More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1704 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  48.61 
 
 		 921 aa  761    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04911  DNA topoisomerase I  52.85 
 
 		 868 aa  817    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.425235  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  58.34 
 
 		 910 aa  985    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  49.31 
 
 		 919 aa  745    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1276  topoisomerase I  44.87 
 
 		 1028 aa  691    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  45.55 
 
 		 904 aa  685    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04981  DNA topoisomerase I  52.13 
 
 		 870 aa  819    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.225706  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  49.78 
 
 		 943 aa  772    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  46.1 
 
 		 912 aa  719    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  47.23 
 
 		 924 aa  709    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  58.83 
 
 		 877 aa  978    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  58.42 
 
 		 895 aa  994    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1394  DNA topoisomerase I  47.78 
 
 		 941 aa  728    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.590373 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  50.4 
 
 		 883 aa  772    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2193  DNA topoisomerase I  57.23 
 
 		 883 aa  964    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  51.41 
 
 		 926 aa  788    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  51.26 
 
 		 1023 aa  769    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  51.48 
 
 		 906 aa  790    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1768  DNA topoisomerase I  50.99 
 
 		 968 aa  867    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3876  DNA topoisomerase I  46.92 
 
 		 968 aa  715    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0030  DNA topoisomerase I  59.14 
 
 		 881 aa  972    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13675  DNA topoisomerase I  47.97 
 
 		 934 aa  753    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000348117  normal  0.0874905 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1765  DNA topoisomerase I  56.05 
 
 		 899 aa  890    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.125266  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0597  DNA topoisomerase I  56.26 
 
 		 899 aa  898    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.577445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25040  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 963 aa  710    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0575  DNA topoisomerase I  45.72 
 
 		 1031 aa  695    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0435  DNA topoisomerase I  52.74 
 
 		 868 aa  806    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  57.11 
 
 		 883 aa  949    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  49.2 
 
 		 954 aa  745    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  49.94 
 
 		 1049 aa  768    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1273  DNA topoisomerase  45.53 
 
 		 948 aa  694    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.188892 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1921  DNA topoisomerase I  50.92 
 
 		 850 aa  746    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  45.37 
 
 		 962 aa  688    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  48.36 
 
 		 923 aa  763    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  47.66 
 
 		 913 aa  729    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04331  DNA topoisomerase I  53.64 
 
 		 899 aa  873    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0369496  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  50.63 
 
 		 946 aa  801    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  52.17 
 
 		 891 aa  806    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  53.5 
 
 		 964 aa  823    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4796  DNA topoisomerase I  47.61 
 
 		 957 aa  731    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  46.82 
 
 		 923 aa  717    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0738  DNA topoisomerase I  49 
 
 		 978 aa  749    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4408  DNA topoisomerase I  49.78 
 
 		 949 aa  754    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610462 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  56.91 
 
 		 874 aa  978    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  58.83 
 
 		 877 aa  978    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  48.26 
 
 		 907 aa  719    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06301  DNA topoisomerase I  55.79 
 
 		 916 aa  846    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.059761 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04911  DNA topoisomerase I  50.88 
 
 		 968 aa  867    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.624674 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5182  DNA topoisomerase I  47.61 
 
 		 957 aa  731    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490347 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0487  DNA topoisomerase I  47.36 
 
 		 963 aa  710    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.957852  decreased coverage  0.00303001 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3355  DNA topoisomerase I  45.37 
 
 		 911 aa  706    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  57.51 
 
 		 872 aa  980    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1972  DNA topoisomerase I  52.31 
 
 		 898 aa  766    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04601  DNA topoisomerase I  53.08 
 
 		 868 aa  821    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18080  DNA topoisomerase I  45.71 
 
 		 944 aa  694    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0378  DNA topoisomerase I  49.08 
 
 		 905 aa  726    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.381193  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4882  DNA topoisomerase I  47.61 
 
 		 957 aa  731    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.010742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8444  DNA topoisomerase I  48.88 
 
 		 944 aa  740    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0264145 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5396  DNA topoisomerase I  46.93 
 
 		 955 aa  728    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.585871  normal  0.0823046 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 858 aa  1717    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  41.87 
 
 		 894 aa  587  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  42.06 
 
 		 915 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  42.69 
 
 		 880 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  39.87 
 
 		 914 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 		 845 aa  566  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  40.34 
 
 		 849 aa  568  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  41.55 
 
 		 849 aa  567  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  39.71 
 
 		 884 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  41.96 
 
 		 884 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  41.58 
 
 		 901 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  39.82 
 
 		 884 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  42.09 
 
 		 884 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  40.18 
 
 		 904 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  41.4 
 
 		 851 aa  559  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0857  DNA topoisomerase I  37.49 
 
 		 848 aa  559  1e-157  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  42.29 
 
 		 913 aa  558  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  37.77 
 
 		 820 aa  556  1e-157  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  38.44 
 
 		 869 aa  558  1e-157  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  40.61 
 
 		 783 aa  554  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  40.9 
 
 		 797 aa  554  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  39.6 
 
 		 877 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  39.42 
 
 		 907 aa  550  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  41.6 
 
 		 891 aa  547  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  41.25 
 
 		 888 aa  547  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  39.98 
 
 		 961 aa  545  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  40.29 
 
 		 909 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  40.65 
 
 		 910 aa  544  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  39.47 
 
 		 885 aa  543  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  40.54 
 
 		 910 aa  545  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  39.38 
 
 		 877 aa  545  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  39.96 
 
 		 900 aa  545  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  41.62 
 
 		 894 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  37.16 
 
 		 820 aa  542  9.999999999999999e-153  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  38.85 
 
 		 911 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  39.47 
 
 		 857 aa  535  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  40.04 
 
 		 977 aa  535  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  39.3 
 
 		 914 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  39.67 
 
 		 893 aa  535  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  39.7 
 
 		 815 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  39.08 
 
 		 911 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>