More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2831 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  61.55 
 
 		 914 aa  1085    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  59.71 
 
 		 910 aa  1056    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  50.67 
 
 		 757 aa  638    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  58.03 
 
 		 884 aa  957    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  62.37 
 
 		 911 aa  1052    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  47.78 
 
 		 768 aa  655    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1133  DNA topoisomerase I  48.38 
 
 		 816 aa  802    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  54.35 
 
 		 900 aa  943    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  63.15 
 
 		 877 aa  1092    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  63.07 
 
 		 961 aa  1069    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  59.71 
 
 		 910 aa  1058    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0729  DNA topoisomerase I  58.25 
 
 		 891 aa  975    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.074453  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  50.15 
 
 		 851 aa  652    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  47.43 
 
 		 820 aa  816    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  46.32 
 
 		 857 aa  736    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  61.71 
 
 		 911 aa  1053    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  58.1 
 
 		 880 aa  962    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  58.15 
 
 		 884 aa  958    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  49.4 
 
 		 841 aa  635    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  63.22 
 
 		 885 aa  1095    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  50.15 
 
 		 851 aa  652    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  62.79 
 
 		 877 aa  1087    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  61.94 
 
 		 884 aa  1082    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  59.53 
 
 		 915 aa  1017    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  61.55 
 
 		 911 aa  1045    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  56.94 
 
 		 859 aa  923    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0594  DNA topoisomerase I  40.8 
 
 		 827 aa  665    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  47.54 
 
 		 820 aa  826    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  53.17 
 
 		 907 aa  921    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  57.25 
 
 		 852 aa  931    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  61.07 
 
 		 922 aa  1019    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  48.5 
 
 		 845 aa  771    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  60.69 
 
 		 914 aa  1029    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  60.34 
 
 		 869 aa  1068    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  61.36 
 
 		 936 aa  1044    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  61.24 
 
 		 916 aa  1006    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  55.08 
 
 		 893 aa  933    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  58.32 
 
 		 849 aa  965    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  63.64 
 
 		 977 aa  1083    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  63.62 
 
 		 849 aa  1097    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  61.56 
 
 		 913 aa  1060    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  59.58 
 
 		 894 aa  1017    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  51.18 
 
 		 758 aa  644    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  56.73 
 
 		 924 aa  962    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  46.23 
 
 		 797 aa  637    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  63.91 
 
 		 904 aa  1105    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  64.05 
 
 		 867 aa  1090    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 894 aa  1813    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  47.82 
 
 		 854 aa  649    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  59.15 
 
 		 909 aa  1056    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  63.31 
 
 		 901 aa  1093    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  49.71 
 
 		 783 aa  650    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  66.31 
 
 		 896 aa  1118    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  57.79 
 
 		 851 aa  955    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  60.48 
 
 		 888 aa  1071    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41359  predicted protein  46.9 
 
 		 840 aa  662    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0907147 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  62.77 
 
 		 884 aa  1091    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  44.01 
 
 		 756 aa  632  1e-180  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  45.57 
 
 		 783 aa  634  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  49.33 
 
 		 758 aa  633  1e-180  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  45.47 
 
 		 776 aa  629  1e-179  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  45.61 
 
 		 834 aa  625  1e-178  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  44.31 
 
 		 830 aa  627  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  48.01 
 
 		 765 aa  625  1e-177  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  47.86 
 
 		 765 aa  624  1e-177  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  45.84 
 
 		 823 aa  624  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  46.42 
 
 		 824 aa  624  1e-177  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  45.56 
 
 		 815 aa  622  1e-177  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  46.86 
 
 		 779 aa  620  1e-176  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  45.43 
 
 		 815 aa  620  1e-176  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  46.71 
 
 		 779 aa  618  1e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  45.65 
 
 		 759 aa  610  1e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  46.81 
 
 		 759 aa  608  9.999999999999999e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  47.02 
 
 		 799 aa  604  1.0000000000000001e-171  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  41.66 
 
 		 1023 aa  594  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  40.17 
 
 		 913 aa  595  1e-168  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  40.36 
 
 		 895 aa  593  1e-168  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  40.2 
 
 		 910 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  47.18 
 
 		 789 aa  584  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  46.72 
 
 		 836 aa  581  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  40.15 
 
 		 1049 aa  576  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  39.18 
 
 		 874 aa  576  1.0000000000000001e-163  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  41.51 
 
 		 858 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25040  DNA topoisomerase I  38.77 
 
 		 963 aa  574  1.0000000000000001e-162  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  40.14 
 
 		 883 aa  573  1.0000000000000001e-162  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3355  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 		 911 aa  569  1e-161  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  39.5 
 
 		 872 aa  571  1e-161  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  41.61 
 
 		 793 aa  567  1e-160  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  40.77 
 
 		 907 aa  566  1e-160  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  47.13 
 
 		 780 aa  567  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  41.53 
 
 		 926 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  40.79 
 
 		 904 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  40.54 
 
 		 954 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  39.67 
 
 		 923 aa  561  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0597  DNA topoisomerase I  41.51 
 
 		 899 aa  561  1e-158  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.577445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  39.74 
 
 		 912 aa  559  1e-158  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04331  DNA topoisomerase I  39.64 
 
 		 899 aa  556  1e-157  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0369496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  39.96 
 
 		 921 aa  558  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  39.68 
 
 		 919 aa  556  1e-157  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  40.65 
 
 		 946 aa  557  1e-157  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>