109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1708 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  100 
 
 		 259 aa  534  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  40.17 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  39.69 
 
 		 267 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  37.08 
 
 		 269 aa  168  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  39 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  37.19 
 
 		 260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  35.83 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  49.34 
 
 		 199 aa  149  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  44.51 
 
 		 355 aa  148  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  33.07 
 
 		 267 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  34.18 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  30.8 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  44.94 
 
 		 207 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  35.35 
 
 		 329 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  40.38 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  33.88 
 
 		 262 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2211  NERD domain-containing protein  43.92 
 
 		 353 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  41.18 
 
 		 338 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  32.08 
 
 		 255 aa  102  9e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  44.76 
 
 		 212 aa  92.8  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1610  hypothetical protein  31.91 
 
 		 387 aa  91.3  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00290154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  43.81 
 
 		 212 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  43.81 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  43.81 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2594  NERD domain protein  26.87 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.173089  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1889  hypothetical protein  43.82 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.344159 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1109  hypothetical protein  38.46 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  27.78 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  23.04 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  21.66 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  22.16 
 
 		 225 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  52.27 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  44.44 
 
 		 739 aa  55.8  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  53.57 
 
 		 281 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1888  hypothetical protein  40 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.349997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  52.63 
 
 		 355 aa  52  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  52.17 
 
 		 289 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2233  DNA topoisomerase III  62.16 
 
 		 671 aa  50.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0145948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  53.85 
 
 		 260 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  53.85 
 
 		 287 aa  50.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  41.94 
 
 		 257 aa  49.3  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  59.46 
 
 		 671 aa  49.3  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  55.56 
 
 		 251 aa  48.9  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  44.64 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2342  DNA topoisomerase III  59.46 
 
 		 671 aa  48.1  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0063  DNA topoisomerase III  38.46 
 
 		 730 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3513  NERD domain-containing protein  29.77 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2463  DNA topoisomerase I  43.75 
 
 		 804 aa  47.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0717  DNA topoisomerase I  27.36 
 
 		 703 aa  47.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0604415  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1819  restriction endonuclease  48.57 
 
 		 308 aa  47  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_624  topoisomerase IA  27.36 
 
 		 703 aa  47  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5568  NERD domain-containing protein  32.67 
 
 		 233 aa  47.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.539565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  48.94 
 
 		 907 aa  46.6  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2529  DNA topoisomerase III  41.51 
 
 		 722 aa  46.6  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  50 
 
 		 252 aa  46.6  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  30.09 
 
 		 851 aa  46.2  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  52.78 
 
 		 254 aa  46.2  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  55.56 
 
 		 285 aa  46.2  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1445  DNA topoisomerase III  56.76 
 
 		 670 aa  46.2  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0442  NERD domain protein  24.86 
 
 		 261 aa  46.2  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  39.68 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2212  DNA topoisomerase I  41.67 
 
 		 798 aa  46.2  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  42.62 
 
 		 744 aa  45.8  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0652  DNA topoisomerase I  27.36 
 
 		 703 aa  45.8  0.0007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.957627  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2246  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 685 aa  45.8  0.0007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.205011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07440  hypothetical protein  38.16 
 
 		 111 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316107  normal  0.202998 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.22 
 
 		 154 aa  45.4  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  44.68 
 
 		 884 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1311  DNA topoisomerase III  54.05 
 
 		 670 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617817  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  44.68 
 
 		 884 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  44.68 
 
 		 880 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  51.28 
 
 		 313 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  54.05 
 
 		 670 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  55.56 
 
 		 666 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0075  DNA topoisomerase I  41.67 
 
 		 798 aa  44.3  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  45.28 
 
 		 911 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  45.28 
 
 		 914 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  45.28 
 
 		 936 aa  43.9  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  44.68 
 
 		 893 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  52.78 
 
 		 670 aa  44.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  45.28 
 
 		 911 aa  43.5  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 670 aa  43.5  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  53.33 
 
 		 694 aa  43.5  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  42.37 
 
 		 272 aa  43.5  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2298  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 676 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000135741  hitchhiker  0.000195203 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3385  DNA topoisomerase III  51.35 
 
 		 676 aa  43.5  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191763  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  48.57 
 
 		 748 aa  43.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  51.43 
 
 		 760 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09220  topoisomerase IA  45.71 
 
 		 834 aa  42.7  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.143894  normal  0.0154062 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23450  topoisomerase IA  42.86 
 
 		 837 aa  42.7  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000217154  decreased coverage  0.0000000285044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 922 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2923  DNA topoisomerase III  34.48 
 
 		 654 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  40.68 
 
 		 813 aa  42.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  34.88 
 
 		 671 aa  42.4  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  45.71 
 
 		 864 aa  42.4  0.007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  45.71 
 
 		 863 aa  42.4  0.008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  48.57 
 
 		 814 aa  42.4  0.008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  45.71 
 
 		 844 aa  42.4  0.008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  48.57 
 
 		 747 aa  42  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  48.57 
 
 		 812 aa  42  0.009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>