47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1503 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  100 
 
 		 799 aa  1630    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  100 
 
 		 799 aa  1630    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  38.98 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  37.5 
 
 		 250 aa  65.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  30.77 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  33.33 
 
 		 285 aa  63.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  32.14 
 
 		 440 aa  62.4  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  32.14 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  36.04 
 
 		 421 aa  60.8  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 287 aa  59.7  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  32.14 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  33.94 
 
 		 271 aa  57  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  34.82 
 
 		 281 aa  55.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 289 aa  55.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  37.82 
 
 		 310 aa  55.8  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1873  restriction endonuclease  29.29 
 
 		 297 aa  53.9  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  32.43 
 
 		 252 aa  52.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  32.79 
 
 		 291 aa  53.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2745  restriction endonuclease  32.14 
 
 		 222 aa  53.5  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3007  restriction endonuclease  33.61 
 
 		 454 aa  52  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  34.78 
 
 		 348 aa  52  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  34.51 
 
 		 368 aa  52  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  36.7 
 
 		 313 aa  51.6  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2898  restriction endonuclease  34.17 
 
 		 454 aa  50.8  0.00009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4809  restriction endonuclease  31.25 
 
 		 219 aa  50.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0488  restriction endonuclease  31.3 
 
 		 317 aa  50.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  35.29 
 
 		 293 aa  50.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3127  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 454 aa  49.3  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3348  restriction endonuclease  28.57 
 
 		 299 aa  48.5  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.26696  normal  0.0571713 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1996  Mrr restriction system protein-like  26.45 
 
 		 447 aa  48.1  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00366255  normal  0.311144 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1312  restriction endonuclease  32.23 
 
 		 455 aa  48.1  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3258  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 454 aa  47  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3380  restriction endonuclease  31.93 
 
 		 453 aa  47.4  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1958  restriction endonuclease  33.62 
 
 		 312 aa  46.2  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.89806  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11051  hypothetical protein  25.55 
 
 		 289 aa  46.6  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.117412  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11061  hypothetical protein  26.52 
 
 		 289 aa  47  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  35.4 
 
 		 364 aa  46.6  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  26.39 
 
 		 272 aa  46.6  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  31.82 
 
 		 305 aa  46.6  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  28.7 
 
 		 374 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  37.04 
 
 		 359 aa  45.8  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  33.87 
 
 		 305 aa  45.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  33.33 
 
 		 304 aa  45.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  28.83 
 
 		 323 aa  44.7  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  28.83 
 
 		 323 aa  44.7  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1094  restriction endonuclease  34.68 
 
 		 310 aa  44.7  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1903  restriction endonuclease  36.05 
 
 		 640 aa  44.3  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0310483  hitchhiker  0.0000000420934 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>