More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3202 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  49.74 
 
 		 840 aa  706    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  49.94 
 
 		 823 aa  682    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  53.94 
 
 		 852 aa  846    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  50.29 
 
 		 851 aa  651    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  51.09 
 
 		 768 aa  671    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  48.41 
 
 		 816 aa  819    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  47.54 
 
 		 799 aa  651    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  58.89 
 
 		 896 aa  976    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  58.26 
 
 		 877 aa  1011    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 824 aa  665    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  58.27 
 
 		 961 aa  993    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  57.63 
 
 		 884 aa  983    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  53.42 
 
 		 869 aa  943    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  49.29 
 
 		 820 aa  832    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  49.37 
 
 		 857 aa  766    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  56.59 
 
 		 911 aa  970    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  47.2 
 
 		 783 aa  662    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  58.02 
 
 		 884 aa  953    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  59.53 
 
 		 894 aa  1017    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  47.86 
 
 		 854 aa  678    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  49.64 
 
 		 765 aa  656    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  57.9 
 
 		 880 aa  957    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  57.3 
 
 		 910 aa  993    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  57.24 
 
 		 914 aa  986    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 915 aa  1849    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  56 
 
 		 911 aa  941    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  53.83 
 
 		 859 aa  834    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  40.51 
 
 		 827 aa  668    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  49.77 
 
 		 820 aa  843    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  53.8 
 
 		 907 aa  892    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  57.1 
 
 		 909 aa  999    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  56 
 
 		 922 aa  927    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  49.59 
 
 		 845 aa  800    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  62.25 
 
 		 891 aa  1043    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  55.76 
 
 		 914 aa  934    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  56.24 
 
 		 936 aa  961    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  54.56 
 
 		 900 aa  918    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  57.09 
 
 		 977 aa  966    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  58.49 
 
 		 904 aa  990    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  47.95 
 
 		 834 aa  656    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  54.47 
 
 		 893 aa  916    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  54.45 
 
 		 849 aa  891    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  57.65 
 
 		 913 aa  978    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  57.95 
 
 		 849 aa  990    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  62.35 
 
 		 924 aa  1053    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  55.59 
 
 		 916 aa  916    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  47.55 
 
 		 797 aa  672    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  46.5 
 
 		 815 aa  669    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  46.5 
 
 		 815 aa  668    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  57.18 
 
 		 867 aa  959    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  58.02 
 
 		 884 aa  952    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  56.83 
 
 		 894 aa  952    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  60.53 
 
 		 901 aa  1033    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  56.82 
 
 		 911 aa  955    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  49.49 
 
 		 765 aa  652    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  49.16 
 
 		 783 aa  653    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  58.03 
 
 		 877 aa  1003    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  50.29 
 
 		 851 aa  651    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  56.24 
 
 		 888 aa  963    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  48.66 
 
 		 776 aa  639    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  56.81 
 
 		 884 aa  973    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  56.07 
 
 		 851 aa  923    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  57.3 
 
 		 910 aa  993    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  46.88 
 
 		 830 aa  655    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  58.46 
 
 		 885 aa  1012    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  47.03 
 
 		 756 aa  633  1e-180  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  48.62 
 
 		 759 aa  629  1e-179  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  48.48 
 
 		 759 aa  630  1e-179  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  47.86 
 
 		 757 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  48.25 
 
 		 758 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  49.35 
 
 		 758 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  45.79 
 
 		 841 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  47.18 
 
 		 779 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  47.33 
 
 		 779 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  40.84 
 
 		 895 aa  581  1e-164  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  41.11 
 
 		 910 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  41.53 
 
 		 924 aa  574  1.0000000000000001e-162  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  41.33 
 
 		 883 aa  572  1e-161  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  39.73 
 
 		 872 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  42.06 
 
 		 858 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  45.21 
 
 		 793 aa  563  1.0000000000000001e-159  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  40.3 
 
 		 913 aa  563  1.0000000000000001e-159  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  40.02 
 
 		 877 aa  556  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  41.32 
 
 		 923 aa  559  1e-157  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  45.42 
 
 		 836 aa  554  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  42.38 
 
 		 907 aa  555  1e-156  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  40.02 
 
 		 877 aa  555  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  47.3 
 
 		 789 aa  553  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  45.4 
 
 		 780 aa  552  1e-155  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  38.57 
 
 		 874 aa  549  1e-155  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0030  DNA topoisomerase I  38.81 
 
 		 881 aa  547  1e-154  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2193  DNA topoisomerase I  38.85 
 
 		 883 aa  546  1e-154  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  39.63 
 
 		 904 aa  547  1e-154  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 962 aa  545  1e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  40.75 
 
 		 946 aa  543  1e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  45.78 
 
 		 711 aa  545  1e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  43.11 
 
 		 767 aa  543  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  45.08 
 
 		 710 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06301  DNA topoisomerase I  41.13 
 
 		 916 aa  542  9.999999999999999e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.059761 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  39.8 
 
 		 923 aa  539  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>