriction endonuclease  35 
 
 		 297 aa  42.4  0.01  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.355055  normal  0.341579 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  43.9 
 
 		 670 aa  42.4  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  37.88 
 
 		 831 aa  42.4  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>