92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3613 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  100 
 
 		 228 aa  480  1e-135  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  41.15 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  45.09 
 
 		 256 aa  206  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  42.36 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  41.63 
 
 		 262 aa  193  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  41.59 
 
 		 267 aa  187  8e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  40.71 
 
 		 269 aa  186  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 267 aa  180  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  44.21 
 
 		 329 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  47.88 
 
 		 355 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  43.78 
 
 		 338 aa  165  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  47.1 
 
 		 199 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  36.99 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  34.63 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  34.7 
 
 		 262 aa  134  9e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  38.61 
 
 		 207 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  31.65 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  35.8 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2211  NERD domain-containing protein  37.6 
 
 		 353 aa  101  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  37.13 
 
 		 212 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  42.57 
 
 		 212 aa  92.8  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  36.9 
 
 		 212 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  36.9 
 
 		 212 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1610  hypothetical protein  33.33 
 
 		 387 aa  89.4  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00290154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1889  hypothetical protein  41.57 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.344159 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  25.62 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  25.7 
 
 		 225 aa  72  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  27.55 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  64.86 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1109  hypothetical protein  30 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2594  NERD domain protein  26.67 
 
 		 311 aa  65.1  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.173089  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  26.37 
 
 		 225 aa  62  0.000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07440  hypothetical protein  49.09 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316107  normal  0.202998 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0711  NERD domain-containing protein  29.59 
 
 		 185 aa  52  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 		 817 aa  52  0.000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  30.67 
 
 		 154 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3513  NERD domain-containing protein  27.66 
 
 		 226 aa  51.2  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  45.45 
 
 		 287 aa  50.1  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  37.5 
 
 		 258 aa  49.7  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  50 
 
 		 310 aa  49.3  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  41.82 
 
 		 289 aa  49.3  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  38.46 
 
 		 281 aa  48.9  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3845  NERD domain-containing protein  37.5 
 
 		 329 aa  48.9  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000986897 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  48.78 
 
 		 747 aa  48.9  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  44.74 
 
 		 739 aa  47.8  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  37.1 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  42.5 
 
 		 355 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 		 814 aa  47  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  40.91 
 
 		 844 aa  47  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  42.5 
 
 		 313 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 		 814 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 694 aa  46.6  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3657  NERD domain-containing protein  37.31 
 
 		 351 aa  46.6  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.779126  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  40.48 
 
 		 812 aa  46.6  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 907 aa  46.6  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  40 
 
 		 272 aa  46.2  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0675  NERD domain-containing protein  36.11 
 
 		 329 aa  45.8  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160777  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3961  NERD domain-containing protein  31.34 
 
 		 310 aa  45.4  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0609224  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  38.1 
 
 		 689 aa  45.4  0.0006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 863 aa  45.8  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  44.44 
 
 		 271 aa  45.4  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  43.59 
 
 		 880 aa  45.4  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  50 
 
 		 704 aa  44.7  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  43.59 
 
 		 884 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  51.22 
 
 		 744 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  47.06 
 
 		 694 aa  45.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  43.59 
 
 		 884 aa  44.7  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  30.95 
 
 		 771 aa  43.5  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.11035 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  40.91 
 
 		 894 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  22.62 
 
 		 702 aa  44.3  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0292  topoisomerase-associated Zn-finger domain-containing protein  38.46 
 
 		 255 aa  43.5  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000454917  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  38 
 
 		 743 aa  43.5  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  44.74 
 
 		 864 aa  43.1  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  32.69 
 
 		 748 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  33.87 
 
 		 257 aa  43.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  35 
 
 		 254 aa  43.5  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0647  NERD domain-containing protein  37.84 
 
 		 329 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.016807  hitchhiker  0.00000125306 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  45.45 
 
 		 251 aa  43.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2420  DNA topoisomerase I  43.18 
 
 		 715 aa  43.1  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0359  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.75 
 
 		 185 aa  43.1  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0044685  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3374  NERD domain-containing protein  37.84 
 
 		 329 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000216973  decreased coverage  0.000336538 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0648  NERD domain-containing protein  37.84 
 
 		 329 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0135957 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0095  DNA topoisomerase I  32.05 
 
 		 743 aa  42.7  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000317173  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0218  NERD domain protein  28.57 
 
 		 310 aa  42.4  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  30.68 
 
 		 286 aa  42.4  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1346  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 708 aa  42.4  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000122971  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  38 
 
 		 836 aa  42.4  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0572  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 		 686 aa  42.4  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0758735  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0717  DNA topoisomerase I  40 
 
 		 703 aa  42  0.008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0604415  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_624  topoisomerase IA  40 
 
 		 703 aa  42  0.008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3664  hypothetical protein  25.31 
 
 		 256 aa  42  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  47.06 
 
 		 696 aa  41.6  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>