More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2178 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  57.6 
 
 		 910 aa  959    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  58.73 
 
 		 896 aa  952    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  57.6 
 
 		 910 aa  958    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  57.51 
 
 		 961 aa  932    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  57.36 
 
 		 888 aa  949    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  54.52 
 
 		 924 aa  889    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  43.91 
 
 		 816 aa  704    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  57.08 
 
 		 884 aa  962    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  59.46 
 
 		 877 aa  988    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  57.72 
 
 		 894 aa  935    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  96.23 
 
 		 880 aa  1632    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  58.22 
 
 		 904 aa  973    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  44.35 
 
 		 820 aa  719    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  46.7 
 
 		 857 aa  706    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  55.96 
 
 		 911 aa  913    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  44.08 
 
 		 830 aa  635    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 884 aa  1800    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  58.02 
 
 		 884 aa  976    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  57.19 
 
 		 914 aa  961    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  57.86 
 
 		 977 aa  931    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  58.43 
 
 		 915 aa  972    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  59 
 
 		 877 aa  982    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  57.46 
 
 		 911 aa  919    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  56.28 
 
 		 859 aa  873    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  45.36 
 
 		 820 aa  739    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  68.08 
 
 		 907 aa  1195    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  57.63 
 
 		 922 aa  904    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  49.23 
 
 		 845 aa  736    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  57.55 
 
 		 891 aa  922    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  57.46 
 
 		 914 aa  917    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  57.43 
 
 		 901 aa  979    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  56.2 
 
 		 936 aa  912    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  58.21 
 
 		 916 aa  907    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  53.81 
 
 		 869 aa  915    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  70.12 
 
 		 893 aa  1197    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  56.53 
 
 		 849 aa  907    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  57.38 
 
 		 913 aa  945    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  58.2 
 
 		 849 aa  974    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  56.9 
 
 		 909 aa  962    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  57.99 
 
 		 911 aa  931    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  55.72 
 
 		 852 aa  874    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  58.26 
 
 		 894 aa  981    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  60.02 
 
 		 867 aa  981    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  99.55 
 
 		 884 aa  1795    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  70.74 
 
 		 900 aa  1225    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  58.64 
 
 		 885 aa  979    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  74.76 
 
 		 851 aa  1272    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  46.19 
 
 		 854 aa  615  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  45.14 
 
 		 840 aa  615  9.999999999999999e-175  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  47.48 
 
 		 783 aa  607  9.999999999999999e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  47.73 
 
 		 768 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  48.44 
 
 		 841 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  39.77 
 
 		 827 aa  605  1.0000000000000001e-171  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  49.34 
 
 		 851 aa  597  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  49.34 
 
 		 851 aa  597  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  45.8 
 
 		 783 aa  593  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  49.26 
 
 		 758 aa  593  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  48.52 
 
 		 756 aa  590  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  48.22 
 
 		 758 aa  589  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  44.37 
 
 		 834 aa  589  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  45.48 
 
 		 824 aa  591  1e-167  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  44.39 
 
 		 815 aa  591  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  44.13 
 
 		 815 aa  586  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  42.08 
 
 		 895 aa  587  1e-166  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  43.96 
 
 		 797 aa  588  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  47.29 
 
 		 776 aa  587  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  48.74 
 
 		 757 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  45.41 
 
 		 823 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  48.46 
 
 		 759 aa  582  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  41.74 
 
 		 923 aa  584  1.0000000000000001e-165  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  48.38 
 
 		 759 aa  581  1e-164  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  46.56 
 
 		 765 aa  577  1.0000000000000001e-163  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  40.63 
 
 		 874 aa  573  1.0000000000000001e-162  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  46.27 
 
 		 765 aa  572  1e-161  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  46.05 
 
 		 779 aa  570  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25040  DNA topoisomerase I  40.25 
 
 		 963 aa  572  1e-161  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  46.05 
 
 		 779 aa  569  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  41.79 
 
 		 858 aa  567  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  41.16 
 
 		 883 aa  563  1.0000000000000001e-159  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  40.77 
 
 		 904 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  42.31 
 
 		 946 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  40.4 
 
 		 962 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  42.91 
 
 		 799 aa  559  1e-158  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  41.3 
 
 		 913 aa  561  1e-158  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  40.44 
 
 		 921 aa  556  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  41.45 
 
 		 926 aa  556  1e-157  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  41.18 
 
 		 964 aa  554  1e-156  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  40.41 
 
 		 923 aa  554  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  42.34 
 
 		 907 aa  551  1e-155  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  39.44 
 
 		 910 aa  552  1e-155  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  41.78 
 
 		 906 aa  546  1e-154  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  39.48 
 
 		 877 aa  546  1e-154  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04331  DNA topoisomerase I  40.6 
 
 		 899 aa  543  1e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0369496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 		 877 aa  543  1e-153  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0597  DNA topoisomerase I  42 
 
 		 899 aa  544  1e-153  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.577445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  40.32 
 
 		 954 aa  544  1e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3876  DNA topoisomerase I  40.18 
 
 		 968 aa  545  1e-153  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  39.98 
 
 		 943 aa  540  9.999999999999999e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1210  DNA topoisomerase I  38.32 
 
 		 792 aa  540  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00167448  hitchhiker  0.000869825 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0378  DNA topoisomerase I  41.73 
 
 		 905 aa  537  1e-151  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.381193  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>